Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- d -

• Data() : PLMD::Communicator::Data
• data() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >, PLMD::TensorTyped< T, n, m >, PLMD::VectorTyped< T, n >, PLMD::View2D< T, N, M >, PLMD::View< T, N >
• data_ptr() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• DataPassingObject() : PLMD::DataPassingObject
• deactivate() : PLMD::Action, PLMD::ves::CoeffsBase
• deallocate() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >, PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• Debug() : PLMD::generic::Debug
• decrease_probability() : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• decrease_size() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• decreaseReferenceCounter() : PLMD::PlumedMain
• default_uninitialized_copy() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• default_uninitialized_value_construct() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• Delta() : PLMD::lepton::Operation::Delta
• Density() : PLMD::volumes::Density
• DeprecatedAtoms() : PLMD::PlumedMain::DeprecatedAtoms
• deriv_poly() : PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• DerivHelper() : PLMD::ColvarOutput::DerivHelper
• description() : PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::cltools::CLToolSumHills, PLMD::cltools::Completion, PLMD::cltools::Driver< real >, PLMD::cltools::GenExample, PLMD::cltools::GenJson, PLMD::cltools::GenTemplate, PLMD::cltools::Info, PLMD::cltools::kt, PLMD::cltools::Manual, PLMD::cltools::PdbRenumber, PLMD::cltools::PesMD, PLMD::cltools::ShowGraph, PLMD::cltools::SimpleMD, PLMD::HistogramBead, PLMD::mapping::PathTools, PLMD::switchContainers::leptonSwitch, PLMD::switchContainers::Switch, PLMD::switchContainers::SwitchInterface< SF >, PLMD::switchContainers::SwitchInterface_lepton, PLMD::SwitchingFunction, PLMD::SwitchingFunctionAccelerable, PLMD::ves::FermiSwitchingFunction, PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• destroy() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >, PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• destroy_at() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• destroy_range() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >, PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• destroyData() : PLMD::Keywords
• Determinant() : PLMD::matrixtools::Determinant
• determinant() : PLMD::metatomic::vesin::Matrix, PLMD::sizeshape::position_linear_proj, PLMD::sizeshape::position_maha_dist, PLMD::TensorTyped< T, n, m >
• DFSClustering() : PLMD::clusters::DFSClustering
• DHEnergy() : PLMD::colvar::DHEnergy
• diagonalHessian() : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• DiagonalizeMatrix() : PLMD::matrixtools::DiagonalizeMatrix
• difference() : PLMD::ActionWithArguments, PLMD::gridtools::RegularKernel< K >, PLMD::HistogramBead, PLMD::Value
• differentiate() : PLMD::lepton::Operation::Abs, PLMD::lepton::Operation::Acos, PLMD::lepton::Operation::Add, PLMD::lepton::Operation::AddConstant, PLMD::lepton::Operation::Asin, PLMD::lepton::Operation::Atan2, PLMD::lepton::Operation::Atan, PLMD::lepton::Operation::Ceil, PLMD::lepton::Operation::Constant, PLMD::lepton::Operation::Cos, PLMD::lepton::Operation::Cosh, PLMD::lepton::Operation::Cot, PLMD::lepton::Operation::Csc, PLMD::lepton::Operation::Cube, PLMD::lepton::Operation::Custom, PLMD::lepton::Operation::Delta, PLMD::lepton::Operation, PLMD::lepton::Operation::Divide, PLMD::lepton::Operation::Erf, PLMD::lepton::Operation::Erfc, PLMD::lepton::Operation::Exp, PLMD::lepton::Operation::Floor, PLMD::lepton::Operation::Log, PLMD::lepton::Operation::Max, PLMD::lepton::Operation::Min, PLMD::lepton::Operation::Multiply, PLMD::lepton::Operation::MultiplyConstant, PLMD::lepton::Operation::Nandelta, PLMD::lepton::Operation::Negate, PLMD::lepton::Operation::Power, PLMD::lepton::Operation::PowerConstant, PLMD::lepton::Operation::Reciprocal, PLMD::lepton::Operation::Sec, PLMD::lepton::Operation::Select, PLMD::lepton::Operation::Sin, PLMD::lepton::Operation::Sinh, PLMD::lepton::Operation::Sqrt, PLMD::lepton::Operation::Square, PLMD::lepton::Operation::Step, PLMD::lepton::Operation::Subtract, PLMD::lepton::Operation::Tan, PLMD::lepton::Operation::Tanh, PLMD::lepton::Operation::Variable, PLMD::lepton::ParsedExpression
• Dihcor() : PLMD::multicolvar::Dihcor
• DihedralCorrelation() : PLMD::colvar::DihedralCorrelation
• Dimer() : PLMD::colvar::Dimer
• Dipole() : PLMD::colvar::Dipole
• DirectoryChanger() : PLMD::Tools::DirectoryChanger
• disableBiasFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• disableDynamicTargetDistFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• disableDynamicTargetDistribution() : PLMD::ves::VesBias
• disableFesFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• disableFesFileProjOutput() : PLMD::ves::VesBias
• disableHessian() : PLMD::ves::VesBias
• disableStaticTargetDistFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• Displacement() : PLMD::refdist::Displacement
• Distance() : PLMD::colvar::Distance
• distance() : PLMD::NeighborList, PLMD::Pbc
• DistanceFromContour() : PLMD::contour::DistanceFromContour
• DistanceFromContourBase() : PLMD::contour::DistanceFromContourBase
• DistanceFromSphericalContour() : PLMD::contour::DistanceFromSphericalContour
• Distances() : PLMD::multicolvar::Distances
• distances_between_faces() : PLMD::metatomic::vesin::BoundingBox
• Divide() : PLMD::lepton::Operation::Divide
• DLLoader() : PLMD::DLLoader
• dlopen() : PLMD::PlumedHandle
• do_regression_zero() : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• do_svd() : PLMD::isdb::RDC
• doAccept() : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Rescale
• doCoreCalc() : PLMD::RMSDCoreData
• doCoreCalcWithCloseStructure() : PLMD::RMSDCoreData
• DomainComms() : PLMD::DomainDecomposition::DomainComms
• DomainDecomposition() : PLMD::DomainDecomposition
• doMonteCarlo() : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::isdb::Rescale
• doNotAllowBiasCutoff() : PLMD::ves::TargetDistribution
• doNotCalculateDerivatives() : PLMD::ActionWithValue
• doNotForce() : PLMD::ActionAtomistic
• doNotRetrieve() : PLMD::ActionAtomistic
• DopsShortcut() : PLMD::crystdistrib::DopsShortcut
• doRational() : PLMD::switchContainers::fixedRational< N,, >, PLMD::switchContainers::rational< isFast, nis2m >
• doRegression() : PLMD::isdb::EMMI
• doSearch() : PLMD::RootFindingBase< FCLASS >
• dot() : PLMD::metatomic::vesin::Vector
• double2MD() : PLMD::DataPassingTools, PLMD::DataPassingToolsTyped< T >
• Driver() : PLMD::cltools::Driver< real >
• DRMSD() : PLMD::colvar::DRMSD
• DumpAtoms() : PLMD::generic::DumpAtoms
• DumpContour() : PLMD::contour::DumpContour
• DumpDerivatives() : PLMD::generic::DumpDerivatives
• DumpForces() : PLMD::generic::DumpForces
• DumpGrid() : PLMD::gridtools::DumpGrid
• DumpMassCharge() : PLMD::generic::DumpMassCharge
• DumpMultiColvar() : PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar
• DumpPDB() : PLMD::generic::DumpPDB
• DumpProjections() : PLMD::generic::DumpProjections
• dumpStateToFile() : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• DumpVector() : PLMD::generic::DumpVector
• dynamicStepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• dynamicTargetDistribution() : PLMD::ves::VesBias