Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- s -

• S : PLMD::isdb::SAXS
• s : PLMD::Communicator::Status
• S2ContactModel() : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• s_path_ders : PLMD::function::FuncPathGeneral
• safe : PLMD::RMSDCoreData
• safety : PLMD::funnel::Funnel
• sameShape() : PLMD::ves::CoeffsBase, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• sampled_averages : PLMD::ves::VesBias
• sampled_cross_averages : PLMD::ves::VesBias
• sampling_r_ : PLMD::maze::Optimizer
• sampling_radius() : PLMD::maze::Optimizer
• sasa_calculate() : PLMD::isdb::SAXS
• sasa_cutoff : PLMD::isdb::SAXS
• SASA_HASEL() : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• SASA_LCPO() : PLMD::sasa::SASA_LCPO
• sasa_type : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• SASAparam : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• savedIndices : PLMD::colvar::PathMSDBase
• savedInputLines : PLMD::ActionShortcut
• savedOutputs : PLMD::ActionShortcut
• saveGaussian : PLMD::Random
• savePositions() : PLMD::GREX
• saveValueAsDouble() : PLMD::DataPassingObject, PLMD::DataPassingObjectTyped< T >
• SAXS() : PLMD::isdb::SAXS
• saxs : PLMD::isdb::SAXS
• SC_FLAT : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• SC_GAUSS : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale : PLMD::isdb::RDC
• scale_ : PLMD::bias::External, PLMD::eds::EDS, PLMD::funnel::Funnel, PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::ves::BF_Wavelets, PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• scale_max_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_min_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_mu_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_prior_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scaleAllValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• scaleAllValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• scaled_ : PLMD::ves::BF_Legendre
• scaled_components : PLMD::colvar::Distance, PLMD::colvar::Position, PLMD::vatom::FixedAtom
• scaledToReal() : PLMD::Pbc
• scaleEnergy() : PLMD::isdb::EMMI
• scaling : PLMD::piv::PIV
• scanField() : PLMD::IFile
• scanFieldList() : PLMD::IFile
• scanOneHill() : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::function::FilesHandler
• scfenergies : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• scftype : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• score : PLMD::maze::Member, PLMD::maze::Optimizer
• score_best_ : PLMD::maze::Memetic
• score_mean() : PLMD::maze::Memetic
• score_member() : PLMD::maze::Memetic
• score_members() : PLMD::maze::Memetic
• score_worst_ : PLMD::maze::Memetic
• search() : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >
• SEC : PLMD::lepton::Operation
• Sec() : PLMD::lepton::Operation::Sec
• SECH : PLMD::lepton::Operation
• second : PLMD::generic::DumpMassCharge
• SecondaryStructureBase() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureBase< T >
• section : PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >::Handler
• seed : PLMD::bias::ABMD, PLMD::landmarks::FarthestPointSampling
• seed_ : PLMD::eds::EDS
• segid : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• SELECT : PLMD::lepton::Operation
• Select() : PLMD::isdb::Select, PLMD::lepton::Operation::Select
• select() : PLMD::ActionSet
• select_value_ : PLMD::bias::PBMetaD
• SelectComponents() : PLMD::valtools::SelectComponents
• selection_roulette() : PLMD::maze::Memetic
• selectLatest() : PLMD::ActionSet
• SelectMassCharge() : PLMD::colvar::SelectMassCharge
• selectNot() : PLMD::ActionSet
• Selector() : PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::isdb::Selector
• selector : PLMD::GenericMolInfo
• selector_ : PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::isdb::Rescale, PLMD::isdb::Select
• selector_running : PLMD::GenericMolInfo
• selectWithLabel() : PLMD::ActionSet
• SelectWithMask() : PLMD::valtools::SelectWithMask
• sequence_t : PLMD::isdb::CS2Backbone
• SER : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• SER_BB : PLMD::isdb::SAXS
• SER_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• serial() : PLMD::AtomNumber, PLMD::colvar::ContactMap, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::colvar::EEFSolv, PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS, PLMD::ParallelTaskManager< T >, PLMD::piv::PIV, PLMD::sizeshape::position_linear_proj
• serial_ : PLMD::maze::Optimizer, PLMD::NeighborList, PLMD::s2cm::S2ContactModel, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• set() : PLMD::ColvarOutput::VirialHelper, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >, PLMD::HistogramBead, PLMD::LeptonCall, PLMD::RMSD, PLMD::SwitchingFunction, PLMD::SwitchingFunctionAccelerable, PLMD::TypesafePtr, PLMD::Value, PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• set_capacity() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >, PLMD::maze::Memetic
