Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- c -

• C : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::isdb::SAXS, PLMD::molfile::md_box, PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• c : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::isdb::SAXS::SplineCoeffs, PLMD::switchContainers::Data
• C_3TE : PLMD::isdb::SAXS
• C_5TE : PLMD::isdb::SAXS
• c_aa : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• c_aa_prev : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• c_aa_succ : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• C_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• C_BB1 : PLMD::isdb::SAXS
• C_BB2 : PLMD::isdb::SAXS
• C_BB3 : PLMD::isdb::SAXS
• C_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• C_SC2 : PLMD::isdb::SAXS
• C_SC3 : PLMD::isdb::SAXS
• C_TE3 : PLMD::isdb::SAXS
• C_TE5 : PLMD::isdb::SAXS
• CA_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CAc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• cache_set : PLMD::OpenMP::OpenMPVars
• cacheline_size : PLMD::OpenMP::OpenMPVars
• cal_maha_dist() : PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• cal_position_linear_proj() : PLMD::sizeshape::position_linear_proj
• calc : PLMD::F1dim< FCLASS >, PLMD::function::Bessel, PLMD::function::Between, PLMD::function::Combine, PLMD::function::Custom, PLMD::function::Highest, PLMD::function::LessThan, PLMD::function::Moments, PLMD::function::MoreThan, PLMD::function::Piecewise, PLMD::function::Sort, PLMD::gridtools::DiscreteKernel, PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction, PLMD::gridtools::HistogramBeadKernel, PLMD::gridtools::RegularKernel< K >, PLMD::gridtools::SumOfKernels< K, P >, PLMD::gridtools::UniversalVonMisses, PLMD::PlumedMain, PLMD::refdist::Difference, PLMD::symfunc::CylindricalHarmonic, PLMD::symfunc::Fccubic, PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• calc2 : PLMD::F1dim< FCLASS >
• calc_1D_pmf() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• calc_covar_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_data_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• calc_DDistDRef() : PLMD::RMSD
• calc_DDistDRef_Rot_DRotDPos() : PLMD::RMSD
• calc_DDistDRef_Rot_DRotDPos_DRotDRef() : PLMD::RMSD
• calc_energy() : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• calc_FitElements() : PLMD::RMSD
• calc_lm_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_max_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_PCAelements() : PLMD::RMSD
• calc_pmf() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• calc_rct_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_reweightfactor_ : PLMD::ves::VesBias
• calc_Rot() : PLMD::RMSD
• calc_Rot_DRotDRr01() : PLMD::RMSD
• calc_SOMA() : PLMD::RMSD
• calc_ssd_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_temp() : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• calc_transition_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_work_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• calcClog() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcCurrentPathSpacings() : PLMD::mapping::PathReparameterization
• calcDerivatives() : PLMD::MinimiseBase< FCLASS >
• calcEkin() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcFlog() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcFromAverage : PLMD::Value
• calcIntegerValues() : PLMD::ves::WaveletGrid
• calcMat() : PLMD::ERMSD
• calcMeanForce() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcNlist() : PLMD::isdb::SAXS, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• calcPositionsCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• calcReferenceCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• calculate() : PLMD::Action, PLMD::ActionAnyorder, PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionSetup, PLMD::ActionShortcut, PLMD::ActionToGetData, PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase< T >, PLMD::adjmat::Neighbors< T >, PLMD::adjmat::NHighInput, PLMD::adjmat::NLowInput, PLMD::adjmat::OneHighInput, PLMD::adjmat::OneLowInput, PLMD::adjmat::TorsionsMatrix, PLMD::bias::ABMD, PLMD::bias::BiasValue, PLMD::bias::ExtendedLagrangian, PLMD::bias::External, PLMD::bias::LWalls, PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::MovingRestraint, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::bias::Restraint, PLMD::bias::ReweightBase, PLMD::bias::UWalls, PLMD::clusters::ClusterDistribution, PLMD::clusters::ClusteringBase, PLMD::clusters::ClusterWeights, PLMD::colvar::Angle, PLMD::colvar::Cell, PLMD::colvar::ColvarFake, PLMD::colvar::ContactMap, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::colvar::DihedralCorrelation, PLMD::colvar::Dimer, PLMD::colvar::Dipole, PLMD::colvar::Distance, PLMD::colvar::EEFSolv, PLMD::colvar::ERMSD, PLMD::colvar::Gyration, PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T >, PLMD::colvar::PathMSDBase, PLMD::colvar::PCARMSD, PLMD::colvar::Plane, PLMD::colvar::Position, PLMD::colvar::ProjectionOnAxis, PLMD::colvar::Puckering, PLMD::colvar::RMSD, PLMD::colvar::RMSDVector, PLMD::colvar::SelectMassCharge, PLMD::colvar::Template, PLMD::colvar::Torsion, PLMD::colvar::Volume, PLMD::contour::DistanceFromContour, PLMD::contour::DistanceFromSphericalContour, PLMD::contour::DumpContour, PLMD::contour::FindContour, PLMD::contour::FindContourSurface, PLMD::contour::FindSphericalContour, PLMD::crystdistrib::Quaternion, PLMD::crystdistrib::QuaternionBondProductMatrix, PLMD::crystdistrib::QuaternionProductMatrix, PLMD::dimred::ArrangePoints, PLMD::dimred::ProjectPoints, PLMD::eds::EDS, PLMD::ERMSD, PLMD::fisst::FISST, PLMD::fourier::FourierTransform, PLMD::function::annfunc::ANN, PLMD::function::Ensemble, PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::function::FuncPathMSD, PLMD::function::FuncSumHills, PLMD::function::FunctionOfMatrix< T >, PLMD::function::FunctionOfScalar< T >, PLMD::function::FunctionOfVector< T >, PLMD::function::FunctionWithSingleArgument< T >, PLMD::function::LocalEnsemble, PLMD::function::SortWithSingleArgument, PLMD::function::Stats, PLMD::function::Sum, PLMD::funnel::Funnel, PLMD::funnel::FUNNEL_PS, PLMD::generic::Accumulate, PLMD::generic::Collect, PLMD::generic::Committor, PLMD::generic::Constant, PLMD::generic::CreateMask, PLMD::generic::Debug, PLMD::generic::DumpAtoms, PLMD::generic::DumpDerivatives, PLMD::generic::DumpForces, PLMD::generic::DumpMassCharge, PLMD::generic::DumpPDB, PLMD::generic::DumpProjections, PLMD::generic::DumpVector, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift, PLMD::generic::EndPlumed, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::generic::Flush, PLMD::generic::GatherReplicas, PLMD::generic::Include, PLMD::generic::Plumed, PLMD::generic::Print, PLMD::generic::PrintNDX, PLMD::generic::RandomExchanges, PLMD::generic::Read, PLMD::generic::ResetCell, PLMD::generic::Time, PLMD::generic::UpdateIf, PLMD::generic::WholeMolecules, PLMD::generic::WrapAround, PLMD::GenericMolInfo, PLMD::GREX, PLMD::gridtools::DumpGrid, PLMD::gridtools::FindGridOptimum, PLMD::gridtools::FunctionOfGrid< T >, PLMD::gridtools::GetGridVolumeElement, PLMD::gridtools::InterpolateGrid, PLMD::gridtools::KDE< K, P, G >, PLMD::gridtools::Marginal, PLMD::gridtools::ReadGridInSetup, PLMD::Group, PLMD::HistogramBead, PLMD::isdb::BAIES, PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::FretEfficiency, PLMD::isdb::JCoupling, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::NOE, PLMD::isdb::PRE, PLMD::isdb::RDC, PLMD::isdb::Rescale, PLMD::isdb::SAXS, PLMD::isdb::Select, PLMD::isdb::Selector, PLMD::isdb::Shadow, PLMD::landmarks::FarthestPointSampling, PLMD::logmfd::LogMFD, PLMD::mapping::GeometricPath, PLMD::mapping::PathDisplacements, PLMD::mapping::PathReparameterization, PLMD::matrixtools::DiagonalizeMatrix, PLMD::matrixtools::Dissimilarities, PLMD::matrixtools::InvertMatrix, PLMD::matrixtools::MatrixProduct, PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix< T >, PLMD::matrixtools::MatrixTimesVectorBase< T >, PLMD::matrixtools::OuterProductBase< T >, PLMD::matrixtools::OutputProductFunc, PLMD::matrixtools::OutputProductMax, PLMD::matrixtools::OutputProductMin, PLMD::matrixtools::TransposeMatrix, PLMD::maze::Loss, PLMD::maze::Optimizer, PLMD::maze::OptimizerBias, PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP, PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP, PLMD::membranefusion::memFusionP, PLMD::metatomic::MetatomicPlumedAction, PLMD::opes::ExpansionCVs, PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >, PLMD::piv::PIV, PLMD::refdist::MatrixProductDiagonal, PLMD::RMSD, PLMD::s2cm::S2ContactModel, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureBase< T >, PLMD::sizeshape::position_linear_proj, PLMD::sizeshape::position_maha_dist, PLMD::switchContainers::baseSwitch< switching >, PLMD::switchContainers::leptonSwitch, PLMD::switchContainers::nativeqSwitch, PLMD::switchContainers::Switch, PLMD::switchContainers::SwitchInterface< SF >, PLMD::switchContainers::SwitchInterface_lepton, PLMD::SwitchingFunction, PLMD::SwitchingFunctionAccelerable, PLMD::symfunc::ThreeBodyGFunctions, PLMD::TargetDist, PLMD::valtools::Concatenate, PLMD::valtools::Flatten, PLMD::valtools::SelectWithMask, PLMD::valtools::VStack, PLMD::vatom::ArgsToVatom, PLMD::vatom::Center, PLMD::vatom::FixedAtom, PLMD::vatom::Ghost, PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::FermiSwitchingFunction, PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::OutputBasisFunctions, PLMD::ves::OutputFesBias, PLMD::ves::OutputTargetDistribution, PLMD::ves::TargetDistribution, PLMD::ves::VesDeltaF, PLMD::ves::VesLinearExpansion, PLMD::volumes::ActionVolume< T >, PLMD::wham::Wham
