Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:
- a -
- a
: PLMD::SwitchingFunction
- ABMD()
: PLMD::bias::ABMD
- Abort()
: PLMD::Communicator
- abortIfExceptionsAreDisabled()
: PLMD::Exception
- accumulate()
: PLMD::analysis::Analysis
- accumulateDerivative()
: PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
- Action()
: PLMD::Action
, PLMD::ActionOptions
- action
: PLMD::FileBase
, PLMD::function::FilesHandler
- Action
: PLMD::Keywords
- action
: PLMD::Value
, PLMD::vesselbase::Vessel
, PLMD::vesselbase::VesselOptions
- ActionAtomistic()
: PLMD::ActionAtomistic
, PLMD::Atoms
- ActionOptions()
: PLMD::ActionOptions
- ActionPilot()
: PLMD::ActionPilot
- ActionRegister
: PLMD::ActionOptions
- actionRegister()
: PLMD::ActionRegister
- actions
: PLMD::Atoms
- ActionSet()
: PLMD::ActionSet
- actionSet
: PLMD::PlumedMain
- ActionSetup()
: PLMD::ActionSetup
- ActionVolume()
: PLMD::multicolvar::ActionVolume
, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
- ActionWithArguments()
: PLMD::ActionWithArguments
- ActionWithValue()
: PLMD::ActionWithValue
, PLMD::Value
- ActionWithVessel()
: PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
, PLMD::vesselbase::Vessel
- ActionWithVirtualAtom()
: PLMD::ActionWithVirtualAtom
, PLMD::Atoms
- activate()
: PLMD::Action
, PLMD::DynamicList< T >
- activateAll()
: PLMD::DynamicList< T >
- active
: PLMD::Action
, PLMD::DynamicList< T >
, PLMD::PlumedMain
- active_atoms
: PLMD::multicolvar::StoreCentralAtomsVessel
, PLMD::multicolvar::StoreColvarVessel
- activeAtoms
: PLMD::multicolvar::ActionVolume
- actual_buffer_length
: PLMD::OFile
- ACYLINDRICITY
: PLMD::colvar::Gyration
- adaptive_
: PLMD::bias::MetaD
- AdaptiveHillsType
: PLMD::FlexibleBin
- add()
: PLMD::ActionRegister
, PLMD::Atoms
, PLMD::CLToolRegister
, PLMD::Keywords
, PLMD::Value
, PLMD::vesselbase::VesselRegister
- addAtomsDerivativeOfWeight()
: PLMD::multicolvar::MultiColvar
, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
, PLMD::multicolvar::StoreCentralAtomsVessel
- addAtomsDerivatives()
: PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase
, PLMD::multicolvar::MultiColvar
, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
, PLMD::multicolvar::StoreCentralAtomsVessel
- addBoxDerivatives()
: PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase
, PLMD::multicolvar::ActionVolume
, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
- addBoxDerivativesOfWeight()
: PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
- addBridgingVessel()
: PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
- addCentralAtomDerivatives()
: PLMD::multicolvar::MultiColvar
, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
- addCentralAtomsDerivatives()
: PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
- addCentralAtomsDerivativesOfWeight()
: PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
- addColvar()
: PLMD::multicolvar::MultiColvar
, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
- addComponent()
: PLMD::ActionWithValue
- addComponentWithDerivatives()
: PLMD::ActionWithValue
, PLMD::function::Function
- addConstantField()
: PLMD::OFile
- addDependency()
: PLMD::Action
- addDerivative()
: PLMD::Value
- addDerivativeOfCentralAtomPos()
: PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
, PLMD::multicolvar::StoreCentralAtomsVessel
- addDerivatives()
: PLMD::multicolvar::StoreColvarVessel
- addElementDerivative()
: PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
- addFlag()
: PLMD::Keywords
- addForce()
: PLMD::Value
- addForcesOnArguments()
: PLMD::ActionWithArguments
- addGaussian()
: PLMD::bias::MetaD
- addGrid()
: PLMD::BiasRepresentation
- addIndexToList()
: PLMD::DynamicList< T >
- addKernel()
: PLMD::Grid
- addOutputComponent()
: PLMD::Keywords
- addReferenceAtomDerivatives()
: PLMD::multicolvar::ActionVolume
- addToBufferElement()
