Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- a -

• A : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::function::Bessel, PLMD::isdb::SAXS, PLMD::molfile::md_box, PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• a : PLMD::isdb::SAXS::SplineCoeffs, PLMD::switchContainers::Data
• a1 : PLMD::symfunc::Fccubic
• A_3TE : PLMD::isdb::SAXS
• A_5TE : PLMD::isdb::SAXS
• A_BB1 : PLMD::isdb::SAXS
• A_BB2 : PLMD::isdb::SAXS
• A_BB3 : PLMD::isdb::SAXS
• A_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• A_SC2 : PLMD::isdb::SAXS
• A_SC3 : PLMD::isdb::SAXS
• A_SC4 : PLMD::isdb::SAXS
• A_TE3 : PLMD::isdb::SAXS
• A_TE5 : PLMD::isdb::SAXS
• aa : PLMD::bias::MovingRestraint
• aa_kind : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• aa_t : PLMD::isdb::CS2Backbone
• ablocks : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >
• ABMD() : PLMD::bias::ABMD
• Abort() : PLMD::Communicator
• ABS : PLMD::lepton::Operation
• Abs() : PLMD::lepton::Operation::Abs
• absolute : PLMD::isdb::SAXS
• acc_ : PLMD::bias::MetaD
• acc_restart_mean_ : PLMD::bias::MetaD
• acceleration_ : PLMD::bias::MetaD
• accelerator : PLMD::GridBase
• AcceleratorHandler() : PLMD::GridBase::AcceleratorHandler
• accession : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• accessor : PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row, PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Row
• accumForces : PLMD::bias::Bias
• Accumulate() : PLMD::generic::Accumulate
• ACOS : PLMD::lepton::Operation
• Acos() : PLMD::lepton::Operation::Acos
• ACOSH : PLMD::lepton::Operation
• ACOT : PLMD::lepton::Operation
• ACOTH : PLMD::lepton::Operation
• ACSC : PLMD::lepton::Operation
• ACSCH : PLMD::lepton::Operation
• Action() : PLMD::Action, PLMD::ActionOptions
• action : PLMD::dimred::ProjectPointsInput, PLMD::FileBase, PLMD::function::FilesHandler, PLMD::ParallelTaskManager< T >, PLMD::Value
• action_pntr_ : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::CoeffsBase, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::TargetDistribution
• ActionAnyorder() : PLMD::ActionAnyorder
• ActionAtomistic() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::PbcAction, PLMD::Value
• actiondata : PLMD::ParallelTaskManager< T >
• ActionForInterface() : PLMD::ActionForInterface
• actionHasForces() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::generic::DumpAtoms, PLMD::generic::DumpMassCharge, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::generic::Plumed, PLMD::generic::PrintNDX, PLMD::generic::WholeMolecules, PLMD::generic::WrapAround
• actionLabel : PLMD::Action
• actionMoldat : PLMD::ActionAtomistic
• actionName : PLMD::Action
• actionNameSuffixes : PLMD::Keywords
• ActionOptions() : PLMD::ActionOptions
• actionOptions : PLMD::Action
• actionPbc : PLMD::ActionAtomistic
• ActionPilot() : PLMD::ActionPilot
• actionPositions : PLMD::ActionAtomistic
• ActionRegister : PLMD::ActionOptions
• actionRegister() : PLMD::ActionRegister
• ActionRegistration() : PLMD::ActionRegistration< ActionClass >
• actions : PLMD::DomainDecomposition
• ActionSet() : PLMD::ActionSet, PLMD::ActionShortcut
• actionSet : PLMD::PlumedMain
• actionSet_fwd : PLMD::PlumedMain
• ActionSetup() : PLMD::ActionSetup
• ActionShortcut : PLMD::Action, PLMD::ActionShortcut
• actionStride : PLMD::ActionPilot
• ActionToGetData() : PLMD::ActionToGetData
• ActionToPutData() : PLMD::ActionToPutData
• ActionVolume() : PLMD::volumes::ActionVolume< T >
• ActionWithArguments() : PLMD::ActionWithArguments, PLMD::ActionWithValue, PLMD::Value
• ActionWithGrid() : PLMD::gridtools::ActionWithGrid
• ActionWithMatrix() : PLMD::ActionWithMatrix, PLMD::Value
• ActionWithValue() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::Value
• ActionWithVector : PLMD::ActionWithValue, PLMD::ActionWithVector, PLMD::Value
• ActionWithVirtualAtom : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::Value, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• activate() : PLMD::Action, PLMD::ves::CoeffsBase
• activateParseOnlyMode() : PLMD::PlumedMain
• activations : PLMD::function::annfunc::ANN
• active : PLMD::Action, PLMD::PlumedMain, PLMD::Register::RegistrationLock, PLMD::ves::CoeffsBase
• active_cells : PLMD::contour::FindContour
• active_list : PLMD::contour::DistanceFromContourBase
