Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- p -

• PairEntropy() : PLMD::gridtools::PairEntropy
• pairing() : PLMD::colvar::Coordination, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::colvar::DHEnergy, PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::maze::Loss, PLMD::maze::Optimizer
• PAMM() : PLMD::pamm::PAMM
• ParabetaRMSD() : PLMD::secondarystructure::ParabetaRMSD
• ParallelTaskManager() : PLMD::ParallelTaskManager< T >
• PARS_DA() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• parse() : PLMD::Action, PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::isdb::CS2BackboneDB, PLMD::lepton::Parser, PLMD::Tools
• parseArgumentList() : PLMD::ActionWithArguments
• parseAtomList() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::colvar::Angle, PLMD::colvar::DihedralCorrelation, PLMD::colvar::Dipole, PLMD::colvar::Distance, PLMD::colvar::Plane, PLMD::colvar::Position, PLMD::colvar::Torsion, PLMD::crystdistrib::Quaternion, PLMD::multicolvar::MultiColvarShortcuts
• parseAtoms() : PLMD::volumes::VolumeAround, PLMD::volumes::VolumeCavity, PLMD::volumes::VolumeInCylinder, PLMD::volumes::VolumeInEnvelope, PLMD::volumes::VolumeInSphere, PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• ParsedExpression() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• parseFilenames() : PLMD::ves::Optimizer
• parseFlag() : PLMD::Action, PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::Tools
• parseInput() : PLMD::adjmat::BridgeMatrix, PLMD::adjmat::ContactMatrix, PLMD::adjmat::DistanceMatrix, PLMD::adjmat::HbondMatrix, PLMD::adjmat::TopologyMatrix, PLMD::pamm::HBPammMatrix, PLMD::volumes::VolumeAround, PLMD::volumes::VolumeCavity, PLMD::volumes::VolumeInCylinder, PLMD::volumes::VolumeInEnvelope, PLMD::volumes::VolumeInSphere, PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• parseMultipleValues() : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• parseNumbered() : PLMD::Action
• parseNumberedVector() : PLMD::Action
• parseOnlyMode() : PLMD::PlumedMain
• parsePrecedence() : PLMD::lepton::Parser
• ParseToken() : PLMD::lepton::ParseToken
• parseVector() : PLMD::Action, PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::Tools
• passGradients() : PLMD::Value
• Path() : PLMD::mapping::Path
• PathDisplacements() : PLMD::mapping::PathDisplacements
• PathMSD() : PLMD::colvar::PathMSD
• PathMSDBase() : PLMD::colvar::PathMSDBase
• PathProjectionCalculator() : PLMD::mapping::PathProjectionCalculator
• PathReparameterization() : PLMD::mapping::PathReparameterization
• PathTools() : PLMD::mapping::PathTools
• pause() : PLMD::Stopwatch, PLMD::Stopwatch::Watch
• Pbc() : PLMD::Pbc
• pbc() : PLMD::cltools::SimpleMD, PLMD::Tools
• pbc_off() : PLMD::maze::Optimizer
• pbc_on() : PLMD::maze::Optimizer
• PbcAction() : PLMD::PbcAction
• pbcApply() : PLMD::ActionAtomistic
• pbcDistance() : PLMD::ActionAtomistic
• PBMetaD() : PLMD::bias::PBMetaD
• PCA() : PLMD::dimred::PCA
• PCARMSD() : PLMD::colvar::PCARMSD
• PCAVars() : PLMD::mapping::PCAVars
• PDB2Constant() : PLMD::generic::PDB2Constant
• PdbRenumber() : PLMD::cltools::PdbRenumber
• performCalc() : PLMD::PlumedMain
• performCalcNoForces() : PLMD::PlumedMain
• performCalcNoUpdate() : PLMD::PlumedMain
• performClustering() : PLMD::clusters::ClusteringBase, PLMD::clusters::DFSClustering
• performTask() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >, PLMD::adjmat::Neighbors< T >, PLMD::adjmat::TorsionsMatrix, PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T >, PLMD::colvar::RMSDVector, PLMD::contour::FindContour, PLMD::contour::FindContourSurface, PLMD::contour::FindSphericalContour, PLMD::crystdistrib::QuaternionBondProductMatrix, PLMD::dimred::ProjectPoints, PLMD::function::FunctionOfMatrix< T >, PLMD::function::FunctionOfVector< T >, PLMD::gridtools::FunctionOfGrid< T >, PLMD::gridtools::InterpolateGrid, PLMD::gridtools::KDE< K, P, G >, PLMD::gridtools::Marginal, PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix< T >, PLMD::matrixtools::MatrixTimesVectorBase< T >, PLMD::matrixtools::MatrixTimesVectorProper, PLMD::matrixtools::MatrixTimesVectorRowSums, PLMD::matrixtools::OuterProductBase< T >, PLMD::refdist::MatrixProductDiagonal, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureBase< T >, PLMD::symfunc::ThreeBodyGFunctions, PLMD::volumes::ActionVolume< T >
• periodic() : PLMD::metatomic::vesin::BoundingBox
• PesMD() : PLMD::cltools::PesMD
• PIV() : PLMD::piv::PIV
• PlaceholderFunction() : PLMD::lepton::PlaceholderFunction
• Plane() : PLMD::colvar::Plane
