Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- i -

• i : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureDRMSDInput::pairDistance
• i0e() : PLMD::isdb::SAXS
• IA : PLMD::Random
• Id : PLMD::lepton::Operation
• id : PLMD::ActionRegistration< ActionClass >
• ideal_buffer : PLMD::gch::default_buffer_size< Allocator >
• ideal_total : PLMD::gch::default_buffer_size< Allocator >
• identical_coeffs_shape_ : PLMD::ves::Optimizer
• identity() : PLMD::TensorTyped< T, n, m >
• idum : PLMD::Random
• IFile() : PLMD::IFile
• ifile : PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::generic::Read
• ifile_ptr : PLMD::generic::Read
• ifiles : PLMD::function::FilesHandler
• ifiles_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• ifilesnames : PLMD::bias::MaxEnt
• ifilesnames_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• ifix1 : PLMD::mapping::PathReparameterization
• ifix2 : PLMD::mapping::PathReparameterization
• ignore_forces : PLMD::generic::Read
• ignore_time : PLMD::generic::Read
• ignoreFields : PLMD::IFile
• ignoreMaskArguments() : PLMD::ActionWithVector
• ignoreStoredValue() : PLMD::Value
• igolden : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• ILE : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• ILE_BB : PLMD::isdb::SAXS
• ILE_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• IM : PLMD::Random
• imag_modes : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• imageToString() : PLMD::Register
• imgVec : PLMD::colvar::PathMSDBase
• in : PLMD::CLToolMain
• in_ : PLMD::sizeshape::position_linear_proj, PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• in_progress : PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >
• in_restart_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• in_restart_name_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• inbounds() : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• Include() : PLMD::generic::Include
• incoord_to_hbcoord : PLMD::pamm::HBPammMatrix
• incPrec : PLMD::Random
• increase_size() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• increase_value() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix, PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• IncreasedPrecis() : PLMD::Random
• increaseIterationCounter() : PLMD::ves::Optimizer
• increaseReferenceCounter() : PLMD::PlumedMain
• increasingOrder() : PLMD::function::FuncPathMSD
• increment_length() : PLMD::metatomic::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• index() : PLMD::AtomNumber, PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath, PLMD::generic::Plumed, PLMD::metatomic::vesin::cpu::CellList::Point
• index_ : PLMD::AtomNumber
• index_k_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• index_t : PLMD::GridBase
• indexCnt : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• indexDsp : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• indexes : PLMD::ActionAtomistic
• indexesPerScalar() : PLMD::ForceIndexHolder
• indexmap : PLMD::function::FuncPathMSD
• indexR : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• indexS : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• indexToBeReceived : PLMD::DomainDecomposition::DomainComms
• indexToBeSent : PLMD::DomainDecomposition::DomainComms
• indexvec : PLMD::colvar::PathMSDBase
• indices : PLMD::ForceIndexHolder, PLMD::matrixtools::MatrixForceIndexInput, PLMD::matrixtools::MatrixTimesVectorInput
• indices_shape_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• indicesExist() : PLMD::ves::CoeffsBase
• inept : PLMD::isdb::PRE
• Info() : PLMD::cltools::Info
• info : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• Init() : PLMD::GridBase
• init() : PLMD::fileParser, PLMD::PlumedMain, PLMD::switchContainers::cosinusSwitch, PLMD::switchContainers::cubicSwitch, PLMD::switchContainers::Data, PLMD::switchContainers::exponentialSwitch, PLMD::switchContainers::fastgaussianSwitch, PLMD::switchContainers::gaussianSwitch, PLMD::switchContainers::nativeqSwitch, PLMD::switchContainers::rational< isFast, nis2m >, PLMD::switchContainers::smapSwitch, PLMD::switchContainers::tanhSwitch, PLMD::TrajectoryParser, PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• init_cs() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• init_fromObs() : PLMD::opes::OPESexpanded
• init_linkECVs() : PLMD::opes::OPESexpanded
• init_pntrToECVsClass() : PLMD::opes::OPESexpanded
• init_rings() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• init_shape() : PLMD::TypesafePtr
• init_stp : PLMD::piv::PIV::SharedData