• calculate5m() : PLMD::colvar::Puckering
• calculate6m() : PLMD::colvar::Puckering
• calculate_cpu() : PLMD::isdb::SAXS
• calculate_Gauss() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_gpu() : PLMD::isdb::SAXS
• calculate_Marginal() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_Outliers() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_output_of_each_layer() : PLMD::function::annfunc::ANN
• calculate_overlap() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_useful_stuff() : PLMD::isdb::EMMI
• calculateAFF() : PLMD::isdb::SAXS
• calculateAFFsans() : PLMD::isdb::SAXS
• calculateAtomicNumericalDerivatives() : PLMD::ActionAtomistic
• calculateCenter() : PLMD::RMSD
• calculateConstantValues() : PLMD::ActionWithArguments, PLMD::generic::Accumulate, PLMD::generic::Collect
• calculateCV() : PLMD::colvar::Angle, PLMD::colvar::DihedralCorrelation, PLMD::colvar::Dipole, PLMD::colvar::Distance, PLMD::colvar::Plane, PLMD::colvar::Position, PLMD::colvar::Torsion, PLMD::crystdistrib::Quaternion
• calculateDistance() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureDRMSDInput, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSDInput
• calculateECVs() : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVlinear, PLMD::opes::ECVmultiThermal, PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::opes::ExpansionCVs
• calculateFromPDB() : PLMD::Action
• calculateFullStress() : PLMD::dimred::ArrangePoints
• calculateNumberInside() : PLMD::volumes::VolumeAround, PLMD::volumes::VolumeCavity, PLMD::volumes::VolumeInCylinder, PLMD::volumes::VolumeInEnvelope, PLMD::volumes::VolumeInSphere, PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• calculateNumericalDerivatives() : PLMD::Action, PLMD::ActionAtomistic, PLMD::ActionWithArguments, PLMD::ActionWithVector, PLMD::contour::DistanceFromContourBase, PLMD::generic::DumpAtoms, PLMD::generic::PrintNDX, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• calculateOnUpdate() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::generic::Accumulate, PLMD::generic::Collect, PLMD::Value
• calculateReweightFactor() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::VesBias, PLMD::ves::VesLinearExpansion
• calculateSigma() : PLMD::dimred::SMACOF
• calculateSqr() : PLMD::switchContainers::baseSwitch< switching >, PLMD::switchContainers::fastgaussianSwitch, PLMD::switchContainers::fixedRational< N,, >, PLMD::switchContainers::leptonSwitch, PLMD::switchContainers::rational< isFast, nis2m >, PLMD::switchContainers::Switch, PLMD::switchContainers::SwitchInterface< SF >, PLMD::switchContainers::SwitchInterface_lepton, PLMD::SwitchingFunction, PLMD::SwitchingFunctionAccelerable
• calculateStaticDistributionGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• calculateStress() : PLMD::dimred::ArrangePoints, PLMD::dimred::ProjectPoints
• calculateTargetDistAveragesFromGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• calculateValueAndDerivatives() : PLMD::gridtools::FindGridOptimum
• calculateWeight() : PLMD::adjmat::BridgeMatrix, PLMD::adjmat::ContactMatrix, PLMD::adjmat::DistanceMatrix, PLMD::adjmat::HbondMatrix, PLMD::adjmat::TopologyMatrix, PLMD::pamm::HBPammMatrix
• calculateWeights() : PLMD::bias::ReweightBase
• calculateWithCloseStructure() : PLMD::RMSD
• calculateWithCutoff() : PLMD::HistogramBead
• Caliber() : PLMD::isdb::Caliber
• callErrorHandler() : PLMD::PlumedMain
• callstack : PLMD::Exception
• callstack_n : PLMD::Exception
• camshift : PLMD::isdb::CS2Backbone
• CAn : PLMD::isdb::CS2Backbone
• canusevol : PLMD::gridtools::RegularKernel< K >
• CAp : PLMD::isdb::CS2Backbone
• capacity() : PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >, PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >, PLMD::metatomic::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• capacity_ : PLMD::maze::Memetic
• cartesian() : PLMD::metatomic::vesin::CellShift
• cartesian_to_fractional() : PLMD::metatomic::vesin::BoundingBox
• carthessian : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• cascade() : PLMD::ves::WaveletGrid
• caseInSensStringCompare() : PLMD::Tools
• castToActionAtomistic() : PLMD::Action, PLMD::ActionAtomistic
• castToActionForInterface() : PLMD::Action, PLMD::ActionForInterface
• castToActionShortcut() : PLMD::Action, PLMD::ActionShortcut
• castToActionToGetData() : PLMD::Action, PLMD::ActionToGetData
• castToActionToPutData() : PLMD::Action, PLMD::ActionToPutData
• castToActionWithArguments() : PLMD::Action, PLMD::ActionWithArguments
• castToActionWithValue() : PLMD::Action, PLMD::ActionWithValue
• castToActionWithVirtualAtom() : PLMD::Action, PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• castToDomainDecomposition() : PLMD::Action, PLMD::DomainDecomposition