• set_cauchy_mean() : PLMD::maze::Memetic
• set_cauchy_spread() : PLMD::maze::Memetic
• set_coding_len() : PLMD::maze::Memetic
• Set_comm() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionToPutData, PLMD::Communicator, PLMD::DomainDecomposition
• set_coupling_ : PLMD::eds::EDS
• set_data() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• set_data_ptr() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• set_default() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• set_distance() : PLMD::metatomic::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• Set_fcomm() : PLMD::Communicator
• set_label() : PLMD::maze::Optimizer
• set_local_search_rate() : PLMD::maze::Memetic
• set_local_search_type() : PLMD::maze::Memetic
• set_mating_rate() : PLMD::maze::Memetic
• set_memory() : PLMD::ActionToGetData
• set_mutation_rate() : PLMD::maze::Memetic
• set_n_global_iterations() : PLMD::maze::Memetic
• set_n_iterations() : PLMD::maze::Optimizer
• set_n_local_iterations() : PLMD::maze::Memetic
• set_n_threads_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• set_nl_cutoff() : PLMD::maze::Optimizer
• set_nl_stride() : PLMD::maze::Optimizer
• set_opt() : PLMD::maze::Optimizer
• set_opt_value() : PLMD::maze::Optimizer
• set_optimizer_stride() : PLMD::maze::Optimizer
• set_pair() : PLMD::metatomic::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• set_rank_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• set_sampling_radius() : PLMD::maze::Optimizer
• set_shift() : PLMD::metatomic::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• set_size() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• set_stride_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• set_to_inline_storage() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• set_to_zero() : PLMD::Tools
• set_value() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix, PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• set_vector() : PLMD::metatomic::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• set_zero_outside_range : PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction
• setActionInput() : PLMD::ParallelTaskManager< T >
• setAlign() : PLMD::RMSD
• setAllCoeffsDescriptions() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setAllCoeffsSetIterationCounters() : PLMD::ves::Optimizer
• setAllDimensionLabels() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setAllowMultiple() : PLMD::Keywords::keyInfo
• setAllUniformIntegralsToZero() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setAllValuesToZero() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• setArgDerivatives() : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setArgumentDomain() : PLMD::gridtools::DiscreteKernel, PLMD::gridtools::HistogramBeadKernel, PLMD::gridtools::RegularKernel< K >, PLMD::gridtools::UniversalVonMisses
• setArgumentNames() : PLMD::PDB
• setArgumentType() : PLMD::Keywords::keyInfo
• setArgumentValue() : PLMD::PDB
• setAtomNumbers() : PLMD::PDB
• setAtomPositions() : PLMD::PDB
• setAtomsContiguous() : PLMD::DomainDecomposition
• setAtomsDerivatives() : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::colvar::Colvar, PLMD::Colvar, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::sasa::Colvar, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• setAtomsGatindex() : PLMD::DomainDecomposition
• setAtomsNlocal() : PLMD::DomainDecomposition
• setBackupString() : PLMD::OFile
• setBias() : PLMD::bias::Bias
• setBiasGridNeeded() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setBiasMaximumToZero() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setBiasMinimumToZero() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setBiasOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setBiasWithoutCutoffGridNeeded() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setBounds() : PLMD::CheckInRange, PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• setBox() : PLMD::Pbc
• setBoxDerivatives() : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::colvar::Colvar, PLMD::Colvar, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::sasa::Colvar, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• setBoxDerivativesNoPbc() : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::colvar::Colvar, PLMD::colvar::ColvarInput, PLMD::Colvar, PLMD::sasa::Colvar, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• setBoxDerivativesNoPbc_inplace() : PLMD::colvar::ColvarInput