• init_types() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• initECVs() : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVlinear, PLMD::opes::ECVmultiThermal, PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine
• initECVs_observ() : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVlinear, PLMD::opes::ECVmultiThermal, PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::opes::ExpansionCVs
• initECVs_restart() : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVlinear, PLMD::opes::ECVmultiThermal, PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::opes::ExpansionCVs
• initial_weight_dist_ : PLMD::fisst::FISST
• initial_weight_rate_ : PLMD::fisst::FISST
• initialBias : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• Initialise() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• initialize() : PLMD::NeighborList
• initialize_members() : PLMD::maze::Memetic
• initializeCoeffs() : PLMD::ves::VesBias
• initialized() : PLMD::Communicator, PLMD::GREX, PLMD::PlumedMain
• initializeIndices() : PLMD::ves::CoeffsBase
• initstride : PLMD::function::FuncSumHills
• inlinable() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• inline_capacity() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• inline_capacity_v : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• inline_storage() : PLMD::gch::detail::inline_storage< T, InlineCapacity >
• inlined() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• inMiddleOfField : PLMD::IFile
• innerCollection : PLMD::LinkCells
• inPair() : PLMD::ERMSD
• InPlaneDistances() : PLMD::multicolvar::InPlaneDistances
• input : PLMD::colvar::RMSDVector
• input_buffer : PLMD::colvar::RMSDVector, PLMD::ParallelTaskManager< T >
• input_count : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• input_filename : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• input_grad : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• input_is_constant : PLMD::matrixtools::InvertMatrix
• input_of_each_layer : PLMD::function::annfunc::ANN
• input_type : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >, PLMD::adjmat::Neighbors< T >, PLMD::adjmat::TorsionsMatrix, PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T >, PLMD::colvar::RMSDVector, PLMD::contour::FindContour, PLMD::contour::FindContourSurface, PLMD::contour::FindSphericalContour, PLMD::crystdistrib::QuaternionBondProductMatrix, PLMD::dimred::ProjectPoints, PLMD::function::FunctionOfMatrix< T >, PLMD::function::FunctionOfVector< T >, PLMD::gridtools::FunctionOfGrid< T >, PLMD::gridtools::InterpolateGrid, PLMD::gridtools::KDE< K, P, G >, PLMD::gridtools::Marginal, PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix< T >, PLMD::matrixtools::MatrixTimesVectorBase< T >, PLMD::matrixtools::OuterProductBase< T >, PLMD::ParallelTaskManager< T >, PLMD::refdist::MatrixProductDiagonal, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureBase< T >, PLMD::symfunc::ThreeBodyGFunctions, PLMD::volumes::ActionVolume< T >
• inputData : PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool
• inputdata : PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::ParallelActionsInput
• inputf : PLMD::matrixtools::OutputProductFunc
• inputForce : PLMD::Value
• inputs : PLMD::DomainDecomposition, PLMD::PlumedMain
• inputsAreActive() : PLMD::PlumedMain
• inputType : PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool
• InputVectors() : PLMD::matrixtools::InputVectors
• insert() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• insert_copies() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• insert_range() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• insert_range_helper() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• insertFile() : PLMD::PlumedMain
• insertion : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• inst_alpha_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• installed() : PLMD::DLLoader
• integrate() : PLMD::Grid
• IntegrateGrid() : PLMD::gridtools::IntegrateGrid
• integrateGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• integratehills : PLMD::function::FuncSumHills
• integratehisto : PLMD::function::FuncSumHills
• intensities : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• intercomm : PLMD::cltools::GenExample, PLMD::generic::Plumed, PLMD::GREX
• intercomm_fwd : PLMD::GREX
• interface : PLMD::colvar::Energy, PLMD::PbcAction
• internal_range_length() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >, PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• InterpolateGrid() : PLMD::gridtools::InterpolateGrid
• interpolation() : PLMD::isdb::SAXS
• interpolation_type : PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction
• Interpolator() : PLMD::gridtools::Interpolator
• interpretArgumentList() : PLMD::ActionWithArguments
• interpretAtomList() : PLMD::ActionAtomistic
• interpretDataLabel() : PLMD::ActionShortcut
• interpretLabel() : PLMD::Tools
• interpretRanges() : PLMD::Tools
• interpretSymbol() : PLMD::GenericMolInfo
• interval : PLMD::logmfd::LogMFD
• interval_bounded_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_max_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_max_str_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_mean_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_min_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_min_str_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_range_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_max_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_max_str_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_mean_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_min_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_min_str_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_range_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalBounded() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalDerivf() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMax() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMaxStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMean() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMin() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMinStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalRange() : PLMD::ves::BasisFunctions
• inthessian : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• intracomm : PLMD::cltools::GenExample, PLMD::GREX
• intracomm_fwd : PLMD::GREX
• intrinsicIntervalMax() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intrinsicIntervalMaxStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intrinsicIntervalMin() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intrinsicIntervalMinStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intValue : PLMD::lepton::Operation::PowerConstant
• inv_cov_md_ : PLMD::isdb::EMMI
• inv_gamma_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• inv_max_minus_min : PLMD::function::Combine::component, PLMD::function::Moments, PLMD::gridtools::RegularKernel< K >, PLMD::HistogramBead, PLMD::matrixtools::Dissimilarities, PLMD::refdist::Difference, PLMD::Value
• inv_normfactor_ : PLMD::ves::BF_CubicBsplines, PLMD::ves::BF_Powers
• inv_pi2_ : PLMD::isdb::BAIES
• inv_r_eff_ : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• inv_sigma_ : PLMD::ves::BF_Gaussians
• inv_spacing_ : PLMD::ves::BF_CubicBsplines
• inv_sqrt2_ : PLMD::isdb::BAIES, PLMD::isdb::EMMI
• invalidateList : PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::s2cm::S2ContactModel
• invbeta : PLMD::BiasWeight, PLMD::ProbWeight, PLMD::ves::FesWeight
• invbiasf_ : PLMD::ves::WellTemperedModifer
• invBox : PLMD::Pbc
• inverse : PLMD::matrixtools::InvertMatrix, PLMD::metatomic::vesin::Matrix, PLMD::TensorTyped< T, n, m >
• inverse_ : PLMD::metatomic::vesin::BoundingBox
• Invert : PLMD::Matrix< T >
• InvertMatrix() : PLMD::matrixtools::InvertMatrix
• invr0 : PLMD::switchContainers::Data
• invr0_ : PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• invr0_2 : PLMD::switchContainers::Data
• invReduced : PLMD::Pbc
• invsigma : PLMD::bias::MetaD::Gaussian, PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian
• iov_base : PLMD::molfile::fio_iovec
• iov_len : PLMD::molfile::fio_iovec
• ipos : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• iprecision : PLMD::generic::DumpAtoms
• IQ : PLMD::Random
• Iq0 : PLMD::isdb::SAXS
• Iq0_mix : PLMD::isdb::SAXS
• Iq0_mix_D : PLMD::isdb::SAXS
• Iq0_mix_H : PLMD::isdb::SAXS
• Iq0_solv : PLMD::isdb::SAXS
• Iq0_solv_H : PLMD::isdb::SAXS
• Iq0_vac : PLMD::isdb::SAXS
• Iq0_vac_D : PLMD::isdb::SAXS
• Iq0_vac_H : PLMD::isdb::SAXS
• IR : PLMD::Random
• ir_size : PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::xdrfile::t_trnheader
• is3x3 : PLMD::TensorTyped< T, n, m >
• is_active : PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs
• is_chi1_cx() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• is_complete : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• is_file : PLMD::TypesafePtr
• is_floating_point : PLMD::TypesafePtr
• is_inlinable() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• is_integral : PLMD::TypesafePtr
• is_local_search_on() : PLMD::maze::Memetic
