Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- s -

• s_cutoff : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• saveGaussian : PLMD::Random
• savePositions() : PLMD::GREX
• scaleAllValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• scaleb : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scaledToReal() : PLMD::Pbc
• scalef : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalep : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalev : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scanField() : PLMD::IFile
• scanFieldList() : PLMD::IFile
• scanOneHill() : PLMD::bias::MetaD , PLMD::function::FilesHandler
• search1() : PLMD::CInterpolation
• sec : PLMD::Stopwatch::Time
• secondary_drmsd : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• secondary_rmsd : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• SecondaryStructureRMSD() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• seed : PLMD::bias::ABMD
• select() : PLMD::ActionSet
• selectNot() : PLMD::ActionSet
• selectWithLabel() : PLMD::ActionSet
• sendCoordinates() : PLMD::IMD
• serial() : PLMD::AtomNumber , PLMD::colvar::CoordinationBase , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• set() : PLMD::HistogramBead , PLMD::RMSD , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::Value
• Set_comm() : PLMD::Communicator
• Set_fcomm() : PLMD::Communicator
• set_table() : PLMD::CInterpolation , PLMD::InterpolateBicubic , PLMD::InterpolateCubic
• setAlign() : PLMD::RMSD
• setArgKeyword() : PLMD::PDB
• setAtomsContiguous() : PLMD::Atoms
• setAtomsDerivatives() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Colvar
• setAtomsFromStrands() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• setAtomsGatindex() : PLMD::Atoms
• setAtomsNlocal() : PLMD::Atoms
• setBackupString() : PLMD::OFile
• setBox() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T > , PLMD::Pbc
• setBoxDerivatives() : PLMD::Colvar
• setBoxDerivativesNoPbc() : PLMD::Colvar
• setBufferElement() : PLMD::vesselbase::Vessel
• setBufferFromStash() : PLMD::vesselbase::Vessel
• setc() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setCharge() : PLMD::ActionWithVirtualAtom
• setCharges() : PLMD::Atoms
• setCol() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• setCollectEnergy() : PLMD::Atoms
• setComponentsIntroduction() : PLMD::Keywords
• setDerivative() : PLMD::function::Function
• setDisplace() : PLMD::RMSD
• setDomain() : PLMD::Value
• setDomainDecomposition() : PLMD::Atoms
• setElementDerivative() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• setElementValue() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• setEnergy() : PLMD::Atoms , PLMD::Units
• setExchangeStep() : PLMD::PlumedMain
• setf() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setFlag() : PLMD::ExchangePatterns
• setForces() : PLMD::Atoms
• setForcesOnAtoms() : PLMD::ActionAtomistic
• setFromPDB() : PLMD::DRMSD
• setGradients() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Value
• setGradientsIfNeeded() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::ActionWithVirtualAtom
• setHeavyFlush() : PLMD::FileBase
• setIndex() : PLMD::AtomNumber
• setInputData() : PLMD::CLTool
• setKernelType() : PLMD::HistogramBead
• setLastUpdate() : PLMD::NeighborList
• setLength() : PLMD::Units
• setLinePrefix() : PLMD::OFile
• setm() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setMass() : PLMD::ActionWithVirtualAtom
• setMasses() : PLMD::Atoms
• setMDEnergyUnits() : PLMD::Atoms
• setMDLengthUnits() : PLMD::Atoms
• setMDNaturalUnits() : PLMD::Atoms
• setMDTimeUnits() : PLMD::Atoms
• setNatoms() : PLMD::Atoms
• setNaturalUnits() : PLMD::Atoms
• setNofR() : PLMD::ExchangePatterns
• setNotPeriodic() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::Value
• setOption() : PLMD::Action
• setOutputAction() : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• setOutputFmt() : PLMD::Grid
• setOutputForce() : PLMD::bias::Bias
• setOutputValue() : PLMD::vesselbase::FunctionVessel
• setp() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setPeriodic() : PLMD::ActionWithValue