• setCalcData() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setCharge() : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::Units, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• setCoeffDescription() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setCol() : PLMD::TensorTyped< T, n, m >
• setCollectEnergy() : PLMD::PlumedMain::DeprecatedAtoms
• setComponentsIntroduction() : PLMD::Keywords
• setConstant() : PLMD::Value
• setCurrentBiasMaxValue() : PLMD::ves::VesBias
• setCurrentStepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• setCurrentStepSizes() : PLMD::ves::Optimizer
• setCutoff() : PLMD::LinkCells
• setData() : PLMD::DataPassingObject, PLMD::DataPassingObjectTyped< T >, PLMD::KernelFunctions
• setDataLabel() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setDefaultFlag() : PLMD::Keywords::keyInfo
• setDefaultValue() : PLMD::Keywords::keyInfo
• setDeprecated() : PLMD::Keywords
• setDerivative() : PLMD::function::Function, PLMD::Value
• setDerivativeIsZeroWhenValueIsZero() : PLMD::Value
• setDerivatives() : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setDescription() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setDimension() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setDimensionLabel() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setDisplace() : PLMD::RMSD
• setDisplayName() : PLMD::Keywords
• setDocString() : PLMD::Keywords::keyInfo
• setDocstring() : PLMD::Keywords::component
• setDomain() : PLMD::Value
• setDynamic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setEndPlumed() : PLMD::PlumedMain
• setEnergy() : PLMD::Units
• setEnergyValue() : PLMD::PlumedMain
• setExchangeStep() : PLMD::PlumedMain
• setExtraCV() : PLMD::ActionAtomistic
• setFesGridNeeded() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setFesOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setFesProjOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setFlag() : PLMD::ExchangePatterns
• setForcedNormalization() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setForcePointer() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionToPutData, PLMD::DataPassingObject, PLMD::DataPassingObjectTyped< T >, PLMD::DomainDecomposition
• setForcesOnAtoms() : PLMD::ActionAtomistic
• setForcesOnCell() : PLMD::ActionAtomistic
• setForceUnit() : PLMD::DataPassingObject
• setFromVector() : PLMD::Matrix< T >
• setFullPath() : PLMD::ActionOptions
• setGlobalPosition() : PLMD::ActionAtomistic
• setGradients() : PLMD::ActionWithArguments, PLMD::Value
• setGradientsIfNeeded() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionWithValue
• setGridBins() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::VesBias
• setGridDerivatives() : PLMD::Value
• setGridElement() : PLMD::gridtools::GridSearch< FCLASS >
• setGridFMT() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setGridMax() : PLMD::ves::VesBias
• setGridMin() : PLMD::ves::VesBias
• setHeavyFlush() : PLMD::FileBase
• setIndex() : PLMD::AtomNumber
• setInputData() : PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool
• setInputForce() : PLMD::PlumedMain
• setInputValue() : PLMD::PlumedMain
• setInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setIntervalBounded() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setIntervalNonBounded() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setIntrinsicInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setIterationCounter() : PLMD::ves::CoeffsBase, PLMD::ves::Optimizer
• setIterationCounterAndTime() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setKernelAndCheckHeight() : PLMD::gridtools::DiagonalKernelParams, PLMD::gridtools::NonDiagonalKernelParams, PLMD::gridtools::VonMissesKernelParams
• setKernelType() : PLMD::HistogramBead
• setKey() : PLMD::Keywords::component
• setLabel() : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::CoeffsBase
• setLabelPrefix() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setLabels() : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::CoeffsBase
• setLastUpdate() : PLMD::NeighborList
• setLength() : PLMD::Units
• setLinePrefix() : PLMD::OFile
• setLinkCellCutoff() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >
• setLinkedAction() : PLMD::Keywords::keyInfo
• setLinkedPage() : PLMD::Keywords::keyInfo
• setMass() : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::Units, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• setMatrixBookeepingElement() : PLMD::Value
• setMetaDer() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setMinimumOfTargetDistGridToZero() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setMinToZero() : PLMD::Grid
• setMissingKey() : PLMD::ExceptionRegisterError
• setNarg() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setNelemAndShape() : PLMD::TypesafePtr
• setNofR() : PLMD::ExchangePatterns
• setNonPeriodic() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setNotPeriodic() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::Value
• setNumberOfBasisFunctions() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setNumericalIntegrationBins() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setOperation() : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• setOption() : PLMD::Action
• setOrder() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setOutputFmt() : PLMD::GridBase, PLMD::ves::CoeffsBase
• setOutputForce() : PLMD::bias::Bias
• setParallel() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setParameter() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setParameters() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setPbc() : PLMD::PbcAction
• setPeriodic() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::ves::BasisFunctions
• setPosition() : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• setPositions() : PLMD::PDB
• setPositionsCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• setPositionsCenterIsRemoved() : PLMD::RMSDCoreData
• setReference() : PLMD::ERMSD, PLMD::RMSD
• setReferenceCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• setReferenceCenterIsRemoved() : PLMD::RMSDCoreData
• setReferenceConfiguration() : PLMD::mapping::PathProjectionCalculator
• setReferenceConfigurations() : PLMD::colvar::RMSDVector
• setReferenceStructure() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureDRMSDInput, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSDInput
• setRemainingToDefault() : PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool
• setRequestList() : PLMD::NeighborList
• setRescaledToBias() : PLMD::BiasRepresentation
• setRestart() : PLMD::PlumedMain
• setRow() : PLMD::TensorTyped< T, n, m >
• setRowIndices() : PLMD::Value
• setScore() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setSeed() : PLMD::ExchangePatterns, PLMD::Random
• setSerial() : PLMD::AtomNumber, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setShape() : PLMD::Value
• setStart() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionToPutData, PLMD::DataPassingObject, PLMD::DomainDecomposition
• setStatic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setStepOfLastBiasGridUpdate() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setStepOfLastBiasWithoutCutoffGridUpdate() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setStepOfLastFesGridUpdate() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setStepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• setStepSizes() : PLMD::ves::Optimizer
• setStride() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionPilot, PLMD::ActionToPutData, PLMD::DataPassingObject, PLMD::DomainDecomposition
• setStyle() : PLMD::Keywords::KeyType
• setSuffix() : PLMD::PlumedMain
• setSymmetric() : PLMD::Value
• setTargetDistAverages() : PLMD::ves::VesBias
• setTargetDistAveragesToZero() : PLMD::ves::VesBias
• setTargetDistOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setTargetDistProjOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setTime() : PLMD::Units, PLMD::ves::CoeffsBase
• setType() : PLMD::Keywords::component, PLMD::Keywords::keyInfo, PLMD::RMSD, PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::CoeffsBase
• setUniformIntegral() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setUniformIntegrals() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setUnit() : PLMD::ActionToPutData, PLMD::DataPassingObject
• setUnits() : PLMD::PlumedMain
• setup() : PLMD::crystdistrib::QuaternionProductMatrix, PLMD::function::FunctionData< T >, PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject, PLMD::matrixtools::Dissimilarities, PLMD::matrixtools::MatrixProduct, PLMD::matrixtools::OutputProductFunc, PLMD::matrixtools::OutputProductMax, PLMD::matrixtools::OutputProductMin
• setupAdditionalGrids() : PLMD::ves::TargetDistribution, PLMD::ves::TD_Custom, PLMD::ves::TD_LinearCombination, PLMD::ves::TD_ProductCombination, PLMD::ves::TD_ProductDistribution, PLMD::ves::TD_Uniform
• setupArguments() : PLMD::ArgumentsBookkeeping, PLMD::ParallelActionsInput
• setupBasisFunctionsInfo() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setupBF() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setupBiasCutoff() : PLMD::ves::TargetDistribution, PLMD::ves::VesBias
• setupBiasFileOutput() : PLMD::ves::VesBias, PLMD::ves::VesLinearExpansion
• setupBiasGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupCells() : PLMD::LinkCells
• setupConstants() : PLMD::colvar::EEFSolv
• setupConstantValues() : PLMD::Action
• setupExponentiallyDecayingAveraging() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• setupFesFileOutput() : PLMD::ves::VesBias, PLMD::ves::VesLinearExpansion
• setupFesGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupFesProjFileOutput() : PLMD::ves::VesBias, PLMD::ves::VesLinearExpansion
• setupFesProjGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupGeneralGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupGrid() : PLMD::ves::WaveletGrid
• setupGridBounds() : PLMD::gridtools::KDEGridTools< K, P >, PLMD::gridtools::KDEHelper< K, P, G >, PLMD::gridtools::SphericalKDEGridTools
• setupGrids() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setupHASELparam() : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• setupInterfaceActions() : PLMD::PlumedMain
• setupInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setupLabels() : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::BF_Combined, PLMD::ves::BF_Cosine, PLMD::ves::BF_Fourier, PLMD::ves::BF_Gaussians, PLMD::ves::BF_Powers, PLMD::ves::BF_Sine, PLMD::ves::BF_Wavelets
• setupLCPOparam() : PLMD::isdb::SAXS, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• setupMatrices() : PLMD::ves::WaveletGrid
• setupMatrix() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• setupMaxSurfMap() : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• setupOFiles() : PLMD::ves::Optimizer
• setupOutObservable() : PLMD::fisst::FISST
• setupOutRestart() : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• setupParallelTaskManager() : PLMD::ParallelTaskManager< T >
• setupPeriodicity() : PLMD::Value
• setupPrintValue() : PLMD::OFile
• setupRegions() : PLMD::volumes::VolumeAround, PLMD::volumes::VolumeCavity, PLMD::volumes::VolumeInCylinder, PLMD::volumes::VolumeInEnvelope, PLMD::volumes::VolumeInSphere, PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• setupStretch() : PLMD::switchContainers::leptonSwitch, PLMD::switchContainers::Switch, PLMD::switchContainers::SwitchInterface< SF >, PLMD::switchContainers::SwitchInterface_lepton
• setupTargetDistFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• setupTargetDistPntr() : PLMD::ves::OutputBasisFunctions
• setupTargetDistProjFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• setupTargetDistribution() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupThirdAtomBlock() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >
• setupTypeMap() : PLMD::colvar::EEFSolv
• setupUniformIntegrals() : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::BF_Chebyshev, PLMD::ves::BF_Combined, PLMD::ves::BF_Cosine, PLMD::ves::BF_Fourier, PLMD::ves::BF_Legendre, PLMD::ves::BF_Sine
• setupUniformTargetDistribution() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupValueMap() : PLMD::colvar::EEFSolv
• setValType() : PLMD::Value
• setValue() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::Grid, PLMD::GridBase, PLMD::SparseGrid, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• setValueAndDerivatives() : PLMD::Grid, PLMD::GridBase, PLMD::SparseGrid
• setValueDescription() : PLMD::Keywords
• setValuePointer() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionToPutData, PLMD::DataPassingObject, PLMD::DataPassingObjectTyped< T >, PLMD::DomainDecomposition
• setValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• setValuesFromDifferentShape() : PLMD::ves::CoeffsVector
• setVariableLocations() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• setWeight() : PLMD::dimred::SMACOF
• setWorkspaceSize() : PLMD::ParallelTaskManager< T >
• sf1 : PLMD::adjmat::BridgeMatrix
• sf2 : PLMD::adjmat::BridgeMatrix
• sfile_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sfrac : PLMD::mapping::PathReparameterization
• sfs : PLMD::colvar::ContactMap, PLMD::piv::PIV
• sfunc : PLMD::volumes::VolumeInEnvelope
• sfunc_str : PLMD::volumes::VolumeInEnvelope
• sgn() : PLMD::logmfd::LogMFD, PLMD::maze::tls
• Shadow() : PLMD::isdb::Shadow
• shape : PLMD::ArgumentBookeepingHolder, PLMD::Value, plumed_safeptr, plumed_safeptr_x
• shape_ : PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• shapedata : PLMD::ArgumentsBookkeeping, PLMD::ParallelActionsInput
• shapedata_size : PLMD::ParallelActionsInput
• shapeOfIndices() : PLMD::ves::CoeffsBase
• shapestarts : PLMD::ArgumentsBookkeeping, PLMD::ParallelActionsInput
• shapestarts_size : PLMD::ParallelActionsInput
• share() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionToPutData, PLMD::DomainDecomposition
• share_data() : PLMD::DataPassingObject, PLMD::DataPassingObjectTyped< T >
• shareAll() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionToPutData, PLMD::DomainDecomposition, PLMD::PlumedMain
• shared_ : PLMD::isdb::Rescale
• shareData() : PLMD::PlumedMain
• sharedData : PLMD::piv::PIV
• sharedData_unique : PLMD::piv::PIV
• shell_types : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• shift : PLMD::BiasWeight, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::metatomic::vesin::cpu::CellList::Point, PLMD::switchContainers::Data
• shift_ : PLMD::ves::TD_Grid
• shift_into_uninitialized() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• shift_targetdist_to_zero_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• shifts : PLMD::metatomic::vesin::VesinNeighborList, PLMD::Pbc
• shifts_ : PLMD::ves::BF_Wavelets
• shortcutKeywords() : PLMD::multicolvar::MultiColvarShortcuts, PLMD::symfunc::CoordinationNumbers
• shortcutlabel : PLMD::ActionShortcut
• ShowGraph() : PLMD::cltools::ShowGraph
• shrink_to_fit() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• shrink_to_size() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• Shuffle() : PLMD::Random
• shuffledAtoms : PLMD::DomainDecomposition
• side_chain : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• side_chain_atoms() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• sigma : PLMD::adjmat::TopologyMatrix, PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MetaD::Gaussian, PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian, PLMD::FlexibleBin, PLMD::gridtools::DiagonalKernelParams, PLMD::gridtools::NonDiagonalKernelParams, PLMD::opes::OPESmetad< mode >::kernel, PLMD::volumes::VolumeAround, PLMD::volumes::VolumeCavity, PLMD::volumes::VolumeInCylinder, PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• sigma0_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• sigma0max_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• sigma0min_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• sigma_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::ves::TD_Chi, PLMD::ves::TD_ChiSquared, PLMD::ves::TD_Multicanonical, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• sigma_max_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::ves::TD_Uniform
• sigma_max_est_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigma_mean2_ : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigma_mean2_last_ : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigma_min_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::opes::OPESmetad< mode >, PLMD::ves::TD_Uniform
• sigma_res : PLMD::isdb::SAXS
• sigma_square : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• sigmamax : PLMD::FlexibleBin
• sigmamax_opt_done_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigmamin : PLMD::FlexibleBin
• sigmas_ : PLMD::isdb::BAIES, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian, PLMD::ves::TD_Gaussian, PLMD::ves::TD_VonMises
• similarity : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
• SIMPLE : PLMD::RMSD
• simpleAlignment() : PLMD::RMSD
• SimpleMD() : PLMD::cltools::SimpleMD
• simtemp : PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::ReweightBase, PLMD::wham::Wham
• Simulated_Annealing() : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• SIN : PLMD::lepton::Operation
• Sin() : PLMD::lepton::Operation::Sin
• SINH : PLMD::lepton::Operation
• Sinh() : PLMD::lepton::Operation::Sinh
• size : PLMD::Communicator::ConstData, PLMD::Communicator::Data, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >, PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >, PLMD::Keywords, PLMD::molfile::molfile_graphics_t, PLMD::NeighborList, PLMD::PDB, PLMD::RequiredMatrixElements, PLMD::secondarystructure::flexibleMemory< T >, PLMD::TokenizedLine, PLMD::TypesafePtr::SizeLike, PLMD::View2D< T, N, M >, PLMD::View< T, N >, PLMD::WithCmd::SizeLike
• size_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Shadow, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::View< T, N >
• size_ty : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >, PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• size_type : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >, PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >, PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• SizeLike() : PLMD::TypesafePtr::SizeLike, PLMD::WithCmd::SizeLike
• sizeM_ : PLMD::View2D< T, N, M >
• sizeN_ : PLMD::View2D< T, N, M >
• sizeOfFakeVals() : PLMD::ParallelActionsInput
• sizes : PLMD::secondarystructure::flexibleMemory< T >
• SketchMap() : PLMD::dimred::SketchMap
• SketchMapProjection() : PLMD::dimred::SketchMapProjection
• slope : PLMD::bias::Restraint, PLMD::funnel::Funnel
• SMAC() : PLMD::symfunc::SMAC
• SMACOF() : PLMD::dimred::SMACOF
• smacof : PLMD::dimred::ArrangePoints
• smacof_reg : PLMD::dimred::ArrangePoints
• smacof_tol : PLMD::dimred::ArrangePoints