• active_tasks : PLMD::ActionWithVector, PLMD::crystdistrib::QuaternionBondProductMatrix, PLMD::function::FunctionOfMatrix< T >
• actual_buffer_length : PLMD::OFile
• ACYLINDRICITY : PLMD::colvar::Gyration
• adamw_ : PLMD::ves::Opt_Adam
• adaptation_ : PLMD::maze::Memetic
• adaptive_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• adaptive_counter_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• adaptive_random_search() : PLMD::maze::Memetic
• adaptive_sigma_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• adaptive_sigma_stride_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• AdaptiveHillsType : PLMD::FlexibleBin
• AdaptivePath() : PLMD::mapping::AdaptivePath
• ADD : PLMD::lepton::Operation
• Add() : PLMD::lepton::Operation::Add
• add() : PLMD::ActionRegister, PLMD::CLToolRegister, PLMD::Keywords, PLMD::RegisterBase< Content >, PLMD::Value
• ADD_CONSTANT : PLMD::lepton::Operation
• add_force() : PLMD::DataPassingObject, PLMD::DataPassingObjectTyped< T >
• add_point() : PLMD::metatomic::vesin::cpu::CellList
• addActionNameSuffix() : PLMD::Keywords
• addArgument() : PLMD::gridtools::KDEHelper< K, P, G >
• addBlockEnd() : PLMD::PDB
• addCenter() : PLMD::RMSD
• addCoeffsSet() : PLMD::ves::VesBias
• addCoeffsSetIDsToFilenames() : PLMD::ves::Optimizer
• addCommentToShortcutOutput() : PLMD::ActionShortcut
• addComponent() : PLMD::ActionWithValue
• addComponentWithDerivatives() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T >, PLMD::function::Function
• AddConstant() : PLMD::lepton::Operation::AddConstant
• addConstantField() : PLMD::OFile
• addDependency() : PLMD::Action
• addDeprecatedFlag() : PLMD::Keywords
• addDeprecatedKeyword() : PLMD::Keywords
• addDerivative() : PLMD::Value
• addDOI() : PLMD::Keywords
• addFlag() : PLMD::Keywords
• addForce() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::Value
• addForces() : PLMD::Value
• addForcesOnArguments() : PLMD::ActionWithArguments
• addFunction() : PLMD::symfunc::ThreeBodyGFunctionsInput
• addGaussian() : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• addGrid() : PLMD::BiasRepresentation
• addGridDerivatives() : PLMD::Value
• addInputKeyword() : PLMD::Keywords
• addKernel() : PLMD::GridBase, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• addKeywordToList() : PLMD::ves::BasisFunctions
• addLinkInDocForFlag() : PLMD::Keywords
• addOrReserve() : PLMD::Keywords
• addOutputComponent() : PLMD::Keywords
• addref : PLMD::generic::WholeMolecules
• addRemark() : PLMD::PDB
• addRequiredCells() : PLMD::LinkCells
• addToAverage() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• addToSampledAverages() : PLMD::ves::VesBias
• addToSavedInputLines() : PLMD::ActionShortcut
• addToValue() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• addToValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• addValue() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::Grid, PLMD::GridBase, PLMD::SparseGrid
• addValueAndDerivatives() : PLMD::Grid, PLMD::GridBase, PLMD::SparseGrid
• addValueWithDerivatives() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T >, PLMD::function::Function
• addVectorDerivatives() : PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• adj_list : PLMD::clusters::DFSClustering
• AdjacencyMatrixBase() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >
• advanceField() : PLMD::IFile
• after : PLMD::Action
• afterCalculate_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• ALA : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• ALA_BB : PLMD::isdb::SAXS
• alEqDis : PLMD::RMSDCoreData
• align : PLMD::colvar::RMSDVectorData, PLMD::funnel::FUNNEL_PS, PLMD::RMSD, PLMD::RMSDCoreData
• align_strands : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureDRMSDInput, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSDInput
• alignment : PLMD::funnel::FUNNEL_PS, PLMD::gch::detail::inline_storage< T, InlineCapacity >
• AlignmentMethod : PLMD::RMSD
• alignmentMethod : PLMD::RMSD
• all_deltaF_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• all_size_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• all_values_inside : PLMD::ves::VesLinearExpansion
• allArguments : PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::function::FuncPathMSD
• allcells : PLMD::LinkCells
• allDeltaBias : PLMD::GREX