• is_memcpyable : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• is_memcpyable_iterator : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• is_pbc_on() : PLMD::maze::Optimizer
• isaction : PLMD::Keywords
• isActionNeeded() : PLMD::Keywords
• isActionSuffixed() : PLMD::Keywords
• isActive() : PLMD::Action, PLMD::ves::CoeffsBase
• isAnalysis() : PLMD::Keywords
• isArgument() : PLMD::Keywords::keyInfo
• isAtomList() : PLMD::Keywords::KeyType
• isatoms : PLMD::Keywords
• isBiasCutoffAllowed() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isBiasFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• isBiasOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isChargeSet_ : PLMD::vatom::Center
• iscltool : PLMD::function::FuncSumHills
• isCompulsory() : PLMD::Keywords::KeyType
• isConstant() : PLMD::lepton::ParsedExpression, PLMD::Value
• isDeprecated() : PLMD::Keywords::KeyType
• isDerivative : PLMD::lepton::Operation::Custom
• isDerivativeZeroWhenValueIsZero() : PLMD::Value
• isDiagonal() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• isDLRegistering() : PLMD::Register
• isDriver() : PLMD::Keywords
• isDynamic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isDynamicTargetDistFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• iselect : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• Isend() : PLMD::Communicator
• isFesFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• isFesOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isFesProjFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• isFesProjOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isFirstStep : PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift, PLMD::isdb::SAXS, PLMD::ves::Optimizer
• isFirstStep_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >, PLMD::ves::VesDeltaF
• isFlag() : PLMD::Keywords::KeyType
• isGenericCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isHidden() : PLMD::Keywords::KeyType
• isInfixOperator() : PLMD::lepton::Operation::Add, PLMD::lepton::Operation::Divide, PLMD::lepton::Operation, PLMD::lepton::Operation::Multiply, PLMD::lepton::Operation::Power, PLMD::lepton::Operation::PowerConstant, PLMD::lepton::Operation::Subtract
• isInitialized : PLMD::RMSDCoreData
• isIntPower : PLMD::lepton::Operation::PowerConstant
• isIterationCounterActive() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isLinearBasisSetCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isMassSet_ : PLMD::vatom::Center
• ismatrix : PLMD::function::FunctionWithSingleArgument< T >, PLMD::function::Sum, PLMD::ParallelTaskManager< T >
• isMultiLinearBasisSetCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isNotPeriodic() : PLMD::HistogramBead
• isOpen() : PLMD::FileBase
• isopen : PLMD::function::FilesHandler
• isOptional() : PLMD::Keywords::KeyType
• isOptionOn() : PLMD::Action
• isOrthorombic() : PLMD::Pbc
• isPeriodic() : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject, PLMD::HistogramBead, PLMD::Value
• isperiodic : PLMD::function::Moments
• isPlumedGlobal() : PLMD::DLLoader
• isproduct : PLMD::matrixtools::OuterProductBase< T >
• isReady_ : PLMD::opes::ExpansionCVs
• isReduced() : PLMD::LatticeReduction
• isReduced2() : PLMD::LatticeReduction
• isreference_ : PLMD::isdb::Shadow
• isRescaledToBias() : PLMD::BiasRepresentation
• isReweightFactorCalculated() : PLMD::ves::VesBias
• isSet() : PLMD::Pbc
• isSP2() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• isStatic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isStaticTargetDistFileOutputActive() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::VesBias
• isSymmetric() : PLMD::lepton::Operation::Add, PLMD::lepton::Operation, PLMD::lepton::Operation::Multiply, PLMD::Matrix< T >, PLMD::Value, PLMD::ves::CoeffsMatrix
• isTargetDistGridShiftedToZero() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isTargetDistOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isTargetDistProjOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isTerminalGroup() : PLMD::MolDataClass
• isWhole() : PLMD::GenericMolInfo
• iswhole_ : PLMD::GenericMolInfo
• items : PLMD::Citations
• iter_counter : PLMD::ves::Optimizer
• iteration_and_time_active_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• iteration_opt : PLMD::ves::CoeffsBase
• iterator : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >, PLMD::View2D< T, N, M >, PLMD::View< T, N >
• iterator_category : PLMD::gch::small_vector_iterator< Pointer, DifferenceType >
• ITMAX : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >, PLMD::ConjugateGradient< FCLASS >, PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• iv : PLMD::Random
• iy : PLMD::Random