• SMALL : PLMD::sizeshape::position_linear_proj, PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• small_vector : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• small_vector_base : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• small_vector_data() : PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >
• small_vector_data_base() : PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• small_vector_iterator() : PLMD::gch::small_vector_iterator< Pointer, DifferenceType >
• smoothening_ : PLMD::ves::TD_Multicanonical, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• solv_stride : PLMD::isdb::SAXS
• solve() : PLMD::maze::Memetic
• sort() : PLMD::LatticeReduction, PLMD::metatomic::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• sort_members() : PLMD::maze::Memetic
• sortData() : PLMD::function::SortWithSingleArgument
• sorted : PLMD::metatomic::vesin::VesinOptions
• SortWithSingleArgument() : PLMD::function::SortWithSingleArgument
• sp : PLMD::Subprocess::Handler
• spacing : PLMD::gridtools::FindGridOptimum
• spacing_ : PLMD::ves::BF_CubicBsplines
• SparseGrid() : PLMD::SparseGrid
• specialSymbol() : PLMD::MolDataClass
• SphericalHarmonic() : PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• spin : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• spline : PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction, PLMD::ves::BF_CubicBsplines
• spline_coeffs() : PLMD::isdb::SAXS
• spline_interpolator : PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction
• splineInterpolation() : PLMD::gridtools::Interpolator
• Split() : PLMD::Communicator
• split() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• Sprint() : PLMD::sprint::Sprint
• sqdonly : PLMD::function::Stats
• SQRT : PLMD::lepton::Operation
• Sqrt() : PLMD::lepton::Operation::Sqrt
• sqrt2_pi_ : PLMD::isdb::BAIES, PLMD::isdb::EMMI
• sqrtdisplace : PLMD::colvar::RMSDVectorData
• SQUARE : PLMD::lepton::Operation
• Square() : PLMD::lepton::Operation::Square
• squared : PLMD::colvar::PCARMSD, PLMD::colvar::RMSD, PLMD::colvar::RMSDVectorData, PLMD::function::LessThan, PLMD::function::MoreThan, PLMD::funnel::FUNNEL_PS, PLMD::matrixtools::Dissimilarities, PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• ssds_ : PLMD::eds::EDS
• stack() : PLMD::Exception
• stack_temporary() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >::stack_temporary
• stackSize : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• stackTrace : PLMD::Exception
• staged_m : PLMD::RegisterBase< Content >
• start : PLMD::ArgumentBookeepingHolder, PLMD::DataPassingObject, PLMD::Stopwatch, PLMD::Stopwatch::Watch, PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >
• start_step_0() : PLMD::maze::Optimizer
• start_step_stride() : PLMD::maze::Optimizer
• startPause() : PLMD::Stopwatch, PLMD::Stopwatch::Watch
• startStep() : PLMD::PlumedMain
• startStop() : PLMD::Stopwatch, PLMD::Stopwatch::Watch, PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >
• startWith() : PLMD::Tools
• State : PLMD::Stopwatch::Watch
• state : PLMD::Stopwatch::Watch
• stateOfile_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• static_grid_calculated : PLMD::ves::TargetDistribution
• static_targetdist : PLMD::ves::TargetDistribution
• static_targetdist_fileoutput_active_ : PLMD::ves::VesBias
• Stats() : PLMD::function::Stats
• status : PLMD::cltools::GenExample, PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• status_file_name_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• statusfile_ : PLMD::isdb::EMMI
• statusfilename_ : PLMD::isdb::EMMI
• StatusIgnore : PLMD::Communicator
• statusstride_ : PLMD::isdb::EMMI
• STD : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• std() : PLMD::maze::tls
• Steered_MD() : PLMD::maze::Steered_MD
• Steinhardt() : PLMD::symfunc::Steinhardt
• STEP : PLMD::lepton::Operation
• Step() : PLMD::lepton::Operation::Step
• step : PLMD::bias::MovingRestraint, PLMD::fileTraj, PLMD::molfile::md_ts, PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::PlumedMain, PLMD::xdrfile::t_trnheader
• step_initial : PLMD::logmfd::LogMFD
• step_of_last_biasgrid_update : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• step_of_last_biaswithoutcutoffgrid_update : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• step_of_last_fesgrid_update : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• step_size_ : PLMD::eds::EDS
• steps_pressure_ : PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• steps_temp_ : PLMD::ves::TD_Multicanonical, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• StepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• stepsizes_ : PLMD::ves::Optimizer
• stochastic_hill_climbing() : PLMD::maze::Memetic