• castToPbcAction() : PLMD::Action, PLMD::PbcAction
• CAUCHY : PLMD::isdb::BAIES
• cauchy_mean_alpha_ : PLMD::maze::Memetic
• cauchy_mean_beta_ : PLMD::maze::Memetic
• CB_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CBc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• cbegin() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >, PLMD::View< T, N >
• Cc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• CCG : PLMD::isdb::JCoupling
• CEIL : PLMD::lepton::Operation
• Ceil() : PLMD::lepton::Operation::Ceil
• ceiling : PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction
• Cell() : PLMD::colvar::Cell
• cell : PLMD::fileTraj
• cell_volume : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• CellList() : PLMD::metatomic::vesin::cpu::CellList
• cells_ : PLMD::metatomic::vesin::cpu::CellList
• cells_shape_ : PLMD::metatomic::vesin::cpu::CellList
• cend() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >, PLMD::View< T, N >
• Center() : PLMD::vatom::Center
• center : PLMD::bias::MetaD::Gaussian, PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::KernelFunctions, PLMD::opes::OPESmetad< mode >::kernel
• center_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST, PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• center_of_mass() : PLMD::maze::Optimizer
• center_positions : PLMD::generic::FitToTemplate
• center_values_ : PLMD::eds::EDS
• centeredpositions : PLMD::generic::FitToTemplate
• centers : PLMD::pamm::HBPammMatrix
• centers_ : PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::ves::BF_Gaussians, PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian, PLMD::ves::TD_Gaussian, PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal, PLMD::ves::TD_VonMises
• CenterShortcut() : PLMD::vatom::CenterShortcut
• cf : PLMD::contour::FindContourSurfaceObject, PLMD::contour::FindSphericalContourObject
• cfact_ : PLMD::isdb::EMMI
• CGc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• CGOLD : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• cgtol : PLMD::dimred::ArrangePoints, PLMD::dimred::ProjectPointsInput, PLMD::gridtools::FindGridOptimum
• chain : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift, PLMD::molfile::molfile_atom_t, PLMD::PDB
• changeBox() : PLMD::ActionAtomistic
• charge : PLMD::molfile::molfile_atom_t, PLMD::Units, PLMD::vatom::FixedAtom
• charge_types : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• charges : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::colvar::ColvarInput, PLMD::fileTraj, PLMD::generic::Plumed, PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• chargeString : PLMD::Units
• chargesWereSet : PLMD::ActionAtomistic
• chargev : PLMD::ActionAtomistic
• chbevl() : PLMD::function::Bessel, PLMD::isdb::SAXS
• check() : PLMD::CheckInRange, PLMD::RegisterBase< Content >
• check_GMM_d() : PLMD::isdb::EMMI
• check_lambda_boundaries() : PLMD::bias::MaxEnt
• check_list() : PLMD::cltools::SimpleMD
• check_multiplication_vars : PLMD::function::Custom
• check_nan_inf_ : PLMD::ves::BF_Custom, PLMD::ves::TargetDistribution
• check_nonnegative_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• check_normalization_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• checkArgumentType() : PLMD::Keywords
• checkCoeffsInfo() : PLMD::ves::CoeffsBase
• checked_allocate() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• checked_calculate_new_capacity() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• checkFieldsAllowed() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::colvar::ContactMap, PLMD::piv::PIV
• checkFilesAreExisting() : PLMD::function::FuncSumHills
• checkForAtom() : PLMD::GenericMolInfo, PLMD::PDB
• checkForDependency() : PLMD::Action
• checkForForces() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::ActionWithVector
• checkForResidue() : PLMD::PDB
• checkIfArgumentInsideInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• checkInputMatrix() : PLMD::dimred::ArrangePoints
• checkNanAndInf() : PLMD::ves::TargetDistribution
• checkNeedsGradients() : PLMD::Action, PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::generic::DumpProjections
• checkNumericalDerivatives() : PLMD::Action, PLMD::ActionWithValue
• checkRead() : PLMD::Action
• checkRestart() : PLMD::OFile
• checkTaskIsActive() : PLMD::ActionWithVector, PLMD::colvar::RMSDVector, PLMD::contour::FindContour, PLMD::gridtools::KDE< K, P, G >, PLMD::matrixtools::MatrixTimesVectorBase< T >, PLMD::matrixtools::OuterProductBase< T >
• checkThatTemperatureIsGiven() : PLMD::ves::VesBias
• checkUpdate() : PLMD::Action
• checkValueIsActiveForMMul() : PLMD::Value
• ChemicalShift() : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• chemicalshifts : PLMD::isdb::CS2Backbone
