Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- a -

• ABMD() : PLMD::bias::ABMD
• Abort() : PLMD::Communicator
• Abs() : PLMD::lepton::Operation::Abs
• AcceleratorHandler() : PLMD::GridBase::AcceleratorHandler
• Accumulate() : PLMD::generic::Accumulate
• Acos() : PLMD::lepton::Operation::Acos
• Action() : PLMD::Action
• ActionAnyorder() : PLMD::ActionAnyorder
• ActionAtomistic() : PLMD::ActionAtomistic
• ActionForInterface() : PLMD::ActionForInterface
• actionHasForces() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::generic::DumpAtoms, PLMD::generic::DumpMassCharge, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::generic::Plumed, PLMD::generic::PrintNDX, PLMD::generic::WholeMolecules, PLMD::generic::WrapAround
• ActionOptions() : PLMD::ActionOptions
• ActionPilot() : PLMD::ActionPilot
• actionRegister() : PLMD::ActionRegister
• ActionRegistration() : PLMD::ActionRegistration< ActionClass >
• ActionSet() : PLMD::ActionSet
• ActionSetup() : PLMD::ActionSetup
• ActionShortcut() : PLMD::ActionShortcut
• ActionToGetData() : PLMD::ActionToGetData
• ActionToPutData() : PLMD::ActionToPutData
• ActionVolume() : PLMD::volumes::ActionVolume< T >
• ActionWithArguments() : PLMD::ActionWithArguments
• ActionWithGrid() : PLMD::gridtools::ActionWithGrid
• ActionWithMatrix() : PLMD::ActionWithMatrix
• ActionWithValue() : PLMD::ActionWithValue
• ActionWithVector() : PLMD::ActionWithVector
• ActionWithVirtualAtom() : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• activate() : PLMD::Action, PLMD::ves::CoeffsBase
• activateParseOnlyMode() : PLMD::PlumedMain
• adaptive_random_search() : PLMD::maze::Memetic
• AdaptivePath() : PLMD::mapping::AdaptivePath
• Add() : PLMD::lepton::Operation::Add
• add() : PLMD::ActionRegister, PLMD::CLToolRegister, PLMD::Keywords, PLMD::RegisterBase< Content >, PLMD::Value
• add_force() : PLMD::DataPassingObject, PLMD::DataPassingObjectTyped< T >
• add_point() : PLMD::metatomic::vesin::cpu::CellList
• addActionNameSuffix() : PLMD::Keywords
• addArgument() : PLMD::gridtools::KDEHelper< K, P, G >
• addBlockEnd() : PLMD::PDB
• addCenter() : PLMD::RMSD
• addCoeffsSet() : PLMD::ves::VesBias
• addCoeffsSetIDsToFilenames() : PLMD::ves::Optimizer
• addCommentToShortcutOutput() : PLMD::ActionShortcut
• addComponent() : PLMD::ActionWithValue
• addComponentWithDerivatives() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T >, PLMD::function::Function
• AddConstant() : PLMD::lepton::Operation::AddConstant
• addConstantField() : PLMD::OFile
• addDependency() : PLMD::Action
• addDeprecatedFlag() : PLMD::Keywords
• addDeprecatedKeyword() : PLMD::Keywords
• addDerivative() : PLMD::Value
• addDOI() : PLMD::Keywords
• addFlag() : PLMD::Keywords
• addForce() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::Value
• addForces() : PLMD::Value
• addForcesOnArguments() : PLMD::ActionWithArguments
• addFunction() : PLMD::symfunc::ThreeBodyGFunctionsInput
• addGaussian() : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• addGrid() : PLMD::BiasRepresentation
• addGridDerivatives() : PLMD::Value
• addInputKeyword() : PLMD::Keywords
• addKernel() : PLMD::GridBase, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• addKeywordToList() : PLMD::ves::BasisFunctions
• addLinkInDocForFlag() : PLMD::Keywords
• addOrReserve() : PLMD::Keywords
• addOutputComponent() : PLMD::Keywords
• addRemark() : PLMD::PDB
• addRequiredCells() : PLMD::LinkCells
• addToAverage() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• addToSampledAverages() : PLMD::ves::VesBias
• addToSavedInputLines() : PLMD::ActionShortcut
• addToValue() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• addToValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• addValue() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::Grid, PLMD::GridBase, PLMD::SparseGrid
• addValueAndDerivatives() : PLMD::Grid, PLMD::GridBase, PLMD::SparseGrid
• addValueWithDerivatives() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T >, PLMD::function::Function
• addVectorDerivatives() : PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• AdjacencyMatrixBase() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >
• advanceField() : PLMD::IFile
• alignment() : PLMD::gch::detail::inline_storage< T, InlineCapacity >
• allElementsEqual() : PLMD::Value
• Allgather() : PLMD::Communicator
• Allgatherv() : PLMD::Communicator
• allocate() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• allocate_with_hint() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• allocation_end_ptr() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• allocator_inliner() : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false >, PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >
• allocator_interface() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• allocator_ref() : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false >, PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >
• allowBiasCutoff() : PLMD::ves::TargetDistribution
• allowedResidue() : PLMD::MolDataClass, PLMD::PDB
• allowIgnoredFields() : PLMD::IFile
• allowNoEOL() : PLMD::IFile
• AlphaBeta() : PLMD::multicolvar::AlphaBeta
• AlphaRMSD() : PLMD::secondarystructure::AlphaRMSD
• Angle() : PLMD::colvar::Angle
• Angles() : PLMD::multicolvar::Angles
• AngularTetra() : PLMD::symfunc::AngularTetra
• ANN() : PLMD::function::annfunc::ANN