• allElementsEqual() : PLMD::Value
• Allgather() : PLMD::Communicator
• Allgatherv() : PLMD::Communicator
• alloc_base : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• alloc_interface : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• alloc_traits : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false >, PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >, PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >, PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• alloc_ty : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >, PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• allocate() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• allocate_with_hint() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• allocation_end_ptr() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• allocator_inliner() : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false >, PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >
• allocator_interface() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• allocator_ref() : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false >, PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >
• allocator_type : PLMD::gch::default_buffer_size< Allocator >, PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• allow_bias_cutoff_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• allow_extra_args : PLMD::LeptonCall
• allowBiasCutoff() : PLMD::ves::TargetDistribution
• allowedResidue() : PLMD::MolDataClass, PLMD::PDB
• allowIgnoredFields() : PLMD::IFile
• allowmultiple : PLMD::Keywords::keyInfo
• allowNoEOL() : PLMD::IFile
• ALPHA : PLMD::funnel::Funnel
• alpha : PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs, PLMD::logmfd::LogMFD, PLMD::molfile::md_box, PLMD::molfile::molfile_timestep_t, PLMD::symfunc::Fccubic
• alpha_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• alpha_size_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• alpha_vector_ : PLMD::eds::EDS
• alpha_vector_2_ : PLMD::eds::EDS
• AlphaBeta() : PLMD::multicolvar::AlphaBeta
• alphaOfile_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• AlphaRMSD() : PLMD::secondarystructure::AlphaRMSD
• alphas_ : PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal
• altloc : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• AM : PLMD::Random
• amsgrad_ : PLMD::ves::Opt_Adam
• anchor : PLMD::funnel::FUNNEL_PS
• Angle() : PLMD::colvar::Angle
• Angles() : PLMD::multicolvar::Angles
• angleSwitch : PLMD::adjmat::HbondMatrix
• angular_momentum : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• AngularTetra() : PLMD::symfunc::AngularTetra
• ANN() : PLMD::function::annfunc::ANN
• anneal_ : PLMD::isdb::EMMI
• annealing() : PLMD::maze::Memetic
• AntibetaRMSD() : PLMD::secondarystructure::AntibetaRMSD
• API : PLMD::generic::Plumed
• append() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• append_copies() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• append_element() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• append_range() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• appendSuffix() : PLMD::FileBase
• apply() : PLMD::Action, PLMD::ActionAnyorder, PLMD::ActionSetup, PLMD::ActionShortcut, PLMD::ActionToGetData, PLMD::ActionToPutData, PLMD::ActionWithVector, PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::bias::Bias, PLMD::bias::ReweightBase, PLMD::clusters::ClusterDistribution, PLMD::clusters::ClusteringBase, PLMD::clusters::ClusterWeights, PLMD::Colvar, PLMD::colvar::Colvar, PLMD::colvar::Energy, PLMD::colvar::RMSDVector, PLMD::colvar::SelectMassCharge, PLMD::contour::DistanceFromContourBase, PLMD::contour::DumpContour, PLMD::dimred::ArrangePoints, PLMD::dimred::ProjectPoints, PLMD::DomainDecomposition, PLMD::function::Function, PLMD::function::FunctionWithSingleArgument< T >, PLMD::function::SortWithSingleArgument, PLMD::function::Sum, PLMD::generic::Accumulate, PLMD::generic::Collect, PLMD::generic::Committor, PLMD::generic::Constant, PLMD::generic::CreateMask, PLMD::generic::Debug, PLMD::generic::DumpAtoms, PLMD::generic::DumpDerivatives, PLMD::generic::DumpForces, PLMD::generic::DumpMassCharge, PLMD::generic::DumpPDB, PLMD::generic::DumpProjections, PLMD::generic::DumpVector, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift, PLMD::generic::EndPlumed, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::generic::Flush, PLMD::generic::GatherReplicas, PLMD::generic::Include, PLMD::generic::Plumed, PLMD::generic::Print, PLMD::generic::PrintNDX, PLMD::generic::RandomExchanges, PLMD::generic::Read, PLMD::generic::ResetCell, PLMD::generic::Time, PLMD::generic::UpdateIf, PLMD::generic::WholeMolecules, PLMD::generic::WrapAround, PLMD::GenericMolInfo, PLMD::gridtools::DumpGrid, PLMD::gridtools::FindGridOptimum, PLMD::gridtools::GetGridVolumeElement, PLMD::Group, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::isdb::Selector, PLMD::landmarks::FarthestPointSampling, PLMD::mapping::PathDisplacements, PLMD::mapping::PathReparameterization, PLMD::matrixtools::InvertMatrix, PLMD::matrixtools::MatrixOperationBase, PLMD::matrixtools::TransposeMatrix, PLMD::metatomic::MetatomicPlumedAction, PLMD::opes::ExpansionCVs, PLMD::Pbc, PLMD::sasa::Colvar, PLMD::valtools::Concatenate, PLMD::valtools::Flatten, PLMD::valtools::SelectWithMask, PLMD::valtools::VStack, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom, PLMD::vatom::ArgsToVatom, PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::OutputBasisFunctions, PLMD::ves::OutputFesBias, PLMD::ves::OutputTargetDistribution, PLMD::ves::TargetDistribution, PLMD::wham::Wham
• apply_bias() : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• apply_weights : PLMD::bias::MaxEnt
• applyBiasCutoff() : PLMD::ves::VesBias
• applyForce() : PLMD::Value
• applyForces() : PLMD::ParallelTaskManager< T >
• applyFunctionAllValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• applyNonZeroRankForces() : PLMD::ActionWithVector, PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >, PLMD::adjmat::TorsionsMatrix, PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T >, PLMD::colvar::RMSDVector, PLMD::crystdistrib::QuaternionBondProductMatrix, PLMD::function::FunctionOfMatrix< T >, PLMD::function::FunctionOfVector< T >, PLMD::gridtools::FunctionOfGrid< T >, PLMD::gridtools::InterpolateGrid, PLMD::gridtools::KDE< K, P, G >, PLMD::gridtools::Marginal, PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix< T >, PLMD::matrixtools::MatrixTimesVectorBase< T >, PLMD::matrixtools::OuterProductBase< T >, PLMD::refdist::MatrixProductDiagonal, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureBase< T >, PLMD::symfunc::ThreeBodyGFunctions, PLMD::volumes::ActionVolume< T >
• applyPeriodicity() : PLMD::Value
• applyTargetDistModiferToGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• approach : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• arePeriodic() : PLMD::ves::BasisFunctions
• ARG : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• arg1 : PLMD::matrixtools::InputVectors
• arg2 : PLMD::matrixtools::InputVectors
• ARG_BB : PLMD::isdb::SAXS
• arg_data : PLMD::PDB
• ARG_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• ARG_SC2 : PLMD::isdb::SAXS
• argc : PLMD::CLToolMain
• argnames : PLMD::generic::DumpPDB, PLMD::generic::DumpVector, PLMD::GridBase, PLMD::PDB
• args : PLMD::TargetDist
• args_ : PLMD::maze::OptimizerBias, PLMD::ves::CoeffsBase
• args_pntrs_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• argstart : PLMD::function::FunctionData< T >, PLMD::function::FunctionOfMatrix< T >, PLMD::function::FunctionOfScalar< T >, PLMD::function::FunctionOfVector< T >, PLMD::gridtools::FunctionOfGrid< T >
• argstarts : PLMD::ArgumentsBookkeeping, PLMD::ParallelActionsInput
• argstarts_size : PLMD::ParallelActionsInput
• ArgsToVatom() : PLMD::vatom::ArgsToVatom
• argT_derivf_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• argType : PLMD::Keywords
• argument_type : PLMD::Keywords::keyInfo
• arguments : PLMD::ActionWithArguments, PLMD::lepton::CompiledExpression
• ArgumentsBookkeeping : PLMD::Value
• argumentsMap : PLMD::ParallelTaskManager< T >
• argv : PLMD::CLToolMain
• argValues : PLMD::lepton::CompiledExpression
• ArrangePoints() : PLMD::dimred::ArrangePoints
• ASEC : PLMD::lepton::Operation
• ASECH : PLMD::lepton::Operation
• ASIN : PLMD::lepton::Operation
• Asin() : PLMD::lepton::Operation::Asin
• ASINH : PLMD::lepton::Operation
• AsmJitRuntimePtr() : PLMD::lepton::AsmJitRuntimePtr
• ASN : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• ASN_BB : PLMD::isdb::SAXS