• child_to_parent : PLMD::Subprocess
• children : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• chol_elsolve : PLMD::Matrix< T >
• cholesky : PLMD::Matrix< T >
• citations : PLMD::PlumedMain
• citations_fwd : PLMD::PlumedMain
• cite() : PLMD::Action, PLMD::Citations, PLMD::PlumedMain
• cl : PLMD::Matrix< T >
• ClassicalMultiDimensionalScaling() : PLMD::dimred::ClassicalMultiDimensionalScaling
• clear() : PLMD::BiasRepresentation, PLMD::Citations, PLMD::ERMSD, PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >, PLMD::Grid, PLMD::RMSD, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• clearCoeffsPntrsVector() : PLMD::ves::VesBias
• clearData() : PLMD::bias::ReweightBase
• clearDelete() : PLMD::ActionSet
• clearDependencies() : PLMD::Action
• clearDerivatives() : PLMD::ActionForInterface, PLMD::ActionWithValue, PLMD::generic::Constant, PLMD::mapping::PathDisplacements, PLMD::Value
• clearFields() : PLMD::OFile
• clearFullList() : PLMD::DomainDecomposition
• clearGradientAndHessian() : PLMD::ves::VesBias
• clearInputForce() : PLMD::Value
• clearInputForces() : PLMD::ActionWithValue
• clearLogTargetDistGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• clearnextstep : PLMD::generic::Accumulate, PLMD::mapping::PathDisplacements
• clearOptions() : PLMD::Action
• clearStaged() : PLMD::Register, PLMD::RegisterBase< Content >
• clearstride : PLMD::generic::Accumulate, PLMD::generic::Collect, PLMD::mapping::PathDisplacements
• clone() : PLMD::lepton::CustomFunction, PLMD::lepton::Operation::Abs, PLMD::lepton::Operation::Acos, PLMD::lepton::Operation::Add, PLMD::lepton::Operation::AddConstant, PLMD::lepton::Operation::Asin, PLMD::lepton::Operation::Atan2, PLMD::lepton::Operation::Atan, PLMD::lepton::Operation::Ceil, PLMD::lepton::Operation, PLMD::lepton::Operation::Constant, PLMD::lepton::Operation::Cos, PLMD::lepton::Operation::Cosh, PLMD::lepton::Operation::Cot, PLMD::lepton::Operation::Csc, PLMD::lepton::Operation::Cube, PLMD::lepton::Operation::Custom, PLMD::lepton::Operation::Delta, PLMD::lepton::Operation::Divide, PLMD::lepton::Operation::Erf, PLMD::lepton::Operation::Erfc, PLMD::lepton::Operation::Exp, PLMD::lepton::Operation::Floor, PLMD::lepton::Operation::Log, PLMD::lepton::Operation::Max, PLMD::lepton::Operation::Min, PLMD::lepton::Operation::Multiply, PLMD::lepton::Operation::MultiplyConstant, PLMD::lepton::Operation::Nandelta, PLMD::lepton::Operation::Negate, PLMD::lepton::Operation::Power, PLMD::lepton::Operation::PowerConstant, PLMD::lepton::Operation::Reciprocal, PLMD::lepton::Operation::Sec, PLMD::lepton::Operation::Select, PLMD::lepton::Operation::Sin, PLMD::lepton::Operation::Sinh, PLMD::lepton::Operation::Sqrt, PLMD::lepton::Operation::Square, PLMD::lepton::Operation::Step, PLMD::lepton::Operation::Subtract, PLMD::lepton::Operation::Tan, PLMD::lepton::Operation::Tanh, PLMD::lepton::Operation::Variable, PLMD::lepton::PlaceholderFunction
• cloned : PLMD::FileBase
• cloned_file : PLMD::generic::Read
• close() : PLMD::FileBase
• close_file_read : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• close_file_write : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• CLTool() : PLMD::CLTool, PLMD::CLToolOptions, PLMD::cltools::CLTool
• cltool : PLMD::PlumedMain
• CLToolMain() : PLMD::CLToolMain
• CLToolOptions() : PLMD::CLToolOptions
• CLToolRegister : PLMD::CLToolOptions
• cltoolRegister() : PLMD::CLToolRegister
• CLToolSumHills() : PLMD::cltools::CLToolSumHills
• cluster_sizes : PLMD::clusters::ClusteringBase
• ClusterDiameter() : PLMD::clusters::ClusterDiameter
• ClusterDistribution() : PLMD::clusters::ClusterDistribution
• ClusterDistributionShortcut() : PLMD::clusters::ClusterDistributionShortcut
• ClusteringBase() : PLMD::clusters::ClusteringBase
• ClusterNatoms() : PLMD::clusters::ClusterNatoms
• ClusterProperties() : PLMD::clusters::ClusterProperties
• ClusterWeights() : PLMD::clusters::ClusterWeights
• ClusterWithSurface() : PLMD::clusters::ClusterWithSurface
• clustr : PLMD::clusters::ClusterWeights
• cmd() : PLMD::CLToolMain, PLMD::GREX, PLMD::PlumedHandle, PLMD::PlumedMain, PLMD::WithCmd, plumed_plumedmain_function_holder_x
• cmd_nothrow : plumed_symbol_table_type_x
• cmd_safe : plumed_symbol_table_type_x
• cmd_safe_nothrow : plumed_symbol_table_type_x
• cmps : PLMD::function::Combine
• Cn : PLMD::isdb::CS2Backbone
• cnames : PLMD::Keywords
• co_bb : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CO_DA() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_da : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CO_RING() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_ring : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_sc_ : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CO_SPHERE() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_sphere : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_xd : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• code : plumed_error
