Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- r -

• RADIUS : PLMD::colvar::Gyration
• random : PLMD::bias::ABMD
• RANDOM : PLMD::ExchangePatterns
• random : PLMD::ExchangePatterns
• Random() : PLMD::Random
• RandomExchanges() : PLMD::generic::RandomExchanges
• randomize_velocities() : PLMD::cltools::SimpleMD
• RandU01() : PLMD::Random
• rank : PLMD::DynamicList< T >
• Read() : PLMD::generic::Read
• read : PLMD::IFile::Field , PLMD::KernelFunctions , PLMD::PDB , PLMD::TargetDist , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• read_backbone : PLMD::SetupMolInfo
• read_input() : PLMD::cltools::SimpleMD
• read_natoms() : PLMD::cltools::SimpleMD
• read_positions() : PLMD::cltools::SimpleMD
• readAtoms() : PLMD::multicolvar::MultiColvar
• readAtomsFromPDB() : PLMD::Action , PLMD::ActionAtomistic
• readAtomsLikeKeyword() : PLMD::multicolvar::MultiColvar
• readBackboneAtoms() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• readBinary() : PLMD::Atoms
• readBunch() : PLMD::function::FilesHandler
• readChunkOfGaussians() : PLMD::bias::MetaD
• readCommandLineArgs() : PLMD::CLTool
• readDataFromFile() : PLMD::analysis::Analysis
• readFromFilepointer() : PLMD::PDB
• readFromPoint() : PLMD::BiasRepresentation
• readGaussians() : PLMD::bias::MetaD
• readGroupsKeyword() : PLMD::multicolvar::MultiColvar
• readInput() : PLMD::CLTool
• readInputFile() : PLMD::CLTool , PLMD::PlumedMain
• readInputWords() : PLMD::PlumedMain
• readSpeciesKeyword() : PLMD::multicolvar::MultiColvar
• ReadStateFull() : PLMD::Random
• readThreeGroups() : PLMD::multicolvar::MultiColvar
• readTwoGroups() : PLMD::multicolvar::MultiColvar
• readvals : PLMD::generic::Read
• readVesselKeywords() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• realToScaled() : PLMD::Pbc
• receive() : PLMD::IMD
• Recv() : PLMD::Communicator
• reduce() : PLMD::LatticeReduction
• reduce2() : PLMD::LatticeReduction
• reduceAtNextStep : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• reduced : PLMD::NeighborList , PLMD::Pbc
• reduceFast() : PLMD::LatticeReduction
• reduceSlow() : PLMD::LatticeReduction
• reference : PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::colvar::PathMSDBase , PLMD::RMSD
• Region : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• registerKeywords() : PLMD::Action , PLMD::ActionAtomistic , PLMD::ActionPilot , PLMD::ActionSetup , PLMD::ActionWithArguments , PLMD::ActionWithValue , PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::analysis::Analysis , PLMD::analysis::Histogram , PLMD::bias::ABMD , PLMD::bias::Bias , PLMD::bias::BiasValue , PLMD::bias::External , PLMD::bias::LWalls , PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::MovingRestraint , PLMD::bias::Restraint , PLMD::bias::UWalls , PLMD::CLTool , PLMD::cltools::CLToolSumHills , PLMD::cltools::Driver< real > , PLMD::cltools::GenTemplate , PLMD::cltools::Info , PLMD::cltools::Manual , PLMD::cltools::SimpleMD , PLMD::colvar::Angle , PLMD::colvar::Cell , PLMD::colvar::ColvarFake , PLMD::colvar::Constant , PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::colvar::Coordination , PLMD::colvar::CoordinationBase , PLMD::colvar::DHEnergy , PLMD::colvar::Dipole , PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::DRMSD , PLMD::colvar::Energy , PLMD::colvar::Gyration , PLMD::colvar::PathMSD , PLMD::colvar::PathMSDBase , PLMD::colvar::PropertyMap , PLMD::Colvar , PLMD::colvar::RMSD , PLMD::colvar::Template , PLMD::colvar::Torsion , PLMD::colvar::Volume , PLMD::function::Combine , PLMD::function::FuncPathMSD , PLMD::function::FuncSumHills , PLMD::function::Function , PLMD::function::Matheval , PLMD::function::Piecewise , PLMD::function::Sort , PLMD::function::Target , PLMD::generic::Debug , PLMD::generic::DumpAtoms , PLMD::generic::DumpDerivatives , PLMD::generic::DumpForces , PLMD::generic::DumpProjections , PLMD::generic::Flush , PLMD::generic::Group , PLMD::generic::Include , PLMD::generic::Print , PLMD::generic::RandomExchanges , PLMD::generic::Read , PLMD::generic::Time , PLMD::generic::WholeMolecules , PLMD::HistogramBead , PLMD::IMD , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::manyrestraints::Sphere , PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::AlphaBeta , PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge , PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers , PLMD::multicolvar::Density , PLMD::multicolvar::DHEnergy , PLMD::multicolvar::Distances , PLMD::multicolvar::Moments , PLMD::multicolvar::MultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::StoreColvarVessel , PLMD::multicolvar::VolumeAround , PLMD::secondarystructure::AlphaRMSD , PLMD::secondarystructure::AntibetaRMSD , PLMD::secondarystructure::ParabetaRMSD , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::setup::Load , PLMD::setup::Restart , PLMD::setup::Units , PLMD::SetupMolInfo , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::vatom::Center , PLMD::vatom::COM , PLMD::vatom::Ghost , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::Between , PLMD::vesselbase::FunctionVessel , PLMD::vesselbase::Histogram , PLMD::vesselbase::LessThan , PLMD::vesselbase::Mean , PLMD::vesselbase::Min , PLMD::vesselbase::MoreThan , PLMD::vesselbase::ShortcutVessel , PLMD::vesselbase::Sum , PLMD::vesselbase::Vessel
• remark : PLMD::PDB
• remove() : PLMD::ActionRegister , PLMD::Atoms , PLMD::CLToolRegister , PLMD::Keywords , PLMD::vesselbase::VesselRegister
• removeAtomRequest() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• removeDuplicates() : PLMD::Tools
• removeGroup() : PLMD::Atoms
• removeVirtualAtom() : PLMD::Atoms
• renameAtoms() : PLMD::PDB
• requestArguments() : PLMD::ActionWithArguments
• requestAtoms() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Colvar , PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::MultiColvar
• requestlist_ : PLMD::NeighborList
• rescaledToBias : PLMD::BiasRepresentation
• rescaleForces() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• reserve() : PLMD::Keywords
• reserved() : PLMD::Keywords
• reserved_keys : PLMD::Keywords
• reserveFlag() : PLMD::Keywords
• reserveKeyword() : PLMD::multicolvar::DHEnergy , PLMD::multicolvar::Moments , PLMD::vesselbase::Between , PLMD::vesselbase::Histogram , PLMD::vesselbase::LessThan , PLMD::vesselbase::Mean , PLMD::vesselbase::Min , PLMD::vesselbase::MoreThan , PLMD::vesselbase::Sum
• reset() : PLMD::IFile , PLMD::Stopwatch::Time
• reset_style() : PLMD::Keywords
• resetActive() : PLMD::PlumedMain
• resetOutputForces() : PLMD::bias::Bias
• residue : PLMD::PDB
• residueNames : PLMD::generic::DumpAtoms
• residuenames : PLMD::PDB
• residueNumbers : PLMD::generic::DumpAtoms
• resize() : PLMD::Matrix< T > , PLMD::multicolvar::StoreCentralAtomsVessel , PLMD::multicolvar::StoreColvarVessel , PLMD::vesselbase::BridgeVessel , PLMD::vesselbase::FunctionVessel , PLMD::vesselbase::ShortcutVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
• resizeBuffer() : PLMD::vesselbase::Vessel
• resizeDerivatives() : PLMD::Value
• resizeDynamicArrays() : PLMD::multicolvar::MultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• resizeFunctions() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• resizeLocalArrays() : PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• resizeVectors() : PLMD::Atoms
• restart : PLMD::PlumedMain
• Restart() : PLMD::setup::Restart
• Restraint() : PLMD::bias::Restraint
• retrieveActiveList() : PLMD::DynamicList< T >
• retrieveAtoms() : PLMD::ActionAtomistic
• retrieveCentralAtomPos() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• retrieveDomain() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• retrieveNorm() : PLMD::analysis::Analysis
• reusing_data : PLMD::analysis::Analysis
• rewind() : PLMD::OFile
• rfile : PLMD::analysis::Analysis
• rg_type : PLMD::colvar::Gyration
• RMSD() : PLMD::colvar::RMSD
• rmsd : PLMD::colvar::RMSD
• RMSD() : PLMD::RMSD
• RNMX : PLMD::Random
• rotate : PLMD::generic::Print
• rotateArguments : PLMD::generic::Print
• rotateCountdown : PLMD::generic::Print
• rotateLast : PLMD::generic::Print
• rotmat0on1 : PLMD::Kearsley
• rotmat1on0 : PLMD::Kearsley
• Row() : PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Row
• rtemp : PLMD::analysis::Analysis
• run() : PLMD::CLToolMain
• runAllTasks() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• runAnalysis() : PLMD::analysis::Analysis
• runFinalJobs() : PLMD::Action , PLMD::analysis::Analysis
• runJobsAtEndOfCalculation() : PLMD::PlumedMain
• running : PLMD::Stopwatch::Watch
• rw : PLMD::Matrix< T >