• ASN_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• ASP : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• ASP_BB : PLMD::isdb::SAXS
• ASP_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• ASPHERICITY : PLMD::colvar::Gyration
• Assertion() : PLMD::Exception::Assertion
• assertion : PLMD::Exception::Assertion
• assign() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >, PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• assign_with_copies() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• assign_with_range() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• assignOuterProduct() : PLMD::adjmat::MatrixOutput
• assignTags() : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• assignValues() : PLMD::Value
• async : PLMD::DomainDecomposition::DomainComms
• asyncSent : PLMD::DomainDecomposition
• at : PLMD::bias::LWalls, PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MovingRestraint, PLMD::bias::Restraint, PLMD::bias::UWalls, PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >, PLMD::gridtools::DiagonalKernelParams, PLMD::gridtools::NonDiagonalKernelParams, PLMD::gridtools::VonMissesKernelParams
• ATAN : PLMD::lepton::Operation
• Atan() : PLMD::lepton::Operation::Atan
• ATAN2 : PLMD::lepton::Operation
• Atan2() : PLMD::lepton::Operation::Atan2
• ATANH : PLMD::lepton::Operation
• atm_kind : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift, PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• atoi : PLMD::isdb::SAXS
• atom : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• Atom0 : PLMD::piv::PIV::SharedData
• Atom1 : PLMD::piv::PIV::SharedData
• atom_der_ : PLMD::isdb::BAIES, PLMD::isdb::EMMI
• atom_deriv : PLMD::contour::DistanceFromContour
• atom_kind() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• atom_list : PLMD::sizeshape::position_linear_proj, PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• atom_pairs_ : PLMD::isdb::BAIES
• atom_value_ind : PLMD::ActionAtomistic
• atom_value_ind_grouped : PLMD::ActionAtomistic
• atomic_number : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• atomicnumber : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• AtomicSMAC() : PLMD::symfunc::AtomicSMAC
• atomname : PLMD::molfile::md_atom
• atomnum : PLMD::molfile::md_atom
• AtomNumber() : PLMD::AtomNumber
• AtomResidueName : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• Atoms : PLMD::ActionForInterface
• atoms : PLMD::Group, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• atoms_masses : PLMD::isdb::SAXS
• atoms_per_bead : PLMD::isdb::SAXS
• atomsymb : PLMD::PDB
• atomtag : PLMD::Keywords::keyInfo
• aux_coeffs_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• AuxCoeffs() : PLMD::ves::Optimizer
• auxiliaryConstructor() : PLMD::TensorTyped< T, n, m >, PLMD::VectorTyped< T, n >
• av_counter_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• av_cv_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• av_d2V_dAlpha2_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• av_dV_dAlpha_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• av_dV_dAlpha_prod_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• av_M2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• av_stride_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• available() : PLMD::Subprocess
• aver_counters : PLMD::ves::VesBias
• aver_gradient_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• Average() : PLMD::generic::Average
• average : PLMD::FlexibleBin, PLMD::Value
• average_weights_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• average_weights_stride_ : PLMD::isdb::Metainference
• averageMatrices() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• averageVectors() : PLMD::ves::CoeffsVector
• averaging_counter : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• averaging_exp_decay_ : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• avg_bytes_per_timestep : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata, PLMD::molfile::molfile_timestep_metadata
• avg_counter : PLMD::bias::MaxEnt
• avg_coupling_count_ : PLMD::eds::EDS
• avglambda : PLMD::bias::MaxEnt
• avglambda_restart : PLMD::bias::MaxEnt
• avgstep : PLMD::bias::MaxEnt
• avgx : PLMD::bias::MaxEnt
• ax : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >, PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >