Here is a list of all variables with links to the classes they belong to:

- n -

• n : PLMD::colvar::GHBFIX
• n_global_iterations_ : PLMD::maze::Memetic
• n_i_ : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• n_interpolation_ : PLMD::fisst::FISST
• n_iter_ : PLMD::maze::Optimizer
• n_local_iterations_ : PLMD::maze::Memetic
• N_optimized_step_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• n_samples_ : PLMD::fisst::FISST
• n_search_ : PLMD::metatomic::vesin::cpu::CellList
• n_tempering_options_ : PLMD::bias::MetaD
• n_threads_ : PLMD::maze::Optimizer
• nactive : PLMD::contour::DistanceFromContourBase
• nallpairs_ : PLMD::NeighborList
• name : PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs, PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::FileBase::FieldBase, PLMD::lepton::Operation::Custom, PLMD::lepton::Operation::Variable, PLMD::molfile::molfile_atom_t, PLMD::Random, PLMD::Value
• name_of_energy : PLMD::PlumedMain
• name_stem : PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs
• names : PLMD::BiasRepresentation, PLMD::generic::DumpAtoms
• nanneal_ : PLMD::isdb::EMMI
• narg : PLMD::function::Ensemble, PLMD::function::LocalEnsemble, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• nargs : PLMD::ArgumentsBookkeeping, PLMD::LeptonCall, PLMD::ParallelActionsInput
• nargs_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::VesLinearExpansion
• Natm : PLMD::piv::PIV
• natoms : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixInput, PLMD::ERMSD, PLMD::fileParser, PLMD::molfile::md_header, PLMD::molfile::md_ts, PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureDRMSDInput, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSDInput, PLMD::xdrfile::t_trnheader
• natoms_in_list : PLMD::volumes::VolumeInEnvelope
• natoms_per_list : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixData< T >, PLMD::volumes::VolumeInEnvelope
• natoms_per_task : PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T >
• natoms_per_three_list : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixData< T >
• nbasins : PLMD::generic::Committor
• nbasis_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• nbasisf_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• nbiases_ : PLMD::ves::Optimizer
• nbin : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject, PLMD::gridtools::InterpolateGrid, PLMD::gridtools::KDEGridTools< K, P >
• nbin_ : PLMD::GridBase
• NBINS : PLMD::funnel::Funnel
• nbins : PLMD::contour::FindSphericalContourObject, PLMD::gridtools::SphericalKDEGridTools
• nbins_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• NBINZ : PLMD::funnel::Funnel
• nbonds : PLMD::adjmat::NeighborCalcInput
• nbytes : PLMD::Communicator::ConstData, PLMD::Communicator::Data
• ncart : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• ncells : PLMD::LinkCells
• ncenters_ : PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian, PLMD::ves::TD_Gaussian, PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal, PLMD::ves::TD_VonMises
• ncoeffs_ : PLMD::ves::CoeffsBase, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::VesLinearExpansion
• ncoeffs_total_ : PLMD::ves::VesBias
• ncoeffssets_ : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• ncols : PLMD::adjmat::NeighborCalcInput, PLMD::ArgumentBookeepingHolder, PLMD::ArgumentsBookkeeping, PLMD::ParallelActionsInput, PLMD::RequiredMatrixElements, PLMD::Value
• ncols_size : PLMD::ParallelActionsInput
• ncolumns_ : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• ncomponents : PLMD::ColvarOutput, PLMD::function::Combine, PLMD::ParallelActionsInput
• ncoupl_ : PLMD::isdb::JCoupling
• ncv_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• ncvs_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• ncycles : PLMD::dimred::ArrangePoints
• nderivatives_per_scalar : PLMD::ParallelActionsInput
• nderivatives_per_task : PLMD::ParallelTaskManager< T >
• nderivPerComponent : PLMD::ColvarOutput::DerivHelper, PLMD::ColvarOutput::VirialHelper
• ndim : PLMD::BiasRepresentation
• ndimensions_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• ndist_ : PLMD::ves::TD_LinearCombination, PLMD::ves::TD_ProductCombination, PLMD::ves::TD_ProductDistribution
• NDIV : PLMD::Random
• neededActions : PLMD::Keywords
• needs_bias_grid_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• needs_bias_withoutcutoff_grid_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• needs_fes_grid_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• negativebias : PLMD::function::FuncSumHills
• neigh_size : PLMD::colvar::PathMSDBase, PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::function::FuncPathMSD
