Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- o -

• O : PLMD::isdb::SAXS
• obs_cvs_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• obs_steps_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• observable_freq_ : PLMD::fisst::FISST
• observable_weight_ : PLMD::fisst::FISST
• Oc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• occupancies : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• occupancy : PLMD::generic::DumpPDB, PLMD::molfile::molfile_atom_t, PLMD::PDB
• of : PLMD::generic::DumpAtoms, PLMD::generic::DumpDerivatives, PLMD::generic::DumpForces, PLMD::generic::DumpProjections
• offset : PLMD::bias::LWalls, PLMD::bias::UWalls
• offset_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• offset_c_ : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• offset_max_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• offset_min_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• offset_mu_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• offset_prior_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• OFile() : PLMD::OFile
• ofile : PLMD::generic::Committor, PLMD::generic::Debug, PLMD::generic::Print, PLMD::generic::PrintNDX
• old_KDEnorm_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• oldaa : PLMD::bias::MovingRestraint
• olddpotdk : PLMD::bias::MovingRestraint
• oldf : PLMD::bias::MovingRestraint
• oldk : PLMD::bias::MovingRestraint
• oldlambda : PLMD::bias::MaxEnt
• omp_forces : PLMD::ParallelTaskManager< T >
• on : PLMD::DomainDecomposition::DomainComms, PLMD::generic::UpdateIf
• one_minus_weight_decay_ : PLMD::ves::Opt_Adam
• onebead : PLMD::isdb::SAXS
• oneD_pmf : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• onefile : PLMD::generic::DumpVector, PLMD::gridtools::DumpGrid
• ONEOVERS2C2CUTOFF : PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP, PLMD::membranefusion::memFusionP
• Ones() : PLMD::generic::Ones
• onStep() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionPilot, PLMD::ActionToPutData, PLMD::DomainDecomposition
• Op : PLMD::isdb::CS2Backbone
• open() : PLMD::FileBase, PLMD::IFile, PLMD::OFile
• open_file_read : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• open_file_write : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• OpenMPVars() : PLMD::OpenMP::OpenMPVars
• operation : PLMD::lepton::CompiledExpression, PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• operations : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• Operator : PLMD::lepton::ParseToken
• operator bool() : PLMD::DomainDecomposition::DomainComms, PLMD::FileBase, PLMD::GridBase::AcceleratorHandler, PLMD::TypesafePtr
• operator!= : PLMD::AtomNumber, PLMD::lepton::ExpressionTreeNode, PLMD::lepton::Operation::AddConstant, PLMD::lepton::Operation::Constant, PLMD::lepton::Operation::Custom, PLMD::lepton::Operation::MultiplyConstant, PLMD::lepton::Operation, PLMD::lepton::Operation::PowerConstant, PLMD::lepton::Operation::Variable
• operator()() : PLMD::colvar::PathMSDBase::imgOrderByDist, PLMD::colvar::PathMSDBase::imgOrderBySimilarity, PLMD::fileDeleter, PLMD::function::FuncPathGeneral::pairordering, PLMD::function::FuncPathMSD::ordering, PLMD::function::FuncPathMSD::pairordering, PLMD::Matrix< T >, PLMD::maze::tls::delete_ptr, PLMD::switchContainers::leptonSwitch::funcAndDeriv, PLMD::TensorTyped< T, n, m >, PLMD::UniformSphericalVector, PLMD::VectorTyped< T, n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator*() : PLMD::gch::small_vector_iterator< Pointer, DifferenceType >, PLMD::Matrix< T >, PLMD::VectorTyped< T, n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator*=() : PLMD::Matrix< T >, PLMD::TensorTyped< T, n, m >, PLMD::VectorTyped< T, n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector, PLMD::View< T, N >
• operator+() : PLMD::gch::small_vector_iterator< Pointer, DifferenceType >, PLMD::TensorTyped< T, n, m >, PLMD::VectorTyped< T, n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator++() : PLMD::gch::small_vector_iterator< Pointer, DifferenceType >
• operator+=() : PLMD::gch::small_vector_iterator< Pointer, DifferenceType >, PLMD::Matrix< T >, PLMD::TensorTyped< T, n, m >, PLMD::VectorTyped< T, n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector, PLMD::View< T, N >
• operator-() : PLMD::gch::small_vector_iterator< Pointer, DifferenceType >, PLMD::TensorTyped< T, n, m >, PLMD::VectorTyped< T, n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator--() : PLMD::gch::small_vector_iterator< Pointer, DifferenceType >
• operator-=() : PLMD::gch::small_vector_iterator< Pointer, DifferenceType >, PLMD::Matrix< T >, PLMD::TensorTyped< T, n, m >, PLMD::VectorTyped< T, n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector, PLMD::View< T, N >
• operator->() : PLMD::gch::small_vector_iterator< Pointer, DifferenceType >, PLMD::GridBase::AcceleratorHandler
• operator/ : PLMD::VectorTyped< T, n >
• operator/=() : PLMD::TensorTyped< T, n, m >, PLMD::VectorTyped< T, n >, PLMD::View< T, N >
• operator< : PLMD::AtomNumber
• operator<< : PLMD::Citations, PLMD::Exception, PLMD::ExceptionDebug, PLMD::ExceptionError, PLMD::ExceptionRegisterError, PLMD::ExceptionTypeError, PLMD::Matrix< T >, PLMD::OFile, PLMD::PDB, PLMD::Random, PLMD::Register, PLMD::Stopwatch, PLMD::Subprocess, PLMD::TensorTyped< T, n, m >, PLMD::VectorTyped< T, n >
• operator<<=() : PLMD::Exception::Throw
• operator<= : PLMD::AtomNumber
• operator=() : PLMD::Action, PLMD::Communicator, PLMD::DLLoader, PLMD::Exception, PLMD::FileBase, PLMD::function::Combine, PLMD::function::Custom, PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false >, PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >, PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >, PLMD::gch::detail::inline_storage< T, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >::stack_temporary, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >, PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >, PLMD::gch::small_vector_iterator< Pointer, DifferenceType >, PLMD::GridBase::AcceleratorHandler, PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction, PLMD::gridtools::MarginalInput, PLMD::HistogramBead, PLMD::lepton::AsmJitRuntimePtr, PLMD::lepton::CompiledExpression, PLMD::lepton::ExpressionProgram, PLMD::lepton::ExpressionTreeNode, PLMD::Matrix< T >, PLMD::matrixtools::OutputProductFunc, PLMD::OpenMP::OpenMPVars, PLMD::pamm::HBPammMatrix, PLMD::PlumedHandle, PLMD::refdist::MatrixProductDiagonalInput, PLMD::secondarystructure::flexibleMemory< T >, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSDInput, PLMD::Stopwatch::Handler, PLMD::Stopwatch, PLMD::Subprocess::Handler, PLMD::switchContainers::leptonSwitch::funcAndDeriv, PLMD::SwitchingFunction, PLMD::symfunc::CylindricalHarmonic, PLMD::symfunc::Fccubic, PLMD::symfunc::SphericalHarmonic, PLMD::symfunc::ThreeBodyGFunctionsInput, PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >::Handler, PLMD::TypesafePtr, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector, PLMD::ves::FermiSwitchingFunction, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::View2D< T, N, M >, PLMD::View< T, N >, PLMD::volumes::VolumeCavity, PLMD::volumes::VolumeInEnvelope, PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• operator== : PLMD::AtomNumber, PLMD::lepton::ExpressionTreeNode, PLMD::lepton::Operation
• operator> : PLMD::AtomNumber
• operator>= : PLMD::AtomNumber
• operator>> : PLMD::Random
• operator[]() : PLMD::ColvarOutput::DerivHelper, PLMD::ColvarOutput::VirialHelper, PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >, PLMD::gch::small_vector_iterator< Pointer, DifferenceType >, PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row, PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >, PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Row, PLMD::RequiredMatrixElements, PLMD::Tools::FastStringUnorderedMap< T >, PLMD::VectorTyped< T, n >, PLMD::ves::CoeffsVector, PLMD::View2D< T, N, M >, PLMD::View< T, N >, PLMD::volumes::VolumeOutput::RefderHelper
• OPESexpanded() : PLMD::opes::OPESexpanded
• OPESmetad() : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• opt : plumed_safeptr, plumed_safeptr_x
• opt_ : PLMD::maze::Optimizer
• Opt_Adam() : PLMD::ves::Opt_Adam
• Opt_BachAveragedSGD() : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• Opt_Dummy() : PLMD::ves::Opt_Dummy
• opt_pntrs_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• Opt_RobbinsMonroSGD() : PLMD::ves::Opt_RobbinsMonroSGD
• opt_value_ : PLMD::maze::Optimizer
• OPTIMAL : PLMD::RMSD
• OPTIMAL_FAST : PLMD::RMSD
• optimalAlignment() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_DDistDRef() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_DDistDRef_Rot_DRotDPos() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_DDistDRef_Rot_DRotDPos_DRotDRef() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_Fit() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_PCA() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_Rot() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_Rot_DRotDRr01() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_SOMA() : PLMD::RMSD
• optimalAlignmentWithCloseStructure() : PLMD::RMSD
• optimization_threshold_ : PLMD::ves::VesBias
• optimize() : PLMD::dimred::ArrangePoints, PLMD::dimred::SMACOF, PLMD::lepton::ParsedExpression, PLMD::maze::Memetic, PLMD::maze::Optimizer, PLMD::maze::Random_Acceleration_MD, PLMD::maze::Random_Walk, PLMD::maze::Simulated_Annealing, PLMD::maze::Steered_MD
• optimize_coeffs_ : PLMD::ves::VesBias
• optimizeCoeffs() : PLMD::ves::VesBias
• optimized_step_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• Optimizer() : PLMD::maze::Optimizer, PLMD::ves::Optimizer
• optimizer_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• optimizer_pntr_ : PLMD::ves::VesBias
• optimizer_stride_ : PLMD::maze::Optimizer
• OptimizerBias() : PLMD::maze::OptimizerBias
• options : PLMD::metatomic::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• optsigmamean_stride_ : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• orbital_energies : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• orbital_ids : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• order : PLMD::function::Bessel
• origin : PLMD::LinkCells, PLMD::molfile::molfile_volumetric_t
• originalpath : PLMD::Tools::DirectoryChanger
• orthorombic : PLMD::Pbc
• oss : PLMD::OFile
• out : PLMD::CLToolMain
• out_ : PLMD::sizeshape::position_linear_proj
• out_coupling_ : PLMD::eds::EDS
• out_observable_ : PLMD::fisst::FISST
• out_observable_name_ : PLMD::fisst::FISST
• out_of_bounds() : PLMD::maze::Memetic
• out_restart_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• out_restart_name_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• OuterProduct() : PLMD::matrixtools::OuterProduct
• OuterProductBase() : PLMD::matrixtools::OuterProductBase< T >
• outhills : PLMD::function::FuncSumHills
• outhisto : PLMD::function::FuncSumHills
• OUTLIERS : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• outmat : PLMD::adjmat::TorsionsMatrixInput, PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrixInput< T >, PLMD::matrixtools::OuterProductInput< T >, PLMD::RequiredMatrixElementsUpdater
• output : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• output_filename : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• output_fmt_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• output_freq : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• output_grid : PLMD::gridtools::InterpolateGrid, PLMD::gridtools::Marginal
• output_of_each_layer : PLMD::function::annfunc::ANN
• output_type : PLMD::fourier::FourierTransform
• OutputBasisFunctions() : PLMD::ves::OutputBasisFunctions
• OutputCluster() : PLMD::clusters::OutputCluster
• outputComponentExists() : PLMD::Keywords
• OutputFesBias() : PLMD::ves::OutputFesBias
• outputForces : PLMD::bias::Bias
• OutputTargetDistribution() : PLMD::ves::OutputTargetDistribution
• ovdd_ : PLMD::isdb::EMMI
• overrideNat() : PLMD::AtomDistribution, PLMD::fileTraj, PLMD::repliedTrajectory
• ovfilename_ : PLMD::isdb::EMMI
• ovmd_ : PLMD::isdb::EMMI
• ovmd_ave_ : PLMD::isdb::EMMI
• ovmd_der_ : PLMD::isdb::EMMI
• ovstride_ : PLMD::isdb::EMMI