• coding_len_ : PLMD::maze::Memetic
• coeff : PLMD::function::annfunc::ANN
• coeff_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• coeff_poly : PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• coeff_poly_v : PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• coefficient : PLMD::function::Combine::component
• coefficients : PLMD::function::FuncPathGeneral
• Coeffs() : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• coeffs_descriptions_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• coeffs_f_name : PLMD::sizeshape::position_linear_proj
• coeffs_fnames : PLMD::ves::VesBias
• coeffs_id_prefix_ : PLMD::ves::VesBias
• coeffs_mask_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffs_output_fmt_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffs_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• coeffs_type_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• coeffs_wstride_ : PLMD::ves::Optimizer
• CoeffsBase() : PLMD::ves::CoeffsBase
• CoeffsMask() : PLMD::ves::Optimizer
• CoeffsMatrix() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• coeffsOFiles_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffssetid_prefix_ : PLMD::ves::Optimizer
• CoeffsType : PLMD::ves::CoeffsBase
• coeffsUpdate() : PLMD::ves::Opt_Adam, PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD, PLMD::ves::Opt_Dummy, PLMD::ves::Opt_RobbinsMonroSGD, PLMD::ves::Optimizer
• CoeffsVector() : PLMD::ves::CoeffsVector
• col_starts : PLMD::valtools::Concatenate
• Collect() : PLMD::generic::Collect
• CollectFrames() : PLMD::landmarks::CollectFrames
• color : PLMD::clusters::DFSClustering
• columns : PLMD::function::FuncPathGeneral
• Colvar() : PLMD::Colvar, PLMD::colvar::Colvar, PLMD::sasa::Colvar
• colvar::SelectMassCharge : PLMD::ActionAtomistic
• colvar_atoms : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureDRMSDInput, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSDInput
• ColvarFake() : PLMD::colvar::ColvarFake
• ColvarInput() : PLMD::colvar::ColvarInput
• ColvarOutput() : PLMD::ColvarOutput
• ColvarShortcut() : PLMD::colvar::ColvarShortcut< T >
• com : PLMD::piv::PIV
• com_ : PLMD::maze::Random_Acceleration_MD, PLMD::maze::Steered_MD
• Combine() : PLMD::function::Combine
• CombinedGradient() : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• combinedgradient_pntrs_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• combinedgradient_wstride_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• combinedgradientOFiles_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• comm : PLMD::Action, PLMD::CLToolMain, PLMD::FileBase, PLMD::LinkCells, PLMD::NeighborList, PLMD::ParallelTaskManager< T >, PLMD::PlumedMain
• comm_fwd : PLMD::CLToolMain, PLMD::PlumedMain
• comm_self : PLMD::generic::Plumed
• Comma : PLMD::lepton::ParseToken
• Committor() : PLMD::generic::Committor
• Communicator() : PLMD::Communicator
• communicator : PLMD::Communicator
• comp : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• CompDer : PLMD::piv::PIV
• CompiledExpression() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• compileExpression() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• completeAllRegistrations() : PLMD::Register
• completeRegistration() : PLMD::Register, PLMD::RegisterBase< Content >
• Completion() : PLMD::cltools::Completion
• component() : PLMD::Keywords::component
• componentHasCorrectType() : PLMD::Keywords
• componentIsNotPeriodic() : PLMD::ActionWithValue
• componentIsPeriodic() : PLMD::ActionWithValue
• components : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixData< T >, PLMD::colvar::Cell, PLMD::colvar::Dipole, PLMD::colvar::Distance, PLMD::function::Combine, PLMD::function::Stats, PLMD::Keywords
• componentType : PLMD::Keywords
• compos : PLMD::piv::PIV
• compute() : PLMD::Angle, PLMD::Torsion
• compute_engkin() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_error() : PLMD::bias::MaxEnt
• compute_forces() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_hessian_ : PLMD::ves::VesBias
• compute_list() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_observable_weight() : PLMD::fisst::FISST
• compute_ring_parameters() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• computeCovarianceFromAverages() : PLMD::ves::VesBias
• computeDeltaG() : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• computeHessian() : PLMD::ves::VesBias
• computeRefClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• computeReweightingFactor() : PLMD::bias::MetaD
• computeSpacing() : PLMD::mapping::PathReparameterization
• computeVectorBetweenFrames() : PLMD::mapping::PathProjectionCalculator
• Concatenate() : PLMD::valtools::Concatenate