• PlaneShortcut() : PLMD::multicolvar::PlaneShortcut
• Plumed() : PLMD::generic::Plumed
• plumed_c2f() : plumed
• plumed_c2v() : plumed
• plumed_cmd() : plumed
• plumed_cmd_nothrow() : plumed
• plumed_create() : plumed
• plumed_create_dlopen() : plumed
• plumed_create_invalid() : plumed
• plumed_create_reference() : plumed
• plumed_create_reference_f() : plumed
• plumed_create_reference_v() : plumed
• plumed_f2c() : plumed
• plumed_finalize() : plumed
• plumed_installed() : plumed
• plumed_use_count() : plumed
• plumed_v2c() : plumed
• plumed_valid() : plumed
• PlumedHandle() : PLMD::PlumedHandle
• plumedHasMPI() : PLMD::Communicator
• PlumedMain() : PLMD::PlumedMain
• plumedQuantityToMD() : PLMD::PlumedMain
• pop_back() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• popDLRegistration() : PLMD::Register
• Position() : PLMD::colvar::Position
• position_linear_proj() : PLMD::sizeshape::position_linear_proj
• position_maha_dist() : PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• Power() : PLMD::lepton::Operation::Power
• PowerConstant() : PLMD::lepton::Operation::PowerConstant
• PRE() : PLMD::isdb::PRE
• precalculateConstantSubexpressions() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• preevaluateVariables() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• prepare() : PLMD::Action, PLMD::ActionWithVector, PLMD::adjmat::Neighbors< T >, PLMD::adjmat::TorsionsMatrix, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::crystdistrib::QuaternionBondProductMatrix, PLMD::dimred::ArrangePoints, PLMD::dimred::ProjectPoints, PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::function::FuncPathMSD, PLMD::function::FunctionOfMatrix< T >, PLMD::function::FunctionOfVector< T >, PLMD::generic::CreateMask, PLMD::generic::DumpMassCharge, PLMD::generic::Plumed, PLMD::generic::Print, PLMD::generic::Read, PLMD::generic::UpdateIf, PLMD::GenericMolInfo, PLMD::gridtools::KDE< K, P, G >, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::landmarks::FarthestPointSampling, PLMD::matrixtools::DiagonalizeMatrix, PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix< T >, PLMD::matrixtools::MatrixTimesVectorBase< T >, PLMD::matrixtools::OuterProductBase< T >, PLMD::matrixtools::TransposeMatrix, PLMD::maze::Optimizer, PLMD::s2cm::S2ContactModel, PLMD::valtools::SelectWithMask, PLMD::valtools::VStack, PLMD::wham::Wham
• prepareCalc() : PLMD::PlumedMain
• prepareDependencies() : PLMD::PlumedMain
• Print() : PLMD::generic::Print
• print() : PLMD::Keywords, PLMD::PDB, PLMD::Value
• print_bias() : PLMD::isdb::Rescale
• print_html() : PLMD::Keywords
• print_html_item() : PLMD::Keywords
• print_spelling() : PLMD::Keywords
• print_status() : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::maze::Memetic
• print_template() : PLMD::Keywords
• print_vim() : PLMD::Keywords
• printArgumentConnections() : PLMD::cltools::ShowGraph
• printAtom() : PLMD::generic::DumpPDB
• printAtomConnections() : PLMD::cltools::ShowGraph
• printDeltaF() : PLMD::opes::OPESexpanded
• printExampleInput() : PLMD::cltools::GenExample
• printf() : PLMD::OFile
• printField() : PLMD::OFile
• printForce() : PLMD::Value
• printHyperlink() : PLMD::cltools::GenJson
• printInfo() : PLMD::ves::BasisFunctions
• printKeywordDocs() : PLMD::cltools::GenJson
• printLambda() : PLMD::mapping::PathTools
• printManual() : PLMD::ActionRegister, PLMD::CLToolRegister
• PrintNDX() : PLMD::generic::PrintNDX
• printStyle() : PLMD::cltools::ShowGraph
• printTemplate() : PLMD::ActionRegister
• ProbWeight() : PLMD::ProbWeight
• Prod() : PLMD::Communicator
• Product() : PLMD::function::Product
• project() : PLMD::Grid
• projectInnerLoop() : PLMD::BiasWeight, PLMD::ProbWeight, PLMD::ves::FesWeight, PLMD::ves::MarginalWeight, PLMD::WeightBase
• projection() : PLMD::Value
• ProjectionOnAxis() : PLMD::colvar::ProjectionOnAxis
• projectOnLowDimension() : PLMD::Grid
• projectOuterLoop() : PLMD::BiasWeight, PLMD::ProbWeight, PLMD::ves::FesWeight, PLMD::ves::MarginalWeight, PLMD::WeightBase
• ProjectPoints() : PLMD::dimred::ProjectPoints
• PropertyMap() : PLMD::colvar::PropertyMap
• proposeMove() : PLMD::isdb::Rescale
• pruneShortcuts() : PLMD::multicolvar::CoordAngles
• ptr_cast() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• Puckering() : PLMD::colvar::Puckering
• push_back() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >, PLMD::Value
• pushDLRegistration() : PLMD::Register
• pushKernel() : PLMD::BiasRepresentation
• putCoordinateAtValue() : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject