Here is a list of all variables with links to the classes they belong to:

- c -

• C : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::molfile::md_box, PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• c : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::isdb::SAXS::SplineCoeffs, PLMD::switchContainers::Data
• c_aa : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• c_aa_prev : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• c_aa_succ : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• cache_set : PLMD::OpenMP::OpenMPVars
• cacheline_size : PLMD::OpenMP::OpenMPVars
• calc : PLMD::F1dim< FCLASS >
• calc2 : PLMD::F1dim< FCLASS >
• calc_data_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• calc_max_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_rct_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_reweightfactor_ : PLMD::ves::VesBias
• calc_transition_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_work_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• callstack : PLMD::Exception
• callstack_n : PLMD::Exception
• camshift : PLMD::isdb::CS2Backbone
• canusevol : PLMD::gridtools::RegularKernel< K >
• capacity : PLMD::metatomic::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• capacity_ : PLMD::maze::Memetic
• carthessian : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• cauchy_mean_alpha_ : PLMD::maze::Memetic
• cauchy_mean_beta_ : PLMD::maze::Memetic
• cell : PLMD::fileTraj
• cell_volume : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• cells_ : PLMD::metatomic::vesin::cpu::CellList
• cells_shape_ : PLMD::metatomic::vesin::cpu::CellList
• center : PLMD::bias::MetaD::Gaussian, PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::KernelFunctions, PLMD::opes::OPESmetad< mode >::kernel
• center_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST, PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• center_positions : PLMD::generic::FitToTemplate
• center_values_ : PLMD::eds::EDS
• centeredpositions : PLMD::generic::FitToTemplate
• centers : PLMD::pamm::HBPammMatrix
• centers_ : PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::ves::BF_Gaussians, PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian, PLMD::ves::TD_Gaussian, PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal, PLMD::ves::TD_VonMises
• cf : PLMD::contour::FindContourSurfaceObject, PLMD::contour::FindSphericalContourObject
• cfact_ : PLMD::isdb::EMMI
• CGOLD : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• cgtol : PLMD::dimred::ArrangePoints, PLMD::dimred::ProjectPointsInput, PLMD::gridtools::FindGridOptimum
• chain : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift, PLMD::molfile::molfile_atom_t, PLMD::PDB
• charge : PLMD::molfile::molfile_atom_t, PLMD::Units, PLMD::vatom::FixedAtom
• charge_types : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• charges : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::colvar::ColvarInput, PLMD::fileTraj, PLMD::generic::Plumed, PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• chargeString : PLMD::Units
• chargesWereSet : PLMD::ActionAtomistic
• chargev : PLMD::ActionAtomistic
• check_multiplication_vars : PLMD::function::Custom
• check_nan_inf_ : PLMD::ves::BF_Custom, PLMD::ves::TargetDistribution
• check_nonnegative_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• check_normalization_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• chemicalshifts : PLMD::isdb::CS2Backbone
• child_to_parent : PLMD::Subprocess
• children : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• citations : PLMD::PlumedMain
• citations_fwd : PLMD::PlumedMain
• cl : PLMD::Matrix< T >
• clearnextstep : PLMD::generic::Accumulate, PLMD::mapping::PathDisplacements
• clearstride : PLMD::generic::Accumulate, PLMD::generic::Collect, PLMD::mapping::PathDisplacements
• cloned : PLMD::FileBase
• cloned_file : PLMD::generic::Read
• close_file_read : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• close_file_write : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• cltool : PLMD::PlumedMain
• cluster_sizes : PLMD::clusters::ClusteringBase
• clustr : PLMD::clusters::ClusterWeights
• cmd : plumed_plumedmain_function_holder_x
• cmd_nothrow : plumed_symbol_table_type_x
• cmd_safe : plumed_symbol_table_type_x
• cmd_safe_nothrow : plumed_symbol_table_type_x
• cmps : PLMD::function::Combine
• cnames : PLMD::Keywords
• co_bb : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_da : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_ring : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_sc_ : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_sphere : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_xd : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• code : plumed_error
• coding_len_ : PLMD::maze::Memetic
• coeff : PLMD::function::annfunc::ANN
• coeff_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• coeff_poly : PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• coeff_poly_v : PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• coefficient : PLMD::function::Combine::component
• coefficients : PLMD::function::FuncPathGeneral
