- d -
- d
: PLMD::SwitchingFunction
, PLMD::TensorGeneric< n, m >
, PLMD::VectorGeneric< n >
- d0
: PLMD::SwitchingFunction
- data
: PLMD::analysis::Analysis
, PLMD::Matrix< T >
- dataCanBeSet
: PLMD::Atoms
- dcross
: PLMD::InterpolateBicubic
- dd
: PLMD::Atoms
- der
: PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
- der_
: PLMD::Grid
, PLMD::SparseGrid
- derivatives
: PLMD::ActionWithVirtualAtom
, PLMD::Value
, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
- derivs
: PLMD::colvar::RMSD
, PLMD::function::Target
- derivs_
: PLMD::colvar::DRMSD
- derivs_s
: PLMD::colvar::PathMSDBase
- derivs_z
: PLMD::colvar::PathMSDBase
- derrdp0
: PLMD::Kearsley
, PLMD::OptimalAlignment
- derrdp1
: PLMD::Kearsley
, PLMD::OptimalAlignment
- detailedTimers
: PLMD::generic::Debug
, PLMD::PlumedMain
- df
: PLMD::multicolvar::DHEnergy
, PLMD::vesselbase::Between
, PLMD::vesselbase::Min
, PLMD::vesselbase::MoreThan
, PLMD::vesselbase::Sum
- diag
: PLMD::Pbc
- diagonal
: PLMD::KernelFunctions
- diff0on1
: PLMD::Kearsley
- diff1on0
: PLMD::Kearsley
- diffweight
: PLMD::multicolvar::StoreColvarVessel
, PLMD::vesselbase::FunctionVessel
- dij
: PLMD::multicolvar::Angles
, PLMD::multicolvar::Bridge
- dik
: PLMD::multicolvar::Angles
, PLMD::multicolvar::Bridge
- dimension_
: PLMD::Grid
- disabled
: PLMD::ActionRegister
, PLMD::CLToolRegister
- displace
: PLMD::OptimalAlignment
, PLMD::RMSD
- distance
: PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
- distance_
: PLMD::NeighborList
- distder
: PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
- dlloader
: PLMD::PlumedMain
- dmatdp0
: PLMD::Kearsley
- dmatdp1
: PLMD::Kearsley
- dmax
: PLMD::SwitchingFunction
- do_cosine
: PLMD::colvar::Torsion
- do_pair_
: PLMD::NeighborList
- do_pbc_
: PLMD::NeighborList
- docmdist
: PLMD::colvar::ContactMap
- documentation
: PLMD::Keywords
- doInt_
: PLMD::bias::MetaD
- dospline_
: PLMD::Grid
- dosum
: PLMD::colvar::ContactMap
- dox
: PLMD::multicolvar::VolumeAround
- doy
: PLMD::multicolvar::VolumeAround
- doz
: PLMD::multicolvar::VolumeAround
- dp_
: PLMD::bias::MetaD
- drmsd_
: PLMD::colvar::DRMSD
- dummy
: PLMD::MPI_Comm
- dx_
: PLMD::Grid