Here is a list of all variables with links to the classes they belong to:

- r -

• r : PLMD::Communicator::Request, PLMD::generic::CreateMask
• R0 : PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP
• r00 : PLMD::piv::PIV
• R0_ : PLMD::isdb::FretEfficiency
• r0_ : PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• r_eff_ : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• r_globalshift_ : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• r_min_ : PLMD::maze::Random_Acceleration_MD
• radius : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• rand : PLMD::bias::ExtendedLagrangian
• rand_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• random : PLMD::bias::ABMD, PLMD::ExchangePatterns, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• random_ : PLMD::isdb::EMMI
• random_fwd : PLMD::ExchangePatterns
• rank : PLMD::ArgumentBookeepingHolder
• rank_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Shadow, PLMD::maze::Optimizer, PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >, PLMD::ves::VesDeltaF
• ranks : PLMD::ArgumentsBookkeeping, PLMD::ParallelActionsInput
• ranks_size : PLMD::ParallelActionsInput
• rct_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• rct_ustride_ : PLMD::bias::MetaD
• rCub : PLMD::UniformSphericalVector
• rcut2 : PLMD::contour::DistanceFromContourBase
• RCYL : PLMD::funnel::Funnel, PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP
• RCYLMEM : PLMD::membranefusion::memFusionP
• read : PLMD::fileTraj, PLMD::IFile::Field
• read_angles : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_backbone : PLMD::GenericMolInfo
• read_bonds : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_molecule_metadata : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_next_timestep : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_one_group : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >
• read_qm_metadata : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_qm_rundata : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_qm_timestep_metadata : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_rawgraphics : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_structure : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_timestep : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_timestep_metadata : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_volumetric_data : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_volumetric_metadata : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• readvals : PLMD::generic::Read
• real_output : PLMD::fourier::FourierTransform
• recursive_merge_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• reduced : PLMD::NeighborList, PLMD::Pbc
• ref : PLMD::switchContainers::Data
• ref_f_name : PLMD::sizeshape::position_linear_proj, PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• ref_file : PLMD::piv::PIV
• ref_str : PLMD::sizeshape::position_linear_proj, PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• refargs : PLMD::mapping::PathProjectionCalculator
• refatoms : PLMD::generic::WrapAround
• refders : PLMD::volumes::VolumeOutput
• reference : PLMD::colvar::ContactMap, PLMD::colvar::PathMSDBase, PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::GenericMolInfo, PLMD::RMSD, PLMD::RMSDCoreData
• reference_center : PLMD::RMSD
• reference_center_is_calculated : PLMD::RMSD
• reference_center_is_removed : PLMD::RMSD
• reference_mat : PLMD::ERMSD
• referenceCounter : PLMD::PlumedMain
• refpos : PLMD::volumes::VolumeInput
• refs : PLMD::generic::WholeMolecules
• regulariser : PLMD::pamm::HBPammMatrix
• remarklen : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• remarks : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• replaceaction : PLMD::Keywords
• replica_ : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::isdb::Rescale
• replica_index : PLMD::Action
• replicaToken : PLMD::Tools
• requestlist_ : PLMD::NeighborList
• res_kind : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• res_name : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• res_num : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift, PLMD::isdb::CS2Backbone
• res_type_curr : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• res_type_next : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• res_type_prev : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• rescaledToBias : PLMD::BiasRepresentation
• reserved_keys : PLMD::Keywords
• reset_period_ : PLMD::fisst::FISST
• resetable : PLMD::ActionToPutData
• resid : PLMD::molfile::md_atom, PLMD::molfile::molfile_atom_t
• residue : PLMD::PDB
• residue_atom : PLMD::isdb::SAXS
• residueNames : PLMD::generic::DumpAtoms
• residuenames : PLMD::PDB
• residueNumbers : PLMD::generic::DumpAtoms
• resname : PLMD::molfile::md_atom, PLMD::molfile::molfile_atom_t
• resolution : PLMD::isdb::SAXS
• restart : PLMD::Action, PLMD::drr::UIestimator::UIestimator, PLMD::PlumedMain
• retrieve_only_rotation : PLMD::RMSDCoreData
• return_distances : PLMD::metatomic::vesin::VesinOptions
• return_shifts : PLMD::metatomic::vesin::VesinOptions
• return_vectors : PLMD::metatomic::vesin::VesinOptions
• rev : PLMD::molfile::md_file
• reweight : PLMD::bias::MaxEnt
• reweight_factor_ : PLMD::bias::MetaD
• rg_type : PLMD::colvar::Gyration
• rho : PLMD::isdb::SAXS
• rho_corr : PLMD::isdb::SAXS
• Rij : PLMD::isdb::SAXS
• ringInfo : PLMD::isdb::CS2Backbone
• RMAX : PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP
• rmsd : PLMD::colvar::PCARMSD, PLMD::generic::FitToTemplate
• rmsd_ : PLMD::isdb::Shadow
• rmsd_objects : PLMD::mapping::PathProjectionCalculator
• rmsdPosClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• RNMX : PLMD::Random
• role : PLMD::ActionForInterface
• root : PLMD::generic::Plumed
• root5 : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• root_ : PLMD::Tree
• root_indexes_ : PLMD::Tree
• rootNode : PLMD::lepton::ParsedExpression
• rotate : PLMD::generic::Print
• rotateArguments : PLMD::generic::Print
• rotateCountdown : PLMD::generic::Print
• rotateLast : PLMD::generic::Print
• rotation : PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::generic::ResetCell, PLMD::RMSDCoreData, PLMD::sizeshape::position_linear_proj, PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• rotationPosClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• rotationRefClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• row : PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row, PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Row
• row_starts : PLMD::valtools::Concatenate
• rowlen : PLMD::matrixtools::MatrixForceIndexInput, PLMD::matrixtools::MatrixTimesVectorInput, PLMD::matrixtools::MatrixTimesVectorOutput
• rowstart : PLMD::dimred::ProjectPoints
• rPIV : PLMD::piv::PIV
• rpress_ : PLMD::bias::ReweightTemperaturePressure
• rr00 : PLMD::RMSDCoreData
• rr11 : PLMD::RMSDCoreData
• rs : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• rtemp_ : PLMD::bias::ReweightTemperaturePressure
• rtwo : PLMD::isdb::PRE
• rtype : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• run : PLMD::molfile::molfile_qm_t
• running : PLMD::Stopwatch::Watch
• runtimeptr : PLMD::lepton::CompiledExpression
• runtitle : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• runtype : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• rw : PLMD::Matrix< T >
• rX : PLMD::repliedTrajectory
• rY : PLMD::repliedTrajectory
• rZ : PLMD::repliedTrajectory