- a -

• a : PLMD::SwitchingFunction
• action : PLMD::FileBase , PLMD::function::FilesHandler , PLMD::Value , PLMD::vesselbase::Vessel , PLMD::vesselbase::VesselOptions
• actions : PLMD::Atoms
• actionSet : PLMD::PlumedMain
• active : PLMD::Action , PLMD::DynamicList< T > , PLMD::PlumedMain
• active_atoms : PLMD::multicolvar::StoreCentralAtomsVessel , PLMD::multicolvar::StoreColvarVessel
• activeAtoms : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• actual_buffer_length : PLMD::OFile
• adaptive_ : PLMD::bias::MetaD
• after : PLMD::Action
• align : PLMD::Kearsley , PLMD::OptimalAlignment , PLMD::RMSD
• align_atom_1 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• align_atom_2 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• align_strands : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• alignmentMethod : PLMD::RMSD
• alignType : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• all : PLMD::DynamicList< T >
• all_atoms : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• allArguments : PLMD::function::FuncPathMSD
• allDeltaBias : PLMD::GREX
• allowmultiple : PLMD::Keywords
• allWereActivated : PLMD::DynamicList< T >
• AM : PLMD::Random
• argc : PLMD::CLToolMain
• argnames : PLMD::Grid
• args : PLMD::analysis::Analysis , PLMD::TargetDist
• arguments : PLMD::ActionWithArguments
• argv : PLMD::CLToolMain
• async : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• at : PLMD::bias::LWalls , PLMD::bias::MovingRestraint , PLMD::bias::Restraint , PLMD::bias::UWalls , PLMD::manyrestraints::Sphere
• atoms : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::GREX , PLMD::PlumedMain
• atoms_with_derivatives : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• atomsWithCatomDer : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• atomsymb : PLMD::PDB
• atomtags : PLMD::Keywords
• average : PLMD::FlexibleBin