• neigh_stride : PLMD::colvar::PathMSDBase, PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::function::FuncPathMSD
• neighbor_list_ : PLMD::maze::Optimizer
• neighbors : PLMD::metatomic::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• neighbors_ : PLMD::NeighborList
• neighpair : PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::function::FuncPathMSD
• nelem : PLMD::matrixtools::InputVectors, plumed_safeptr, plumed_safeptr_x
• nested : plumed_error
• nestedExceptions : PLMD::PlumedMain
• never_activate : PLMD::Action
• newbox : PLMD::generic::ResetCell
• nexp_ : PLMD::isdb::EMMI
• nfgrid : PLMD::dimred::ArrangePoints
• nforcescalars : PLMD::ParallelActionsInput
• nframes : PLMD::colvar::PathMSDBase
• nga : PLMD::isdb::NOE, PLMD::isdb::PRE
• ngrid_der : PLMD::Value
• nimag : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• nind : PLMD::adjmat::NeighborCalcInput
• nindices_per_task : PLMD::colvar::MultiColvarInput, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureDRMSDInput, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSDInput
• nintcoords : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• Nj : PLMD::isdb::SAXS
• nkernels_per_point : PLMD::gridtools::KDEHelper< K, P, G >
• nl : PLMD::colvar::ContactMap, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::colvar::EEFSolv, PLMD::isdb::NOE, PLMD::isdb::PRE, PLMD::piv::PIV, PLMD::s2cm::S2ContactModel
• nl_ : PLMD::isdb::EMMI
• nl_buffer : PLMD::colvar::EEFSolv
• nl_cut : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >
• nl_cut2 : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >
• nl_cutoff_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::maze::Optimizer
• nl_skin : PLMD::piv::PIV
• nl_stride : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >, PLMD::colvar::EEFSolv
• nl_stride_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::maze::Optimizer
• nl_update : PLMD::colvar::EEFSolv, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• nlall : PLMD::piv::PIV
• nlandmarks : PLMD::landmarks::FarthestPointSampling
• nlcom : PLMD::piv::PIV
• nlexpo : PLMD::colvar::EEFSolv
• nlinesPerStep : PLMD::generic::Read
• Nlist : PLMD::piv::PIV, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• nlist : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixData< T >, PLMD::volumes::VolumeInEnvelope
• nlist0_ : PLMD::NeighborList
• nlist1_ : PLMD::NeighborList
• nlist_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• nlist_center_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• nlist_dev2_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• nlist_hills_ : PLMD::bias::MetaD
• nlist_index_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• nlist_pace_reset_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• nlist_param_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• nlist_steps_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• nlist_three : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixData< T >
• nlist_three_v : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixData< T >
• nlist_update_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• nlist_v : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixData< T >
• nlists : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixData< T >
• nLocalAtoms : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• NLsize : PLMD::piv::PIV
• nmask : PLMD::ActionWithVector
• nn : PLMD::switchContainers::Data
• nneigh : PLMD::clusters::DFSClustering, PLMD::gridtools::KDEHelper< K, P, G >
• nnf : PLMD::switchContainers::Data
• no_aver_ : PLMD::isdb::EMMI
• no_broadcast : PLMD::bias::MaxEnt
• no_Zed_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• noderiv : PLMD::ActionWithValue, PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixInput, PLMD::matrixtools::MatrixTimesVectorInput, PLMD::ParallelActionsInput
• noEOL : PLMD::IFile
• noforce : PLMD::ActionToPutData
• nohistory : PLMD::function::FuncSumHills
• noise_ : PLMD::isdb::EMMI
• noise_type_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• NoMasksUsed : PLMD::ActionWithVector
• noname : PLMD::Random
• nopbc : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >, PLMD::colvar::Dipole, PLMD::colvar::Gyration, PLMD::colvar::PathMSDBase, PLMD::colvar::PCARMSD, PLMD::colvar::RMSD, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::LinkCells, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureDRMSDInput, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSDInput, PLMD::vatom::Center, PLMD::vatom::Ghost
• norder_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• nores_ : PLMD::isdb::Rescale
