Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- s -

• S2ContactModel() : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• sameShape() : PLMD::ves::CoeffsBase, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• sampling_radius() : PLMD::maze::Optimizer
• sasa_calculate() : PLMD::isdb::SAXS
• SASA_HASEL() : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• SASA_LCPO() : PLMD::sasa::SASA_LCPO
• savePositions() : PLMD::GREX
• saveValueAsDouble() : PLMD::DataPassingObject, PLMD::DataPassingObjectTyped< T >
• SAXS() : PLMD::isdb::SAXS
• scaleAllValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• scaleAllValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• scaledToReal() : PLMD::Pbc
• scaleEnergy() : PLMD::isdb::EMMI
• scanField() : PLMD::IFile
• scanFieldList() : PLMD::IFile
• scanOneHill() : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::function::FilesHandler
• score() : PLMD::maze::Optimizer
• score_mean() : PLMD::maze::Memetic
• score_member() : PLMD::maze::Memetic
• score_members() : PLMD::maze::Memetic
• search() : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >
• Sec() : PLMD::lepton::Operation::Sec
• SecondaryStructureBase() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureBase< T >
• Select() : PLMD::isdb::Select, PLMD::lepton::Operation::Select
• select() : PLMD::ActionSet
• SelectComponents() : PLMD::valtools::SelectComponents
• selection_roulette() : PLMD::maze::Memetic
• selectLatest() : PLMD::ActionSet
• SelectMassCharge() : PLMD::colvar::SelectMassCharge
• selectNot() : PLMD::ActionSet
• Selector() : PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::isdb::Selector
• selectWithLabel() : PLMD::ActionSet
• SelectWithMask() : PLMD::valtools::SelectWithMask
• serial() : PLMD::AtomNumber
• set() : PLMD::ColvarOutput::VirialHelper, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >, PLMD::HistogramBead, PLMD::LeptonCall, PLMD::RMSD, PLMD::SwitchingFunction, PLMD::SwitchingFunctionAccelerable, PLMD::TypesafePtr, PLMD::Value, PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• set_capacity() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >, PLMD::maze::Memetic
• set_cauchy_mean() : PLMD::maze::Memetic
• set_cauchy_spread() : PLMD::maze::Memetic
• set_coding_len() : PLMD::maze::Memetic
• Set_comm() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionToPutData, PLMD::Communicator, PLMD::DomainDecomposition
• set_data() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• set_data_ptr() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• set_default() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• set_distance() : PLMD::metatomic::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• Set_fcomm() : PLMD::Communicator
• set_label() : PLMD::maze::Optimizer
• set_local_search_rate() : PLMD::maze::Memetic
• set_local_search_type() : PLMD::maze::Memetic
• set_mating_rate() : PLMD::maze::Memetic
• set_memory() : PLMD::ActionToGetData
• set_mutation_rate() : PLMD::maze::Memetic
• set_n_global_iterations() : PLMD::maze::Memetic
• set_n_iterations() : PLMD::maze::Optimizer
• set_n_local_iterations() : PLMD::maze::Memetic
• set_n_threads_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• set_nl_cutoff() : PLMD::maze::Optimizer
• set_nl_stride() : PLMD::maze::Optimizer
• set_opt() : PLMD::maze::Optimizer
• set_opt_value() : PLMD::maze::Optimizer
• set_optimizer_stride() : PLMD::maze::Optimizer
• set_pair() : PLMD::metatomic::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• set_rank_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• set_sampling_radius() : PLMD::maze::Optimizer
• set_shift() : PLMD::metatomic::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• set_size() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• set_stride_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• set_to_inline_storage() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• set_to_zero() : PLMD::Tools
• set_value() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix, PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• set_vector() : PLMD::metatomic::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• setActionInput() : PLMD::ParallelTaskManager< T >
• setAlign() : PLMD::RMSD
• setAllCoeffsDescriptions() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setAllCoeffsSetIterationCounters() : PLMD::ves::Optimizer
• setAllDimensionLabels() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setAllowMultiple() : PLMD::Keywords::keyInfo
• setAllUniformIntegralsToZero() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setAllValuesToZero() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• setArgDerivatives() : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setArgumentDomain() : PLMD::gridtools::DiscreteKernel, PLMD::gridtools::HistogramBeadKernel, PLMD::gridtools::RegularKernel< K >, PLMD::gridtools::UniversalVonMisses
• setArgumentNames() : PLMD::PDB
• setArgumentType() : PLMD::Keywords::keyInfo
• setArgumentValue() : PLMD::PDB
• setAtomNumbers() : PLMD::PDB
• setAtomPositions() : PLMD::PDB
• setAtomsContiguous() : PLMD::DomainDecomposition
• setAtomsDerivatives() : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::colvar::Colvar, PLMD::Colvar, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::sasa::Colvar, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• setAtomsGatindex() : PLMD::DomainDecomposition
• setAtomsNlocal() : PLMD::DomainDecomposition
• setBackupString() : PLMD::OFile
• setBias() : PLMD::bias::Bias
• setBiasGridNeeded() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setBiasMaximumToZero() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setBiasMinimumToZero() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setBiasOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setBiasWithoutCutoffGridNeeded() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setBounds() : PLMD::CheckInRange, PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• setBox() : PLMD::Pbc
• setBoxDerivatives() : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::colvar::Colvar, PLMD::Colvar, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::sasa::Colvar, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• setBoxDerivativesNoPbc() : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::colvar::Colvar, PLMD::colvar::ColvarInput, PLMD::Colvar, PLMD::sasa::Colvar, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• setBoxDerivativesNoPbc_inplace() : PLMD::colvar::ColvarInput
• setCalcData() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setCharge() : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::Units, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• setCoeffDescription() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setCol() : PLMD::TensorTyped< T, n, m >
• setCollectEnergy() : PLMD::PlumedMain::DeprecatedAtoms
• setComponentsIntroduction() : PLMD::Keywords
• setConstant() : PLMD::Value
• setCurrentBiasMaxValue() : PLMD::ves::VesBias
• setCurrentStepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• setCurrentStepSizes() : PLMD::ves::Optimizer
• setCutoff() : PLMD::LinkCells
• setData() : PLMD::DataPassingObject, PLMD::DataPassingObjectTyped< T >, PLMD::KernelFunctions
• setDataLabel() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setDefaultFlag() : PLMD::Keywords::keyInfo
• setDefaultValue() : PLMD::Keywords::keyInfo
• setDeprecated() : PLMD::Keywords
• setDerivative() : PLMD::function::Function, PLMD::Value
• setDerivativeIsZeroWhenValueIsZero() : PLMD::Value
• setDerivatives() : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setDescription() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setDimension() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setDimensionLabel() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setDisplace() : PLMD::RMSD
• setDisplayName() : PLMD::Keywords
• setDocString() : PLMD::Keywords::keyInfo
• setDocstring() : PLMD::Keywords::component
• setDomain() : PLMD::Value
• setDynamic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setEndPlumed() : PLMD::PlumedMain
• setEnergy() : PLMD::Units
• setEnergyValue() : PLMD::PlumedMain
• setExchangeStep() : PLMD::PlumedMain
• setExtraCV() : PLMD::ActionAtomistic
• setFesGridNeeded() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setFesOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setFesProjOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setFlag() : PLMD::ExchangePatterns
• setForcedNormalization() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setForcePointer() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionToPutData, PLMD::DataPassingObject, PLMD::DataPassingObjectTyped< T >, PLMD::DomainDecomposition
• setForcesOnAtoms() : PLMD::ActionAtomistic
• setForcesOnCell() : PLMD::ActionAtomistic
• setForceUnit() : PLMD::DataPassingObject
• setFromVector() : PLMD::Matrix< T >
• setFullPath() : PLMD::ActionOptions
• setGlobalPosition() : PLMD::ActionAtomistic
• setGradients() : PLMD::ActionWithArguments, PLMD::Value
• setGradientsIfNeeded() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionWithValue
• setGridBins() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::VesBias
• setGridDerivatives() : PLMD::Value
• setGridElement() : PLMD::gridtools::GridSearch< FCLASS >
• setGridFMT() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setGridMax() : PLMD::ves::VesBias
• setGridMin() : PLMD::ves::VesBias
• setHeavyFlush() : PLMD::FileBase
• setIndex() : PLMD::AtomNumber
• setInputData() : PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool
• setInputForce() : PLMD::PlumedMain
• setInputValue() : PLMD::PlumedMain
• setInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setIntervalBounded() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setIntervalNonBounded() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setIntrinsicInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setIterationCounter() : PLMD::ves::CoeffsBase, PLMD::ves::Optimizer