• stop : PLMD::generic::Plumed, PLMD::PlumedMain, PLMD::Stopwatch::Handler, PLMD::Stopwatch, PLMD::Stopwatch::Watch, PLMD::Subprocess, PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >
• stopFlag : PLMD::PlumedMain
• stopFlag_fwd : PLMD::PlumedMain
• stopNow : PLMD::PlumedMain
• Stopwatch : PLMD::Stopwatch::Handler, PLMD::Stopwatch, PLMD::Stopwatch::Watch
• stopwatch : PLMD::piv::PIV, PLMD::PlumedMain
• stopwatch_fwd : PLMD::piv::PIV, PLMD::PlumedMain
• storage() : PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >
• storage_ptr() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• store_norm : PLMD::fourier::FourierTransform
• storeOldGrids_ : PLMD::bias::MetaD
• storeOldStates_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• str_max : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject, PLMD::Value
• str_max_ : PLMD::GridBase
• str_min : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject, PLMD::Value
• str_min_ : PLMD::GridBase
• stream : PLMD::Exception
• stretch : PLMD::switchContainers::Data
• stretchA : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::KernelFunctions
• stretchB : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::KernelFunctions
• stride : PLMD::DataPassingObject, PLMD::generic::CreateMask, PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• stride_ : PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::maze::Optimizer, PLMD::NeighborList, PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• stringToType() : PLMD::ves::WaveletGrid
• stripLeadingAndTrailingBlanks() : PLMD::Tools
• style : PLMD::Keywords::KeyType, PLMD::Keywords, PLMD::molfile::molfile_graphics_t
• style_ : PLMD::NeighborList
• Subprocess : PLMD::Subprocess::Handler, PLMD::Subprocess
• substituteSimplerExpression() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• SUBTRACT : PLMD::lepton::Operation
• Subtract() : PLMD::lepton::Operation::Subtract
• subtractFromValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• subview() : PLMD::View< T, N >
• subview_n() : PLMD::View< T, N >
• suffix : PLMD::PlumedMain
• Sum() : PLMD::Communicator, PLMD::function::Sum
• sum_weights2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• sum_weights_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• sum_x : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• sum_x_square : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• sumCommMPI() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• sumlen : PLMD::mapping::PathReparameterization
• sumMultiSimCommMPI() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• sumOverDomains() : PLMD::DomainDecomposition
• svd : PLMD::isdb::RDC
• Svol : PLMD::piv::PIV
• sw : PLMD::piv::PIV
• swap() : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false >, PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >, PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >, PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• swap_allocation() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• swap_capacity() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• swap_data_ptr() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• swap_default() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• swap_elements() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• swap_is_noop : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false >, PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >
• swap_size() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >, PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• swap_unequal_no_propagate() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• switchData : PLMD::SwitchingFunctionAccelerable
• switchGaussian : PLMD::Random
• SwitchingFunction() : PLMD::SwitchingFunction
• switchingFunction : PLMD::adjmat::ContactMatrix, PLMD::adjmat::TopologyMatrix, PLMD::colvar::Coordination, PLMD::contour::DistanceFromContourBase, PLMD::dimred::ArrangePoints, PLMD::dimred::ProjectPoints, PLMD::function::LessThan, PLMD::function::MoreThan, PLMD::gridtools::RegularKernel< K >, PLMD::gridtools::UniversalVonMisses, PLMD::volumes::VolumeInCylinder, PLMD::volumes::VolumeInEnvelope, PLMD::volumes::VolumeInSphere
• SwitchingPlotter() : PLMD::cltools::SwitchingPlotter
• SwitchInterface() : PLMD::switchContainers::SwitchInterface< SF >
• SwitchInterface_lepton() : PLMD::switchContainers::SwitchInterface_lepton
• sym_alpha_size_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• sym_size : PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::xdrfile::t_trnheader
• symmetric : PLMD::Value
• sz : PLMD::Matrix< T >::openAccVectorHelper< Y >, PLMD::Matrix< T >, PLMD::secondarystructure::flexibleMemory< T >