• norm : PLMD::gridtools::VonMissesKernelParams
• norm_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• norm_weights : PLMD::colvar::RMSDVector
• normaliz : PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• normaliz_v : PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• normalization_ : PLMD::ves::TD_Chi, PLMD::ves::TD_ChiSquared, PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue, PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal, PLMD::ves::TD_VonMises
• normalmodes : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• normVect : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• noStretchWarningDone : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• not_in : PLMD::volumes::VolumeData< T >
• note : PLMD::Exception
• notify : PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >
• novirial : PLMD::generic::Debug, PLMD::PlumedMain
• npoints : PLMD::contour::FindSphericalContour, PLMD::dimred::ArrangePoints, PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• Nprec : PLMD::piv::PIV
• nProc : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• nproc : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• nranks : PLMD::colvar::Dimer
• nre : PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::xdrfile::t_trnheader
• nregres_ : PLMD::isdb::EMMI
• nregres_zero_ : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• nrep : PLMD::bias::MaxEnt
• nrep_ : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::isdb::Rescale
• nreplicas : PLMD::generic::GatherReplicas, PLMD::wham::Wham
• nres : PLMD::isdb::SAXS
• nresidues : PLMD::ERMSD
• nrows_ : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• NS : PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP
• nscalars : PLMD::function::FunctionData< T >, PLMD::function::FunctionOfMatrix< T >, PLMD::gridtools::FunctionOfGrid< T >, PLMD::ParallelActionsInput
• nsel_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• NSMEM : PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP, PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP, PLMD::membranefusion::memFusionP
• nstride : PLMD::LinkCells
• nstructures : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureDRMSDInput, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSDInput
• nt_ : PLMD::isdb::BAIES
• nt_env_set : PLMD::OpenMP::OpenMPVars
• NTAB : PLMD::Random
• nthreaded_forces : PLMD::ParallelTaskManager< T >
• nuc_charge : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• nucleus : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• num_basis_atoms : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• num_basis_funcs : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• num_charge_sets : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata
• num_electrons : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• num_layers : PLMD::function::annfunc::ANN
• num_nodes : PLMD::function::annfunc::ANN
• num_occupied_A : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• num_occupied_B : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• num_orbitals_per_wavef : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata
• num_prim_per_shell : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• num_scfiter : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata
• num_shells : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• num_shells_per_atom : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• num_threads : PLMD::OpenMP::OpenMPVars
• num_wavef : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata
• numArgs : PLMD::lepton::PlaceholderFunction
• numAtoms : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• number : PLMD::adjmat::NeighborCalcInput, PLMD::adjmat::NHighInput, PLMD::adjmat::NLowInput, PLMD::adjmat::OneHighInput, PLMD::adjmat::OneLowInput
• number2index : PLMD::PDB
• number_of_cluster : PLMD::clusters::ClusteringBase
• numberOfNonReferenceAtoms : PLMD::volumes::VolumeData< T >
• NumberOfReplicas : PLMD::ExchangePatterns
• numbers : PLMD::funnel::FUNNEL_PS, PLMD::PDB
• numbytes : plumed_error_filesystem_path
• numerators : PLMD::function::FuncPathGeneral
• numerical_uniform_integrals_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• numericalDerivatives : PLMD::ActionWithValue
• NumOMP_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• NumParallel_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >, PLMD::ves::VesDeltaF
• NumWalkers_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >, PLMD::ves::VesDeltaF
• numXtraDists : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• nupdate_ : PLMD::isdb::Shadow
• nzeros : PLMD::generic::CreateMask