• setIterationCounterAndTime() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setKernelAndCheckHeight() : PLMD::gridtools::DiagonalKernelParams, PLMD::gridtools::NonDiagonalKernelParams, PLMD::gridtools::VonMissesKernelParams
• setKernelType() : PLMD::HistogramBead
• setKey() : PLMD::Keywords::component
• setLabel() : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::CoeffsBase
• setLabelPrefix() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setLabels() : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::CoeffsBase
• setLastUpdate() : PLMD::NeighborList
• setLength() : PLMD::Units
• setLinePrefix() : PLMD::OFile
• setLinkCellCutoff() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >
• setLinkedAction() : PLMD::Keywords::keyInfo
• setLinkedPage() : PLMD::Keywords::keyInfo
• setMass() : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::Units, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• setMatrixBookeepingElement() : PLMD::Value
• setMetaDer() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setMinimumOfTargetDistGridToZero() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setMinToZero() : PLMD::Grid
• setMissingKey() : PLMD::ExceptionRegisterError
• setNarg() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setNelemAndShape() : PLMD::TypesafePtr
• setNofR() : PLMD::ExchangePatterns
• setNonPeriodic() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setNotPeriodic() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::Value
• setNumberOfBasisFunctions() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setNumericalIntegrationBins() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setOperation() : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• setOption() : PLMD::Action
• setOrder() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setOutputFmt() : PLMD::GridBase, PLMD::ves::CoeffsBase
• setOutputForce() : PLMD::bias::Bias
• setParallel() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setParameter() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setParameters() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setPbc() : PLMD::PbcAction
• setPeriodic() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::ves::BasisFunctions
• setPosition() : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• setPositions() : PLMD::PDB
• setPositionsCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• setPositionsCenterIsRemoved() : PLMD::RMSDCoreData
• setReference() : PLMD::ERMSD, PLMD::RMSD
• setReferenceCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• setReferenceCenterIsRemoved() : PLMD::RMSDCoreData
• setReferenceConfiguration() : PLMD::mapping::PathProjectionCalculator
• setReferenceConfigurations() : PLMD::colvar::RMSDVector
• setReferenceStructure() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureDRMSDInput, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSDInput
• setRemainingToDefault() : PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool
• setRequestList() : PLMD::NeighborList
• setRescaledToBias() : PLMD::BiasRepresentation
• setRestart() : PLMD::PlumedMain
• setRow() : PLMD::TensorTyped< T, n, m >
• setRowIndices() : PLMD::Value
• setScore() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setSeed() : PLMD::ExchangePatterns, PLMD::Random
• setSerial() : PLMD::AtomNumber, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setShape() : PLMD::Value
• setStart() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionToPutData, PLMD::DataPassingObject, PLMD::DomainDecomposition
• setStatic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setStepOfLastBiasGridUpdate() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setStepOfLastBiasWithoutCutoffGridUpdate() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setStepOfLastFesGridUpdate() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setStepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• setStepSizes() : PLMD::ves::Optimizer
• setStride() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionPilot, PLMD::ActionToPutData, PLMD::DataPassingObject, PLMD::DomainDecomposition
• setStyle() : PLMD::Keywords::KeyType
• setSuffix() : PLMD::PlumedMain
• setSymmetric() : PLMD::Value
• setTargetDistAverages() : PLMD::ves::VesBias
• setTargetDistAveragesToZero() : PLMD::ves::VesBias
• setTargetDistOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setTargetDistProjOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setTime() : PLMD::Units, PLMD::ves::CoeffsBase
• setType() : PLMD::Keywords::component, PLMD::Keywords::keyInfo, PLMD::RMSD, PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::CoeffsBase
• setUniformIntegral() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setUniformIntegrals() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setUnit() : PLMD::ActionToPutData, PLMD::DataPassingObject
• setUnits() : PLMD::PlumedMain