• setPosition() : PLMD::ActionWithVirtualAtom
• setPositions() : PLMD::Atoms
• setRealPrecision() : PLMD::Atoms
• setReference() : PLMD::DRMSD , PLMD::RMSD
• setRemainingToDefault() : PLMD::CLTool
• setRequestList() : PLMD::NeighborList
• setRescaledToBias() : PLMD::BiasRepresentation
• setRestart() : PLMD::PlumedMain
• setRow() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• setSecondaryStructure() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• setSeed() : PLMD::ExchangePatterns , PLMD::Random
• setSerial() : PLMD::AtomNumber
• setStyle() : PLMD::Keywords::KeyType
• setSuffix() : PLMD::PlumedMain
• setTime() : PLMD::Units
• setTimeStep() : PLMD::Atoms
• setType() : PLMD::RMSD
• setUnits() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• SetupMolInfo() : PLMD::SetupMolInfo
• setupMPICommunication() : PLMD::DynamicList< T >
• setupMultiColvarBase() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setupPeriodicity() : PLMD::Value
• setupPrintValue() : PLMD::OFile
• setupRegion() : PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::VolumeAround
• setValue() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::Grid , PLMD::SparseGrid
• setValueAndDerivatives() : PLMD::Grid , PLMD::SparseGrid
• setVirial() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setWeight() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• sf : PLMD::vesselbase::LessThan , PLMD::vesselbase::MoreThan
• sf1 : PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge
• sf2 : PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge
• sfs : PLMD::colvar::ContactMap
• share() : PLMD::Atoms
• shareAll() : PLMD::Atoms
• shareData() : PLMD::PlumedMain
• shifts : PLMD::Pbc
• ShortcutVessel : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::ShortcutVessel
• sigma : PLMD::bias::MetaD::Gaussian , PLMD::FlexibleBin , PLMD::multicolvar::ActionVolume
• sigma0_ : PLMD::bias::MetaD
• sigma0max_ : PLMD::bias::MetaD
• sigma0min_ : PLMD::bias::MetaD
• sigmamax : PLMD::FlexibleBin
• sigmamin : PLMD::FlexibleBin
• similarity : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
• SIMPLE : PLMD::RMSD
• simpleAlignment() : PLMD::RMSD
• SimpleMD() : PLMD::cltools::SimpleMD
• simtemp : PLMD::analysis::Analysis
• single_run : PLMD::analysis::Analysis
• size() : PLMD::Keywords , PLMD::NeighborList , PLMD::PDB
• slope : PLMD::bias::Restraint
• smap : PLMD::SwitchingFunction
• sock : PLMD::IMD
• Sort() : PLMD::function::Sort
• sort() : PLMD::LatticeReduction
• sortActiveList() : PLMD::DynamicList< T >
• SparseGrid() : PLMD::SparseGrid
• Sphere() : PLMD::manyrestraints::Sphere
• spline : PLMD::SwitchingFunction
• splinepoints : PLMD::CInterpolation
• Split() : PLMD::Communicator
• squared : PLMD::colvar::RMSD
• start : PLMD::multicolvar::StoreCentralAtomsVessel , PLMD::multicolvar::StoreColvarVessel , PLMD::Stopwatch , PLMD::Stopwatch::Watch
• startStep() : PLMD::Atoms
• stash : PLMD::vesselbase::Vessel
• stashBuffers() : PLMD::vesselbase::Vessel
• step : PLMD::bias::MovingRestraint , PLMD::PlumedMain
• stop() : PLMD::PlumedMain , PLMD::Stopwatch , PLMD::Stopwatch::Watch
• stopFlag : PLMD::PlumedMain
• stopNow : PLMD::PlumedMain
• stopwatch : PLMD::PlumedMain
• StoreCentralAtomsVessel : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::StoreCentralAtomsVessel
• StoreColvarVessel : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::StoreColvarVessel
• storeOldGrids_ : PLMD::bias::MetaD
• str_max : PLMD::Value
• str_max_ : PLMD::Grid
• str_min : PLMD::Value
• str_min_ : PLMD::Grid
• stride : PLMD::ActionPilot , PLMD::CInterpolation , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• stride_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::NeighborList
• stripLeadingAndTrailingBlanks() : PLMD::Tools
• style : PLMD::Keywords::KeyType , PLMD::Keywords
• suffix : PLMD::PlumedMain
• Sum() : PLMD::Communicator , PLMD::vesselbase::Sum
• switchGaussian : PLMD::Random
• switchingFunction : PLMD::colvar::Coordination , PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers
• SwitchingFunction() : PLMD::SwitchingFunction
• sz : PLMD::Matrix< T >