• coeffs_descriptions_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• coeffs_f_name : PLMD::sizeshape::position_linear_proj
• coeffs_fnames : PLMD::ves::VesBias
• coeffs_id_prefix_ : PLMD::ves::VesBias
• coeffs_mask_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffs_output_fmt_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffs_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• coeffs_type_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• coeffs_wstride_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffsOFiles_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffssetid_prefix_ : PLMD::ves::Optimizer
• col_starts : PLMD::valtools::Concatenate
• color : PLMD::clusters::DFSClustering
• columns : PLMD::function::FuncPathGeneral
• colvar_atoms : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureDRMSDInput, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSDInput
• com : PLMD::piv::PIV
• com_ : PLMD::maze::Random_Acceleration_MD, PLMD::maze::Steered_MD
• combinedgradient_pntrs_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• combinedgradient_wstride_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• combinedgradientOFiles_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• comm : PLMD::Action, PLMD::CLToolMain, PLMD::FileBase, PLMD::LinkCells, PLMD::NeighborList, PLMD::ParallelTaskManager< T >, PLMD::PlumedMain
• comm_fwd : PLMD::CLToolMain, PLMD::PlumedMain
• comm_self : PLMD::generic::Plumed
• communicator : PLMD::Communicator
• comp : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• CompDer : PLMD::piv::PIV
• components : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixData< T >, PLMD::colvar::Cell, PLMD::colvar::Dipole, PLMD::colvar::Distance, PLMD::function::Combine, PLMD::function::Stats, PLMD::Keywords
• compos : PLMD::piv::PIV
• compute_hessian_ : PLMD::ves::VesBias
• computeRefClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• concentration : PLMD::gridtools::VonMissesKernelParams
• CONNECTparam : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• cons_fputs : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• Const : PLMD::isdb::RDC
• const_fields : PLMD::OFile
• constant : PLMD::colvar::DHEnergy, PLMD::FileBase::FieldBase, PLMD::isdb::PRE
• constants : PLMD::lepton::CompiledExpression
• content : PLMD::RegisterBase< Content >::ContentAndFullPath
• contour : PLMD::contour::ContourFindingObject< T >, PLMD::contour::DistanceFromContourBase
• contour_location : PLMD::Grid
• cooling_factor_ : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• cooling_scheme_ : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• coord : PLMD::vatom::FixedAtom, PLMD::vatom::Ghost
• coordinates : PLMD::fileTraj, PLMD::repliedTrajectory
• coords : PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• copy_assign_is_noop : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false >, PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >
• correlation_ : PLMD::ves::TD_Gaussian
• count : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator, PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata, PLMD::molfile::molfile_timestep_metadata
• count_y : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• counter_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• coupl : PLMD::isdb::RDC
• coupling_accum_ : PLMD::eds::EDS
• coupling_rate_ : PLMD::eds::EDS
• covar2_ : PLMD::eds::EDS
• covar_ : PLMD::eds::EDS
• cPIV : PLMD::piv::PIV::SharedData
• cpos : PLMD::volumes::VolumeInput
• cpositions : PLMD::RMSDCoreData
• cpositions_is_calculated : PLMD::RMSDCoreData
• cpositions_is_removed : PLMD::RMSDCoreData
• create : PLMD::ActionRegisterPointers, PLMD::CLToolRegisterPointers, plumed_plumedmain_function_holder_x
• create_reference : plumed_symbol_table_type_x
• creference : PLMD::RMSDCoreData
• creference_is_calculated : PLMD::RMSDCoreData
• creference_is_removed : PLMD::RMSDCoreData
• cross : PLMD::piv::PIV, PLMD::volumes::VolumeCavity, PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• csatoms : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• cstring : PLMD::Keywords
• current_avg_force_ : PLMD::fisst::FISST
• current_coupling_ : PLMD::eds::EDS
• current_index : PLMD::dimred::ArrangePoints
• current_stepsizes : PLMD::ves::Optimizer
• current_stride_ : PLMD::bias::MetaD
• current_value_ : PLMD::bias::PBMetaD
• custom_lambdas_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• customGatherStep : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureBase< T >
• customGatherStopBefore : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureBase< T >
• cutoff : PLMD::adjmat::DistanceMatrix, PLMD::ERMSD, PLMD::HistogramBead, PLMD::metatomic::vesin::VesinOptions
• cutoff2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• cutoffwasset : PLMD::LinkCells
• cv0_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• cv_var_idx_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cv_var_lepton_refs_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cv_var_prefix_str_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cv_var_str_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cx : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• cycles : PLMD::Stopwatch::Watch
• cylinder_sw : PLMD::adjmat::TopologyMatrix