: PLMD::vesselbase::Vessel
- addValue()
: PLMD::ActionWithValue
, PLMD::Grid
, PLMD::SparseGrid
- addValueAndDerivatives()
: PLMD::Grid
, PLMD::SparseGrid
- addValueIgnoringTolerance()
: PLMD::vesselbase::FunctionVessel
- addValueUsingTolerance()
: PLMD::vesselbase::FunctionVessel
- addValueWithDerivatives()
: PLMD::ActionWithValue
, PLMD::function::Function
- addVessel()
: PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
, PLMD::vesselbase::ShortcutVessel
- addVirtualAtom()
: PLMD::Atoms
- addWeightDerivatives()
: PLMD::multicolvar::StoreColvarVessel
- advanceField()
: PLMD::IFile
- after
: PLMD::Action
- align
: PLMD::Kearsley
, PLMD::OptimalAlignment
, PLMD::RMSD
- align_atom_1
: PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
- align_atom_2
: PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
- align_strands
: PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
- alignmentMethod
: PLMD::RMSD
- AlignmentMethod
: PLMD::RMSD
- alignType
: PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
- all
: PLMD::DynamicList< T >
- all_atoms
: PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
- allArguments
: PLMD::function::FuncPathMSD
- allDeltaBias
: PLMD::GREX
- Allgather()
: PLMD::Communicator
- Allgatherv()
: PLMD::Communicator
- allowIgnoredFields()
: PLMD::IFile
- allowmultiple
: PLMD::Keywords
- allWereActivated
: PLMD::DynamicList< T >
- AlphaBeta()
: PLMD::multicolvar::AlphaBeta
- AlphaRMSD()
: PLMD::secondarystructure::AlphaRMSD
- AM
: PLMD::Random
- Analysis()
: PLMD::analysis::Analysis
- Angle()
: PLMD::colvar::Angle
- Angles()
: PLMD::multicolvar::Angles
- AntibetaRMSD()
: PLMD::secondarystructure::AntibetaRMSD
- apply()
: PLMD::Action
, PLMD::ActionSetup
, PLMD::ActionWithVirtualAtom
, PLMD::analysis::Analysis
, PLMD::bias::Bias
, PLMD::Colvar
, PLMD::function::Function
, PLMD::generic::Debug
, PLMD::generic::DumpAtoms
, PLMD::generic::DumpDerivatives
, PLMD::generic::DumpForces
, PLMD::generic::DumpProjections
, PLMD::generic::Flush
, PLMD::generic::Group
, PLMD::generic::Include
, PLMD::generic::Print
, PLMD::generic::RandomExchanges
, PLMD::generic::Read
, PLMD::generic::Time
, PLMD::generic::WholeMolecules
, PLMD::IMD
, PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase
, PLMD::multicolvar::ActionVolume
, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
- applyBridgeForces()
: PLMD::multicolvar::ActionVolume
, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
- applyForce()
: PLMD::multicolvar::Moments
, PLMD::multicolvar::StoreCentralAtomsVessel
, PLMD::Value
, PLMD::vesselbase::BridgeVessel
, PLMD::vesselbase::FunctionVessel
, PLMD::vesselbase::ShortcutVessel
, PLMD::vesselbase::Vessel
- applyForces()
: PLMD::ActionAtomistic
- applyFunctionAllValuesAndDerivatives()
: PLMD::Grid
- argc
: PLMD::CLToolMain
- argnames
: PLMD::Grid
- args
: PLMD::analysis::Analysis
, PLMD::TargetDist
- arguments
: PLMD::ActionWithArguments
- argv
: PLMD::CLToolMain
- ASPHERICITY
: PLMD::colvar::Gyration
- assignAlign()
: PLMD::Kearsley
, PLMD::OptimalAlignment
- assignDisplace()
: PLMD::OptimalAlignment
- assignP0()
: PLMD::Kearsley
, PLMD::OptimalAlignment
- assignP1()
: PLMD::Kearsley
, PLMD::OptimalAlignment
- async
: PLMD::Atoms::DomainDecomposition
- at
: PLMD::bias::LWalls
, PLMD::bias::MovingRestraint
, PLMD::bias::Restraint
, PLMD::bias::UWalls
, PLMD::manyrestraints::Sphere
- atomHasDerivative()
: PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
- AtomNumber()
: PLMD::AtomNumber
- atoms
: PLMD::ActionAtomistic
- Atoms()
: PLMD::Atoms
- atoms
: PLMD::GREX
, PLMD::Keywords::KeyType
, PLMD::PlumedMain
- atoms_with_derivatives
: PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
- atomsWithCatomDer
: PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
- atomsymb
: PLMD::PDB
- atomtags
: PLMD::Keywords
- average
: PLMD::FlexibleBin