• concatenateExceptionMessages() : PLMD::Tools
• concentration : PLMD::gridtools::VonMissesKernelParams
• conjgrad : PLMD::dimred::ArrangePoints
• ConjugateGradient() : PLMD::ConjugateGradient< FCLASS >
• CONNECTparam : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• cons_fputs : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• consistencyCheck() : PLMD::colvar::Dimer
• Const : PLMD::isdb::RDC
• CONST_BB2() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• const_fields : PLMD::OFile
• const_iterator : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >, PLMD::View2D< T, N, M >, PLMD::View< T, N >
• const_pointer : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• const_reference : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >, PLMD::View2D< T, N, M >, PLMD::View< T, N >
• const_reverse_iterator : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• Const_row() : PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row
• CONST_SC2() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• const_vectorIt : PLMD::TokenizedLine
• CONST_XD() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CONSTAACURR() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CONSTAANEXT() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CONSTAAPREV() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CONSTANT : PLMD::lepton::Operation
• Constant() : PLMD::generic::Constant, PLMD::lepton::Operation::Constant
• constant : PLMD::colvar::DHEnergy, PLMD::FileBase::FieldBase, PLMD::isdb::PRE, PLMD::Value
• constants : PLMD::lepton::CompiledExpression
• ConstData() : PLMD::Communicator::ConstData
• construct() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >, PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• construct_at() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• cont() : PLMD::Subprocess
• ContactMap() : PLMD::colvar::ContactMap
• ContactMatrixShortcut() : PLMD::adjmat::ContactMatrixShortcut
• container : PLMD::Tools::FastStringUnorderedMap< T >
• content : PLMD::RegisterBase< Content >::ContentAndFullPath
• contour : PLMD::contour::ContourFindingObject< T >, PLMD::contour::DistanceFromContourBase
• contour_location : PLMD::Grid
• ContourFindingObject() : PLMD::contour::ContourFindingObject< T >
• contStop() : PLMD::Subprocess
• conv() : PLMD::Tools::FastStringUnorderedMap< T >
• convert() : PLMD::Tools, PLMD::VectorTyped< T, n >
• convert_lambda() : PLMD::bias::MaxEnt
• convert_x() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix, PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• convert_y() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix
• convertDbl2Str() : PLMD::ves::VesTools
• convertHeightsToVolumes() : PLMD::gridtools::KDEGridTools< K, P >
• convertIndexToIndices() : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• convertIndexToindices() : PLMD::Value
• convertIndicesToIndex() : PLMD::LinkCells
• convertInputLineToString() : PLMD::ActionShortcut
• convertNoexcept() : PLMD::Tools
• convertRegexForJson() : PLMD::Tools
• convertToAny() : PLMD::Tools
• ConvertToFES() : PLMD::gridtools::ConvertToFES
• convertToInt() : PLMD::Tools
• convertToReal() : PLMD::Tools
• convertToString() : PLMD::TokenizedLine
• cooling_factor_ : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• cooling_scheme_ : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• coord : PLMD::vatom::FixedAtom, PLMD::vatom::Ghost
• CoordAngles() : PLMD::multicolvar::CoordAngles
• coordinates : PLMD::fileTraj, PLMD::repliedTrajectory
• Coordination() : PLMD::colvar::Coordination
• CoordinationBase() : PLMD::colvar::CoordinationBase
• CoordinationNumbers() : PLMD::symfunc::CoordinationNumbers
• coords : PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• CoordShellVectorFunction() : PLMD::symfunc::CoordShellVectorFunction
• copy() : PLMD::TypesafePtr
• copy_allocator() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• copy_assign() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• copy_assign_default() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• copy_assign_is_noop : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false >, PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >
• copy_n_return_in() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• copy_range() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• copyBookeepingArrayFromArgument() : PLMD::Value
• copyConv() : PLMD::View< T, N >
• copyFunction() : PLMD::SwitchingFunction
• copyGridValues() : PLMD::ves::VesTools
• copyOutput() : PLMD::ActionWithValue
• correlation_ : PLMD::ves::TD_Gaussian
• COS : PLMD::lepton::Operation
• Cos() : PLMD::lepton::Operation::Cos
• COSH : PLMD::lepton::Operation
• Cosh() : PLMD::lepton::Operation::Cosh
• COT : PLMD::lepton::Operation
• Cot() : PLMD::lepton::Operation::Cot
• COTH : PLMD::lepton::Operation
• count : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator, PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata, PLMD::molfile::molfile_timestep_metadata
• count_y : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• counter_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• countValues() : PLMD::ves::CoeffsVector
• coupl : PLMD::isdb::RDC
• coupling_accum_ : PLMD::eds::EDS
• coupling_rate_ : PLMD::eds::EDS
• covar2_ : PLMD::eds::EDS
• covar_ : PLMD::eds::EDS
• CovarianceMatrix() : PLMD::matrixtools::CovarianceMatrix
• Cp : PLMD::isdb::CS2Backbone
• cPIV : PLMD::piv::PIV::SharedData
• cpos : PLMD::volumes::VolumeInput
• cpositions : PLMD::RMSDCoreData
• cpositions_is_calculated : PLMD::RMSDCoreData
• cpositions_is_removed : PLMD::RMSDCoreData
• cptr : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >, PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• crbegin() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• create() : PLMD::ActionRegister, PLMD::ActionRegisterPointers, PLMD::ActionRegistration< ActionClass >, PLMD::ArgumentBookeepingHolder, PLMD::CLToolRegister, PLMD::CLToolRegisterPointers, PLMD::DataPassingObject, PLMD::DataPassingTools, PLMD::ForceIndexHolder, PLMD::ForceInput, PLMD::ForceOutput, PLMD::function::FunctionOutput, PLMD::GridBase::AcceleratorBase, PLMD::GridBase, PLMD::ParallelActionsInput, PLMD::ParallelActionsOutput, plumed_plumedmain_function_holder_x
• create_coding() : PLMD::maze::Memetic
• create_reference : plumed_symbol_table_type_x
• createAction() : PLMD::function::FunctionShortcut< T >
• createBIAS() : PLMD::funnel::Funnel
• createColvarInput() : PLMD::colvar::ColvarInput
• createColvarOutput() : PLMD::ColvarOutput
• createCompiledExpression() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• createFullList() : PLMD::DomainDecomposition
• createGridAndValue() : PLMD::gridtools::ReadGridInSetup
• createLongInput() : PLMD::cltools::GenExample
• CreateMask() : PLMD::generic::CreateMask
• createNeighborList() : PLMD::LinkCells
• createProgram() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• createVectorNormInput() : PLMD::multicolvar::PlaneShortcut, PLMD::symfunc::HexacticParameter, PLMD::symfunc::Steinhardt
• createX2ReferenceObject() : PLMD::gridtools::RDF
• creator_pointer : PLMD::ActionRegister, PLMD::ActionRegisterPointers, PLMD::CLToolRegister, PLMD::CLToolRegisterPointers
• creference : PLMD::RMSDCoreData
• creference_is_calculated : PLMD::RMSDCoreData
• creference_is_removed : PLMD::RMSDCoreData
• crend() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• CriticalSectionWithKey : PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >::Handler
• cross() : PLMD::metatomic::vesin::Vector, PLMD::piv::PIV, PLMD::volumes::VolumeCavity, PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• crossover() : PLMD::maze::Memetic
• crossProduct : PLMD::VectorTyped< T, n >
• CS2Backbone() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• csatoms : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• CSC : PLMD::lepton::Operation
• Csc() : PLMD::lepton::Operation::Csc
• CSCH : PLMD::lepton::Operation
• cstring : PLMD::Keywords
• CUBE : PLMD::lepton::Operation
• Cube() : PLMD::lepton::Operation::Cube
• current_avg_force_ : PLMD::fisst::FISST
• current_coupling_ : PLMD::eds::EDS
• current_index : PLMD::dimred::ArrangePoints
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• CUSTOM : PLMD::isdb::JCoupling, PLMD::lepton::Operation
• Custom() : PLMD::lepton::Operation::Custom
• custom_lambdas_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• customGatherStep : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureBase< T >
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• cutoff : PLMD::adjmat::DistanceMatrix, PLMD::ERMSD, PLMD::HistogramBead, PLMD::metatomic::vesin::VesinOptions
• cutoff2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• cutoffwasset : PLMD::LinkCells
• cv0_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• CV_TYPE : PLMD::colvar::Gyration, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• cv_var_idx_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cv_var_lepton_refs_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cv_var_prefix_str_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cv_var_str_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cvptr : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• cx : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• cycles : PLMD::Stopwatch::Watch
• cylinder_sw : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• CYS : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• CYS_BB : PLMD::isdb::SAXS
• CYS_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• CYX : PLMD::isdb::SAXS