• setup() : PLMD::crystdistrib::QuaternionProductMatrix, PLMD::function::FunctionData< T >, PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject, PLMD::matrixtools::Dissimilarities, PLMD::matrixtools::MatrixProduct, PLMD::matrixtools::OutputProductFunc, PLMD::matrixtools::OutputProductMax, PLMD::matrixtools::OutputProductMin
• setupAdditionalGrids() : PLMD::ves::TargetDistribution, PLMD::ves::TD_Custom, PLMD::ves::TD_LinearCombination, PLMD::ves::TD_ProductCombination, PLMD::ves::TD_ProductDistribution, PLMD::ves::TD_Uniform
• setupArguments() : PLMD::ArgumentsBookkeeping, PLMD::ParallelActionsInput
• setupBasisFunctionsInfo() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setupBF() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setupBiasCutoff() : PLMD::ves::TargetDistribution, PLMD::ves::VesBias
• setupBiasFileOutput() : PLMD::ves::VesBias, PLMD::ves::VesLinearExpansion
• setupBiasGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupCells() : PLMD::LinkCells
• setupConstants() : PLMD::colvar::EEFSolv
• setupConstantValues() : PLMD::Action
• setupExponentiallyDecayingAveraging() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• setupFesFileOutput() : PLMD::ves::VesBias, PLMD::ves::VesLinearExpansion
• setupFesGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupFesProjFileOutput() : PLMD::ves::VesBias, PLMD::ves::VesLinearExpansion
• setupFesProjGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupGeneralGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupGrid() : PLMD::ves::WaveletGrid
• setupGridBounds() : PLMD::gridtools::KDEGridTools< K, P >, PLMD::gridtools::KDEHelper< K, P, G >, PLMD::gridtools::SphericalKDEGridTools
• setupGrids() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setupHASELparam() : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• setupInterfaceActions() : PLMD::PlumedMain
• setupInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setupLabels() : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::BF_Combined, PLMD::ves::BF_Cosine, PLMD::ves::BF_Fourier, PLMD::ves::BF_Gaussians, PLMD::ves::BF_Powers, PLMD::ves::BF_Sine, PLMD::ves::BF_Wavelets
• setupLCPOparam() : PLMD::isdb::SAXS, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• setupMatrices() : PLMD::ves::WaveletGrid
• setupMatrix() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• setupMaxSurfMap() : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• setupOFiles() : PLMD::ves::Optimizer
• setupOutObservable() : PLMD::fisst::FISST
• setupOutRestart() : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• setupParallelTaskManager() : PLMD::ParallelTaskManager< T >
• setupPeriodicity() : PLMD::Value
• setupPrintValue() : PLMD::OFile
• setupRegions() : PLMD::volumes::VolumeAround, PLMD::volumes::VolumeCavity, PLMD::volumes::VolumeInCylinder, PLMD::volumes::VolumeInEnvelope, PLMD::volumes::VolumeInSphere, PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• setupStretch() : PLMD::switchContainers::leptonSwitch, PLMD::switchContainers::Switch, PLMD::switchContainers::SwitchInterface< SF >, PLMD::switchContainers::SwitchInterface_lepton
• setupTargetDistFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• setupTargetDistPntr() : PLMD::ves::OutputBasisFunctions
• setupTargetDistProjFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• setupTargetDistribution() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupThirdAtomBlock() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >
• setupTypeMap() : PLMD::colvar::EEFSolv
• setupUniformIntegrals() : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::BF_Chebyshev, PLMD::ves::BF_Combined, PLMD::ves::BF_Cosine, PLMD::ves::BF_Fourier, PLMD::ves::BF_Legendre, PLMD::ves::BF_Sine
• setupUniformTargetDistribution() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupValueMap() : PLMD::colvar::EEFSolv
• setValType() : PLMD::Value
• setValue() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::Grid, PLMD::GridBase, PLMD::SparseGrid, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• setValueAndDerivatives() : PLMD::Grid, PLMD::GridBase, PLMD::SparseGrid
• setValueDescription() : PLMD::Keywords
• setValuePointer() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionToPutData, PLMD::DataPassingObject, PLMD::DataPassingObjectTyped< T >, PLMD::DomainDecomposition
• setValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• setValuesFromDifferentShape() : PLMD::ves::CoeffsVector
• setVariableLocations() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• setWeight() : PLMD::dimred::SMACOF
• setWorkspaceSize() : PLMD::ParallelTaskManager< T >
• sgn() : PLMD::logmfd::LogMFD, PLMD::maze::tls
• Shadow() : PLMD::isdb::Shadow
• shapeOfIndices() : PLMD::ves::CoeffsBase
• share() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionToPutData, PLMD::DomainDecomposition
• share_data() : PLMD::DataPassingObject, PLMD::DataPassingObjectTyped< T >
• shareAll() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionToPutData, PLMD::DomainDecomposition, PLMD::PlumedMain
• shareData() : PLMD::PlumedMain
