Here is a list of all variables with links to the classes they belong to:

- s -

• s : PLMD::Communicator::Status
• s_path_ders : PLMD::function::FuncPathGeneral
• safe : PLMD::RMSDCoreData
• safety : PLMD::funnel::Funnel
• sampled_averages : PLMD::ves::VesBias
• sampled_cross_averages : PLMD::ves::VesBias
• sampling_r_ : PLMD::maze::Optimizer
• sasa_cutoff : PLMD::isdb::SAXS
• sasa_type : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• SASAparam : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• savedIndices : PLMD::colvar::PathMSDBase
• savedInputLines : PLMD::ActionShortcut
• savedOutputs : PLMD::ActionShortcut
• saveGaussian : PLMD::Random
• saxs : PLMD::isdb::SAXS
• scale : PLMD::isdb::RDC
• scale_ : PLMD::bias::External, PLMD::eds::EDS, PLMD::funnel::Funnel, PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::ves::BF_Wavelets, PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• scale_max_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_min_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_mu_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_prior_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scaled_ : PLMD::ves::BF_Legendre
• scaled_components : PLMD::colvar::Distance, PLMD::colvar::Position, PLMD::vatom::FixedAtom
• scaling : PLMD::piv::PIV
• scfenergies : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• scftype : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• score : PLMD::maze::Member
• score_best_ : PLMD::maze::Memetic
• score_worst_ : PLMD::maze::Memetic
• second : PLMD::generic::DumpMassCharge
• section : PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >::Handler
• seed : PLMD::bias::ABMD, PLMD::landmarks::FarthestPointSampling
• seed_ : PLMD::eds::EDS
• segid : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• select_value_ : PLMD::bias::PBMetaD
• selector : PLMD::GenericMolInfo
• selector_ : PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::isdb::Rescale, PLMD::isdb::Select
• selector_running : PLMD::GenericMolInfo
• serial : PLMD::colvar::ContactMap, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::colvar::EEFSolv, PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS, PLMD::ParallelTaskManager< T >, PLMD::piv::PIV, PLMD::sizeshape::position_linear_proj
• serial_ : PLMD::maze::Optimizer, PLMD::NeighborList, PLMD::s2cm::S2ContactModel, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• set_coupling_ : PLMD::eds::EDS
• set_zero_outside_range : PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction
• sf1 : PLMD::adjmat::BridgeMatrix
• sf2 : PLMD::adjmat::BridgeMatrix
• sfile_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sfrac : PLMD::mapping::PathReparameterization
• sfs : PLMD::colvar::ContactMap, PLMD::piv::PIV
• sfunc : PLMD::volumes::VolumeInEnvelope
• sfunc_str : PLMD::volumes::VolumeInEnvelope
• shape : PLMD::ArgumentBookeepingHolder, PLMD::Value, plumed_safeptr, plumed_safeptr_x
• shape_ : PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• shapedata : PLMD::ArgumentsBookkeeping, PLMD::ParallelActionsInput
• shapedata_size : PLMD::ParallelActionsInput
• shapestarts : PLMD::ArgumentsBookkeeping, PLMD::ParallelActionsInput
• shapestarts_size : PLMD::ParallelActionsInput
• shared_ : PLMD::isdb::Rescale
• sharedData : PLMD::piv::PIV
• sharedData_unique : PLMD::piv::PIV
• shell_types : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• shift : PLMD::BiasWeight, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::metatomic::vesin::cpu::CellList::Point, PLMD::switchContainers::Data
• shift_ : PLMD::ves::TD_Grid
• shift_targetdist_to_zero_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• shifts : PLMD::metatomic::vesin::VesinNeighborList, PLMD::Pbc
• shifts_ : PLMD::ves::BF_Wavelets
• shortcutlabel : PLMD::ActionShortcut
• shuffledAtoms : PLMD::DomainDecomposition
• side_chain : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• sigma : PLMD::adjmat::TopologyMatrix, PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MetaD::Gaussian, PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian, PLMD::FlexibleBin, PLMD::gridtools::DiagonalKernelParams, PLMD::gridtools::NonDiagonalKernelParams, PLMD::opes::OPESmetad< mode >::kernel, PLMD::volumes::VolumeAround, PLMD::volumes::VolumeCavity, PLMD::volumes::VolumeInCylinder, PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• sigma0_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• sigma0max_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• sigma0min_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• sigma_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::ves::TD_Chi, PLMD::ves::TD_ChiSquared, PLMD::ves::TD_Multicanonical, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• sigma_max_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::ves::TD_Uniform
• sigma_max_est_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigma_mean2_ : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigma_mean2_last_ : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigma_min_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::opes::OPESmetad< mode >, PLMD::ves::TD_Uniform
• sigma_res : PLMD::isdb::SAXS
• sigma_square : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• sigmamax : PLMD::FlexibleBin
• sigmamax_opt_done_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigmamin : PLMD::FlexibleBin
• sigmas_ : PLMD::isdb::BAIES, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian, PLMD::ves::TD_Gaussian, PLMD::ves::TD_VonMises
• similarity : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
• simtemp : PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::ReweightBase, PLMD::wham::Wham
• size : PLMD::Communicator::ConstData, PLMD::Communicator::Data, PLMD::molfile::molfile_graphics_t, PLMD::TypesafePtr::SizeLike, PLMD::WithCmd::SizeLike
• size_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Shadow, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::View< T, N >
• sizeM_ : PLMD::View2D< T, N, M >
• sizeN_ : PLMD::View2D< T, N, M >
• sizes : PLMD::secondarystructure::flexibleMemory< T >
• slope : PLMD::bias::Restraint, PLMD::funnel::Funnel
• smacof_reg : PLMD::dimred::ArrangePoints
• smacof_tol : PLMD::dimred::ArrangePoints
• SMALL : PLMD::sizeshape::position_linear_proj, PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• smoothening_ : PLMD::ves::TD_Multicanonical, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• solv_stride : PLMD::isdb::SAXS
• sorted : PLMD::metatomic::vesin::VesinOptions
• sp : PLMD::Subprocess::Handler
• spacing : PLMD::gridtools::FindGridOptimum
• spacing_ : PLMD::ves::BF_CubicBsplines
• spin : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• spline_interpolator : PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction
• sqdonly : PLMD::function::Stats
• sqrt2_pi_ : PLMD::isdb::BAIES, PLMD::isdb::EMMI
• sqrtdisplace : PLMD::colvar::RMSDVectorData
• squared : PLMD::colvar::PCARMSD, PLMD::colvar::RMSD, PLMD::colvar::RMSDVectorData, PLMD::function::LessThan, PLMD::function::MoreThan, PLMD::funnel::FUNNEL_PS, PLMD::matrixtools::Dissimilarities, PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• ssds_ : PLMD::eds::EDS
• stackSize : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• stackTrace : PLMD::Exception
• staged_m : PLMD::RegisterBase< Content >
• start : PLMD::ArgumentBookeepingHolder, PLMD::DataPassingObject
• state : PLMD::Stopwatch::Watch
• stateOfile_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• static_grid_calculated : PLMD::ves::TargetDistribution
• static_targetdist_fileoutput_active_ : PLMD::ves::VesBias
• status : PLMD::cltools::GenExample, PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• status_file_name_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• statusfile_ : PLMD::isdb::EMMI
• statusfilename_ : PLMD::isdb::EMMI
• StatusIgnore : PLMD::Communicator
• statusstride_ : PLMD::isdb::EMMI
• step : PLMD::bias::MovingRestraint, PLMD::molfile::md_ts, PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::PlumedMain, PLMD::xdrfile::t_trnheader
• step_initial : PLMD::logmfd::LogMFD
• step_of_last_biasgrid_update : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• step_of_last_biaswithoutcutoffgrid_update : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• step_of_last_fesgrid_update : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• step_size_ : PLMD::eds::EDS
• steps_pressure_ : PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• steps_temp_ : PLMD::ves::TD_Multicanonical, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• stepsizes_ : PLMD::ves::Optimizer
• stop : PLMD::generic::Plumed, PLMD::Stopwatch::Handler
• stopFlag : PLMD::PlumedMain
• stopFlag_fwd : PLMD::PlumedMain
• stopNow : PLMD::PlumedMain
• stopwatch : PLMD::piv::PIV, PLMD::PlumedMain
• stopwatch_fwd : PLMD::piv::PIV, PLMD::PlumedMain
• store_norm : PLMD::fourier::FourierTransform
• storeOldGrids_ : PLMD::bias::MetaD
• storeOldStates_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• str_max : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject, PLMD::Value
• str_max_ : PLMD::GridBase
• str_min : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject, PLMD::Value
• str_min_ : PLMD::GridBase
• stream : PLMD::Exception
• stretch : PLMD::switchContainers::Data
• stretchA : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::KernelFunctions
• stretchB : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::KernelFunctions
• stride : PLMD::DataPassingObject, PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• stride_ : PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::maze::Optimizer, PLMD::NeighborList, PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• style : PLMD::Keywords::KeyType, PLMD::molfile::molfile_graphics_t
• style_ : PLMD::NeighborList
• suffix : PLMD::PlumedMain
• sum_weights2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• sum_weights_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• sum_x : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• sum_x_square : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• sumlen : PLMD::mapping::PathReparameterization
• svd : PLMD::isdb::RDC
• Svol : PLMD::piv::PIV
• sw : PLMD::piv::PIV
• swap_is_noop : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false >, PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >
• switchData : PLMD::SwitchingFunctionAccelerable
• switchGaussian : PLMD::Random
• switchingFunction : PLMD::adjmat::ContactMatrix, PLMD::adjmat::TopologyMatrix, PLMD::colvar::Coordination, PLMD::contour::DistanceFromContourBase, PLMD::dimred::ArrangePoints, PLMD::dimred::ProjectPoints, PLMD::function::LessThan, PLMD::function::MoreThan, PLMD::gridtools::RegularKernel< K >, PLMD::gridtools::UniversalVonMisses, PLMD::volumes::VolumeInCylinder, PLMD::volumes::VolumeInEnvelope, PLMD::volumes::VolumeInSphere
• sym_alpha_size_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• sym_size : PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::xdrfile::t_trnheader
• symmetric : PLMD::Value
• sz : PLMD::Matrix< T >::openAccVectorHelper< Y >, PLMD::Matrix< T >, PLMD::secondarystructure::flexibleMemory< T >