• annealing() : PLMD::maze::Memetic
• AntibetaRMSD() : PLMD::secondarystructure::AntibetaRMSD
• append() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• append_copies() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• append_element() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• append_range() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• appendSuffix() : PLMD::FileBase
• apply() : PLMD::Action, PLMD::ActionAnyorder, PLMD::ActionSetup, PLMD::ActionShortcut, PLMD::ActionToGetData, PLMD::ActionToPutData, PLMD::ActionWithVector, PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::bias::Bias, PLMD::bias::ReweightBase, PLMD::clusters::ClusterDistribution, PLMD::clusters::ClusteringBase, PLMD::clusters::ClusterWeights, PLMD::Colvar, PLMD::colvar::Colvar, PLMD::colvar::Energy, PLMD::colvar::RMSDVector, PLMD::colvar::SelectMassCharge, PLMD::contour::DistanceFromContourBase, PLMD::contour::DumpContour, PLMD::dimred::ArrangePoints, PLMD::dimred::ProjectPoints, PLMD::DomainDecomposition, PLMD::function::Function, PLMD::function::FunctionWithSingleArgument< T >, PLMD::function::SortWithSingleArgument, PLMD::function::Sum, PLMD::generic::Accumulate, PLMD::generic::Collect, PLMD::generic::Committor, PLMD::generic::Constant, PLMD::generic::CreateMask, PLMD::generic::Debug, PLMD::generic::DumpAtoms, PLMD::generic::DumpDerivatives, PLMD::generic::DumpForces, PLMD::generic::DumpMassCharge, PLMD::generic::DumpPDB, PLMD::generic::DumpProjections, PLMD::generic::DumpVector, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift, PLMD::generic::EndPlumed, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::generic::Flush, PLMD::generic::GatherReplicas, PLMD::generic::Include, PLMD::generic::Plumed, PLMD::generic::Print, PLMD::generic::PrintNDX, PLMD::generic::RandomExchanges, PLMD::generic::Read, PLMD::generic::ResetCell, PLMD::generic::Time, PLMD::generic::UpdateIf, PLMD::generic::WholeMolecules, PLMD::generic::WrapAround, PLMD::GenericMolInfo, PLMD::gridtools::DumpGrid, PLMD::gridtools::FindGridOptimum, PLMD::gridtools::GetGridVolumeElement, PLMD::Group, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::isdb::Selector, PLMD::landmarks::FarthestPointSampling, PLMD::mapping::PathDisplacements, PLMD::mapping::PathReparameterization, PLMD::matrixtools::InvertMatrix, PLMD::matrixtools::MatrixOperationBase, PLMD::matrixtools::TransposeMatrix, PLMD::metatomic::MetatomicPlumedAction, PLMD::opes::ExpansionCVs, PLMD::Pbc, PLMD::sasa::Colvar, PLMD::valtools::Concatenate, PLMD::valtools::Flatten, PLMD::valtools::SelectWithMask, PLMD::valtools::VStack, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom, PLMD::vatom::ArgsToVatom, PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::OutputBasisFunctions, PLMD::ves::OutputFesBias, PLMD::ves::OutputTargetDistribution, PLMD::ves::TargetDistribution, PLMD::wham::Wham
• apply_bias() : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• applyBiasCutoff() : PLMD::ves::VesBias
• applyForce() : PLMD::Value
• applyForces() : PLMD::ParallelTaskManager< T >
• applyFunctionAllValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• applyNonZeroRankForces() : PLMD::ActionWithVector, PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >, PLMD::adjmat::TorsionsMatrix, PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T >, PLMD::colvar::RMSDVector, PLMD::crystdistrib::QuaternionBondProductMatrix, PLMD::function::FunctionOfMatrix< T >, PLMD::function::FunctionOfVector< T >, PLMD::gridtools::FunctionOfGrid< T >, PLMD::gridtools::InterpolateGrid, PLMD::gridtools::KDE< K, P, G >, PLMD::gridtools::Marginal, PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix< T >, PLMD::matrixtools::MatrixTimesVectorBase< T >, PLMD::matrixtools::OuterProductBase< T >, PLMD::refdist::MatrixProductDiagonal, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureBase< T >, PLMD::symfunc::ThreeBodyGFunctions, PLMD::volumes::ActionVolume< T >
• applyPeriodicity() : PLMD::Value
• applyTargetDistModiferToGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• arePeriodic() : PLMD::ves::BasisFunctions
• ArgsToVatom() : PLMD::vatom::ArgsToVatom
• ArrangePoints() : PLMD::dimred::ArrangePoints
• Asin() : PLMD::lepton::Operation::Asin
• AsmJitRuntimePtr() : PLMD::lepton::AsmJitRuntimePtr
• Assertion() : PLMD::Exception::Assertion
• assign() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >, PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• assign_with_copies() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• assign_with_range() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• assignOuterProduct() : PLMD::adjmat::MatrixOutput
• assignTags() : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• assignValues() : PLMD::Value
• at() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• Atan() : PLMD::lepton::Operation::Atan
• Atan2() : PLMD::lepton::Operation::Atan2
• atom_kind() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• AtomicSMAC() : PLMD::symfunc::AtomicSMAC
• AtomNumber() : PLMD::AtomNumber
• AuxCoeffs() : PLMD::ves::Optimizer
• auxiliaryConstructor() : PLMD::TensorTyped< T, n, m >, PLMD::VectorTyped< T, n >
• available() : PLMD::Subprocess
• Average() : PLMD::generic::Average
• averageMatrices() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• averageVectors() : PLMD::ves::CoeffsVector