• shift_into_uninitialized() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• shortcutKeywords() : PLMD::multicolvar::MultiColvarShortcuts, PLMD::symfunc::CoordinationNumbers
• ShowGraph() : PLMD::cltools::ShowGraph
• shrink_to_fit() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• shrink_to_size() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• Shuffle() : PLMD::Random
• side_chain_atoms() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• simpleAlignment() : PLMD::RMSD
• SimpleMD() : PLMD::cltools::SimpleMD
• Simulated_Annealing() : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• Sin() : PLMD::lepton::Operation::Sin
• Sinh() : PLMD::lepton::Operation::Sinh
• size() : PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >, PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >, PLMD::Keywords, PLMD::NeighborList, PLMD::PDB, PLMD::RequiredMatrixElements, PLMD::secondarystructure::flexibleMemory< T >, PLMD::TokenizedLine, PLMD::View2D< T, N, M >, PLMD::View< T, N >
• SizeLike() : PLMD::TypesafePtr::SizeLike, PLMD::WithCmd::SizeLike
• sizeOfFakeVals() : PLMD::ParallelActionsInput
• SketchMap() : PLMD::dimred::SketchMap
• SketchMapProjection() : PLMD::dimred::SketchMapProjection
• SMAC() : PLMD::symfunc::SMAC
• SMACOF() : PLMD::dimred::SMACOF
• small_vector() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• small_vector_base() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• small_vector_data() : PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >
• small_vector_data_base() : PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• small_vector_iterator() : PLMD::gch::small_vector_iterator< Pointer, DifferenceType >
• solve() : PLMD::maze::Memetic
• sort() : PLMD::LatticeReduction, PLMD::metatomic::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• sort_members() : PLMD::maze::Memetic
• sortData() : PLMD::function::SortWithSingleArgument
• SortWithSingleArgument() : PLMD::function::SortWithSingleArgument
• SparseGrid() : PLMD::SparseGrid
• specialSymbol() : PLMD::MolDataClass
• SphericalHarmonic() : PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• spline() : PLMD::ves::BF_CubicBsplines
• spline_coeffs() : PLMD::isdb::SAXS
• splineInterpolation() : PLMD::gridtools::Interpolator
• Split() : PLMD::Communicator
• split() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• Sprint() : PLMD::sprint::Sprint
• Sqrt() : PLMD::lepton::Operation::Sqrt
• Square() : PLMD::lepton::Operation::Square
• stack() : PLMD::Exception
• stack_temporary() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >::stack_temporary
• start() : PLMD::Stopwatch, PLMD::Stopwatch::Watch, PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >
• start_step_0() : PLMD::maze::Optimizer
• start_step_stride() : PLMD::maze::Optimizer
• startPause() : PLMD::Stopwatch, PLMD::Stopwatch::Watch
• startStep() : PLMD::PlumedMain
• startStop() : PLMD::Stopwatch, PLMD::Stopwatch::Watch, PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >
• startWith() : PLMD::Tools
• Stats() : PLMD::function::Stats
• std() : PLMD::maze::tls
• Steered_MD() : PLMD::maze::Steered_MD
• Steinhardt() : PLMD::symfunc::Steinhardt
• Step() : PLMD::lepton::Operation::Step
• step() : PLMD::fileTraj
• StepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• stochastic_hill_climbing() : PLMD::maze::Memetic
• stop() : PLMD::PlumedMain, PLMD::Stopwatch, PLMD::Stopwatch::Watch, PLMD::Subprocess, PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >
• Stopwatch() : PLMD::Stopwatch
• storage() : PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >
• storage_ptr() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• stringToType() : PLMD::ves::WaveletGrid
• stripLeadingAndTrailingBlanks() : PLMD::Tools
• style() : PLMD::Keywords
• Subprocess() : PLMD::Subprocess
• substituteSimplerExpression() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• Subtract() : PLMD::lepton::Operation::Subtract
• subtractFromValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• subview() : PLMD::View< T, N >
• subview_n() : PLMD::View< T, N >
• Sum() : PLMD::Communicator, PLMD::function::Sum
• sumCommMPI() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• sumMultiSimCommMPI() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• sumOverDomains() : PLMD::DomainDecomposition
• swap() : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false >, PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >, PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >, PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
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• swap_data_ptr() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
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• SwitchingFunction() : PLMD::SwitchingFunction
• SwitchingPlotter() : PLMD::cltools::SwitchingPlotter
• SwitchInterface() : PLMD::switchContainers::SwitchInterface< SF >
• SwitchInterface_lepton() : PLMD::switchContainers::SwitchInterface_lepton